朱由校对于“清垢司”的构想，如同得到了一个精妙绝伦的新机械图纸，开始废寝忘食地投入“设计”之中。他不再满足于仅仅暗中物色人选，而是直接命司礼监从内书房调阅近十年官员考绩档案，又让东厂秘密提供了一批素有“孤直”、“酷吏”之名、在官场郁郁不得志的中低级官员名单。他要亲自挑选打造这件“国之利器”的每一个“零件”。
沈惊鸿在广宁，除了密切关注辽东动态，也不时通过魏忠贤的渠道，了解到皇帝筹备新机构的进展。他并未直接插手人选，只是在一次“格物札记”的后续中，补充强调了“清垢司”运作的几个关键原则：“独立调查，避免干扰”；“证据确凿，不徇情面”；“权限清晰，不涉它务”；以及最重要的，“自身需如水晶透亮，方能映照污垢”。
这话既是提醒，也是警示。朱由校深以为然。
天启七年正月，年节刚过，一场突如其来的政治风暴席卷了朝堂。
这一日，常朝之上，百官序立。龙椅上的朱由校并未像往常一样很快让群臣奏事，而是目光沉静地扫视着丹墀下的文武百官，缓缓开口，声音带着一丝平日里少有的冷峻：
“朕近日潜心格物，于蒸汽机之理，略有所得。” 开场白让不少官员一愣，不知皇帝为何在朝会上谈起这个。
“然，朕观蒸汽机，欲使其力大而久，非惟添煤加压，更须常清其内垢。水垢积则热效减，摩擦生则机器损。此理，诸卿可明白？”
一些敏锐的大臣，如首辅顾秉谦等人，已然嗅到了不同寻常的气息，低头不语。而更多官员则是一头雾水，只能含糊应和：“陛下圣明。”
朱由校话锋陡然一转，语气变得凌厉：“由物及人！朕观今日之朝堂，百官便是推动天下运转之机器！然，其中积垢何其深也！”他猛地将一份奏章摔在御案之上，声响在寂静的大殿中格外刺耳。
“去岁，龙渊谷二十一名忠烈，为国捐躯，朕心甚恻，特旨厚恤！然！”他目光如电，扫过班列中几个瑟瑟发抖的身影，“山东藩司、登莱衙门、乃至东江镇内，蠹虫横行，竟将朕之恩赏，视作俎上鱼肉，层层盘剥，至遗属手中，十不存一！此非积垢为何？此非锈蚀为何？！”
被点名的几个相关部门堂官顿时汗出如浆，跪伏在地，连称“臣等失察”。
“失察？”朱由校冷笑一声，“好一个失察！若非朕严令追查，此等恶行岂能昭雪？忠魂岂能瞑目？此案虽了，然朕思之，我大明疆域万里，官员数以万计，类似积垢，恐非个案！都察院、六科给事中，尔等风闻奏事，纠劾百官，为何对此等触及军心国本之大恶，未能先行察觉？”
都察院左都御史及几位科道言官慌忙出列请罪，心中却是暗暗叫苦，这套体系运行百年，早已盘根错节，很多时候确实是力不从心。
“看来，旧的‘清垢’之法，已然乏力！”朱由校站起身，声音斩钉截铁，“蒸汽机欲焕新生，需用新的刮垢之铲！朝廷欲除积弊，亦需新的利器！”
他目光炯炯，看向满朝文武：“朕决意，于六部、都察院之外，新设一衙署，名曰——清吏司！”
“清吏司”三字一出，满殿皆惊！不同于沈惊鸿札记中略带比喻性质的“清垢司”，这“清吏司”之名，直指其核心——澄清吏治！
“清吏司，独立于现有官署之外，直属朕之驾前！”朱由校不容置疑地宣布，“其职责唯一——监察天下文武百官贪腐渎职之行！其权限有三：一，独立调查权，凡涉贪渎，无论涉及何人何衙，皆可立案调查，任何衙门不得阻挠；二，密折专奏权，调查情由，可越过通政司及内阁，直送朕前；三，风闻立案权，但有所闻，即可立案查证，无需实据在先！”
这三条权限，尤其是后两条，如同给了清吏司一把尚方宝剑和一道护身符，使其几乎不受现有官僚体系的制约。殿中顿时响起一片压抑的惊呼和窃窃私语。这权力太大了！这简直是要在百官头上悬起一柄随时可能落下的利剑！
“陛下！臣以为不妥！”一位翰林院的老臣颤巍巍出列，“国家已有都察院、六科，再设清吏司，权责重叠，恐生掣肘，且此司权力过重，若无制衡，恐成酷吏横行之所，请陛下三思！”
“臣附议！”
“陛下，此例一开，恐伤士大夫之心啊！”
反对之声顿时响起一片，多是担心自身权力受限或习惯于旧有秩序的官员。
“三思？”朱由校此刻展现出了与他平日沉迷木工截然不同的决断力，“朕已思之甚详！旧法既已不足以除垢，为何不能用新器？至于酷吏之虑……”他冷哼一声，目光扫过那些反对者，“若尔等自身清廉如水，何惧刮垢之铲？清吏司若行事不端，枉法徇私，朕第一个不容它！但若其所查，件件属实，那便是尔等心中有垢！”
他不再给群臣反驳的机会，直接宣布：“清吏司主官定为清吏使，秩正三品，副使二人，秩从三品，其下设巡查御史、案牍郎中等职。首任清吏使……”他顿了顿，目光落在班列末尾一个一直沉默寡言的中年官员身上，“由原刑部浙江清吏司郎中，陈子廷担任！”
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