甲辰科金榜题名，赐进士出身，沈惊鸿的人生轨迹再次发生了关键的偏转。按照惯例，新科进士除一甲三名直接入翰林院为修撰、编修外，二甲、三甲进士则需经过“馆选”，优者入翰林院为庶吉士，继续深造，被视为“储相”；其余则分发各部观政，或外放州县。
沈惊鸿以二甲进士的身份，毫无悬念地通过了馆选，被选为翰林院庶吉士。这固然有他自身才学扎实、策论切中时弊的因素，但明眼人都知道，这其中也少不了太子朱常洛和座师徐光启的暗中推动。翰林院清贵，是积累资历、结交清流、窥探朝局的最佳起点，将沈惊鸿放在这个位置，显然是对他寄予了更高的期望。
于是，年仅十四岁的沈惊鸿，换上了浅青色的七品翰林院编修常服（庶吉士品级等同编修），成为了大明帝国最高文化学术机构——翰林院中，有史以来最年轻的一员。
翰林院位于皇城之内，左顺门之北，环境清幽，古木参天。这里汇聚了天下最顶尖的文人学士，日常职责包括起草诏书、修纂国史、讲解经筵、以及充当皇帝的文学侍从。对于新进的庶吉士而言，主要任务则是学习深造，在翰林院教习学士的指导下，研习朝廷典章制度、历代政治得失，并参与一些文史编纂工作。
沈惊鸿的到来，在这座古老的衙门里引起了一阵不大不小的波澜。同科的庶吉士大多已是二三十岁的年纪，面对这个身材尚未完全长开、面容犹带稚气，却已是名满京华的“小同年”，心情颇为复杂。有好奇，有审视，有因其年纪和背景（匠作、军务）而产生的隐隐轻视，也有对其连番际遇的暗自羡慕。
“沈年兄，久仰大名，今日得见，果然少年英才！”一位来自江南、年约二十五六的庶吉士拱手寒暄，语气虽客气，眼神却带着探究。
“王年兄过誉，惊鸿侥幸登第，日后还需向诸位年兄多多请教。”沈惊鸿态度谦和，举止沉稳，并无少年得志的骄矜之气。他深知，在这里，资历和学问同样重要。
翰林院的日常生活，对沈惊鸿而言，是全新的体验。每日需点卯，参与集体修书（他被分派参与《万历起居注》的部分整理工作），聆听教习学士讲解《大明会典》或前朝实录，偶尔也会有经筵讲座，由翰林学士为皇帝（或太子）讲解经史。虽然万历皇帝早已怠政，经筵时常废止，但翰林院内部的学术氛围依旧浓厚。
沈惊鸿并未因环境的改变而放弃自己的坚持。他利用翰林院藏书丰富的便利，继续深入研读典章制度，尤其关注兵部、工部的相关则例，以及历代经济政策的演变。同时，他也将在制造局和神机营的实践经验，以一种更为学术化、理论化的方式融入自己的思考。
在一次关于《周礼·考工记》的研讨中，当其他庶吉士大多围绕着“百工之事，皆圣人之作也”进行道德阐发时，沈惊鸿却提出了不同的见解：
“诸位年兄，学生以为，《考工记》所言‘知者创物，巧者述之守之’，不仅在于尊崇圣人，更揭示了‘创物’与‘述守’相辅相成之理。譬如当今之火器，若无名匠‘创物’改良其法，则射程精度无以提升；若无良工‘述守’标准化其制，则量产列装无以保障。格物之精微，实与治国之大道相通，皆需‘创’与‘守’并重，方能固本培元，应对时艰。”
这番议论，将“奇技淫巧”的匠作之事，提升到了与治国理政相通的高度，引经据典，却又别开生面，让在场的教习学士和部分庶吉士为之侧目。有人暗自点头，认为其见识不凡；也有人不以为然，觉得他终究脱不了“匠气”。
除了学术活动，翰林院也是消息灵通、人际关系微妙之地。沈惊鸿在这里，能更清晰地感受到朝堂之上的暗流涌动。关于国本（太子地位）、关于矿监税使、关于辽东边患、关于日益空虚的国库……各种信息和争论，都会以各种形式渗透到这座清贵的衙门里。
他谨慎地处理着与同僚的关系，不结党，不妄议，多数时间沉心于书卷和自己的思考。但他“格物致知”的名声，以及他与太子、徐光启的密切关系，还是让他无法完全置身事外。偶尔会有不同派系的官员，试图通过同科或同乡的关系与他接触、试探。
这一日，沈惊鸿散衙回府，脸上带着一丝疲惫。苏卿卿敏锐地察觉到了，递上一杯热茶，轻声问道：“可是翰林院中事务繁琐？”
沈惊鸿摇摇头，接过茶盏：“事务倒还寻常。只是……身处其中，方知清议之重，亦知做事之难。”他将今日听闻的，关于有御史再次抨击“荡寇铳”及其后续研发“靡费甚巨，于国无补”的言论告诉了苏卿卿。
苏卿卿静静听完，沉吟道：“木秀于林，风必摧之。夫君如今身在翰林，已是清流，所言所行，更易引人注目。那些非议，或许并非针对器物本身，而是……”她顿了顿，没有明说，但意思很明显，是针对他这个人，以及他背后的支持力量。
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