还有一个问题虽然看似遥远，但是赵昺觉的人无远虑必有近忧。当前行朝实际控制的地盘只有琼州这么一个海岛，难分前方和后方，自己可以亲力亲为的统一调度，可一旦发起复国之战，就必然要分成数个军事集团各自进兵，他就难以亲自指挥，就需要设立机构指挥所在地区的兵力，进行全面、有效、协同作战。当下旧的已经失灵，新的尚未建立，皆是将会产生混乱。
赵昺清楚这些问题的存在主要还是当前军事领导指挥体制的不适合，而军队主要的作用就是打仗，可一个部队总要有它的行政管理系统，可是这个系统如果又要管行政，又要管作战，恐怕是忙不过来的。因而又可分为军政和军令两部分，简单的说就是‘军政主训，军令主战’。而这又可分为军令、军政分开的模式，混合模式和军政、军令合一的模式。
在近现代军事强国多采用军令、军政分开的模式。即指挥打仗与平时养兵分开。管指挥打仗的，不管军兵种建设等事项；管养兵的，不参与战时作战指挥。如美军高层领导管理体制即军政系统，主要职能是“养兵”，由元首和国防部长通过军种部统管军队建设，包括制定国防政策、国防预算、兵力规划，负责部队的行政管理、战备训练、武器装备采购等。
在大宋进行军改，赵昺当然不是贸然行事，严格的说也算不上改革，而是改良更为合适。人们都知道宋朝的军队在对外战争中败多胜少，积弊严重，但是在制度上却并非如此，应该说是领先这个时代的，甚至在后世也不算落后，一无是处。
“杯酒释兵权”是人所共知的典故，但大家也知道若只是剥夺了那些宿将的兵权，而没有制度的的建设，依然会有新的军事将领拥兵自重。于是，宋太祖开始改革兵制，调兵、统兵权分离，调兵的不能统兵，统兵的不能调兵，如此就有效地消除了过去藩镇自雄、混乱割据的局面。
“兵符出于枢密，而不得统其众；兵众隶于三衙，而不得专其制。”也就是说枢密院与中书省分权，掌管兵符；“三衙”——殿前都指挥使司、侍卫亲军马军都指挥使司、侍卫亲军步军都指挥使司，分别统帅禁军、骑兵、步兵三个军种；而兵部最可怜了，仅仅负责后勤事务和管理地方的厢军。
在这种体制下，枢密院有调兵之权，却不掌管军队；三衙掌管军队，却无调兵之权；遇有战事，由皇帝任命大臣领兵出征，从而实现了“发兵之权”与“握兵之重”的分离。这样一来赵匡胤以此强化了枢密院之权，用来分兵部之权——也就是削弱了相权，保证了皇帝对军队的完全控制。
当然宋代这样的兵制也不是说没毛病，是以牺牲效率为代价的，宋朝实行过更戍法，规定军队定期更换驻地，而将帅不随军转移，管理军队的不直接带兵打仗，导致“将不知兵，兵不知将”。在以人力和冷兵器为主的传统战场上就带不了兵，甚至无法指挥，这样的军政军令分开实际是削弱了军队战斗力。所以赵昺也是想了很长时间，考虑是完全实施现代的军政、军令严格分开的制度，还是单一的集权之。
但经过几场战事以后，赵昺也有了些心得，其实究竟哪种模式更合理，并无一定之规。军政军令是否分开，是以能否实现军队指挥迅捷灵便、领导管理科学高效多能、作战保障有力为目的。契合军队的武器装备、作战指挥和管理水平的模式，就是好模式。同时要考虑国情、军情等方面的不同，且军政军令分开也并非要一下到位，还要根据经济发展水平和需要，考虑军政军令分开的程度……
小沙弥给皇帝寻了间净室，并备下清茶，大家就席地而坐，赵昺屏退了左右，只留王德和苏岚两人侍候，倪亮领着侍卫在外警戒。
“嘻嘻……”刚刚坐下赵昺左右看看突然笑了。
“陛下为何发笑？”徐宗仁也跟着看了看，并未发现有何不妥，奇怪地问道。
“呵呵，朕怕一辈子也成不了佛了！”赵昺又笑了笑道。
“陛下又何出此言？”徐宗仁听了更加奇怪，又问道。
“徐尚书，此处乃是佛家清净之地，佛祖又在那里看着，可咱们却要在此谈论杀戮之事，岂不会惹的佛祖不高兴啊！”赵昺指指身后墙上挂的释迦牟尼画像叹道，众人听了看看画像也都笑了起来。
“陛下差矣，吾皇做的乃是消灭暴元，救万民于水火，普度众生的事情，佛祖怎么会怪罪，定会保佑陛下成就复国大业的！”徐宗仁连连摆手正色地道。
“徐尚书所言极是，陛下乃是天子之身，又是行的大义之事，佛祖岂会怪罪！”应节严笑罢捋捋胡子言道。
“借几位爱卿吉言，朕就与诸位共议此事，看是否可行！”赵昺拱拱手道。
“陛下请讲，臣等洗耳恭听！”三人施礼道。
“诸位都是行朝老臣了，我们数次大败敌军当知水军居功甚伟，但是我朝水军仍没有独立为军中，仍受步军统辖，战事受其节制，朕以为不大妥当！”赵昺言道，不过他也知道水军从属于步军也是历史条件决定的，此时的世界限于科技的不发达，难以对海洋进行开发利用，因而尚属于陆权时代，争夺的是陆地上的资源，导致水军不受重视，从而处于从属的地位，更多的是作为运输工具使用。
“嗯，陛下所言不错，我军能守住琼州水军要占了八成的功劳！”应节严点头道。
“这些年行朝海上，全是仰仗水军克敌，才报不失！”徐宗仁也认为正是如此。
“陛下的意思是想为水军正名？”刘黻听了若有所思地问道。
“正是，朕想将三衙统兵，改为两衙，撤消骑军并入步军之中。同时扩大两衙的权力，不仅承担养兵的职权，还要承担训练、考核、选拔军将、日常管理、辎重保障的职责！”赵昺点点头道。
“陛下如此大改，会不会侵夺了枢密院的权力，使两衙权力过大呢？”应节严皱皱眉问道。
“枢密院调兵之权不会被侵夺，反之他们可以专司作战，平时制定作战计划，研究战略、战术，战事一起他们便可以指挥步军和水军协同作战。而两衙则归入兵部管辖之下，如此一来将军政和军令分开，各司其职，各主其事，避免权力的过于集中！”赵昺解释道。
“嗯，如此一来加强了兵部之责，也坐实了三衙职权，使得枢密院可专心于战事！”刘黻看看其他两人点点头道……
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