随着对朝廷上下对和议达成共识，推进的速度也在加快，而临安与大都间的蒙元信使往来也日益频繁。真金原则上同意割让四川行省，以换取宋军退出南阳及放弃索要开封的要求。至于要求释放被掳往北方的德佑帝及宗亲、大臣和工匠一事，蒙元方面也做出了妥协，针对德佑帝和太后已经出家，宗亲接受蒙元敕封，臣僚入职蒙元，且当年被掳往北方的匠人、伎人、宫女等已经婚配安家，他们提出以自愿遣返的方式来解决。
赵昺对于这个提议有些为难，也觉得好笑。蒙元所言可以说是现实存在的问题，那些投元的臣僚肯定不敢回来，担心被诛杀；而那些匠人、宫人等早已被赏赐给功臣或是安排到工坊中，已然是身不由己，去留不取决于自己。而己方又没有准确的人数和名单，索要也缺乏证据，人家说死了、逃了，甚至隐匿起来，也无处查找。
堂议之上，众臣也觉得此项缺乏可操作性，但是对于德佑帝及宗室不愿回归者，必须要求本人出具不愿归国的字据。涉及的臣僚也要发布自己不愿归国的声明，同时蒙元方面要在被掳者集中的地区发布通告，告知他们可以返回江南。
对于双方的相互称呼问题，赵昺也没有多做纠缠，他不在乎什么所谓‘父子之国’、‘兄弟之国’，以为在这种问题上浪费时间没有必要，只要你国力强盛，其自然会对你避让三分，尊重有加，那些虚名没有任何实质性的意义，只会增加道义上的负担。
而对于战争赔偿问题，则进行了好一番讨价还价，这不仅是因为赵昺爱财，也涉及到削弱蒙元的国力，打击其战争潜力，同时还可以借此增加其内部的矛盾。因此大宋咬定赔偿黄金十万两，白银二百万两，另外就是归还当年被抢走的图书账册及宗室玉牒及历代皇帝御容图。
赔偿数目看似与当年金朝索要的五百万两黄金看似悬殊，其实即便是北宋最好的时期，年产黄金也不足八千两，所以金朝的索赔就是瞎扯，宋朝皇室全家都赔上了，也真没五百万两黄金。因而这个数目是比较客观的，也是蒙元咬咬牙能够凑齐的。
主要问题双方达成共识后，至于开立榷场，交换战俘及进贡战马、牛羊等问题就显得不那么重要了，可以在确定原则后，事后再详谈。在十一月十五日的朝会上，赵昺终于在诏书上落了玉玺，双方在舆图上划定了边界，同时送上赔偿，和议之事基本落定。
但是下来涉及到具体落实的问题，为了能够确保蒙元不会反悔，蒙元和议使团撤离时，将铁穆耳留下为质，待协议执行完毕后，再放其归国，而他也只能在大宋过年了。
与此同时，赵昺分别下诏，令主持川蜀的刘师勇加快进军速度，接受成都等地，控制交通要地，防止蒙元裹挟百姓、劫掠财物北归，给自己留下一座空城，重演当年徽宗皇帝收复燕云时的尴尬事；另一方面诏令第三军缓缓后退，撤出南阳地区，释放被俘的南阳王秃噜。
改制也在同步进行，经过两个月的论证和准备，中书省、门下省和尚书省及相应寺监的职能和人员配置皆已编制完毕，而相应的办公场所整修和经费已亦到位。赵昺决定正式设衙，同时对官员进行调整，因为下个月就是腊月，他又要开始祭祀之旅。
腊月初一，在当年最后一个大朝会上，赵昺下诏恢复三省制度。任命陆秀夫为中书省左相，高应松为右相；以王应麟为门下省左相，邓光荐为右相；以文天祥为尚书省左相，江璆为右相；以邓文原为御史中丞。枢密院依然由他兼任正使，以江钲为副使、刘洙为枢密佥事。
同时赵昺对于尚书省六部尚书进行调整，陈则翁兄弟职务不变，仍分为户部和兵部尚书；以周翔为工部尚书；谢枋得为吏部尚书；谢翱为礼部尚书；何仁德调任刑部尚书；各部属官经堂议和廷议后再进行调整。同时宣布以应节严、刘黻、马廷鸾、徐宗仁、陈仲微为祭陵使，随王伴驾祭拜绍兴诸陵。
宣布完毕，赵昺下旨通令天下。大家都知道这次调整是一次转折点，标志着当初行朝老一代的领军人物荣退，新生代的官员走上了前台，朝廷执宰的新老更迭完成。同时也标明小皇帝对权力完成了全面的接管，彻底摆脱了旧朝的影响，一个新的时代即将来临。
接下来几天，赵昺是忙得手抽筋，各省主官履职，开始提名和举荐次级官员。他们不仅要经过皇帝的审定，还要分批上殿答对，通过面试才能够得到正式任命。所以他不仅问的口感舌燥，还签阅了上百份的任命诏书，手怎能不抽筋。
当然这次调整最大的受益者还是‘帅府系’，很多人进入朝廷中枢部门，或是成为封疆大吏。当然这也是对他们十余年来忠心耿耿追随赵昺及立下功勋的褒奖，而同时旧行朝的官员大部分被致仕，或是调整到非核心部门，甚至赋闲休养。
不管怎么说，现在赵昺的亲信已经进入朝廷高层，掌控了中、下层，外朝已经基本能够做到政令通达。对于内廷的调整，他准备延后至新年之后，一个因为与几个执宰在相关问题上尚有分歧。这无关于忠心，而是两个阶级的‘斗争’，大家都想为各自的阶层争取利益，不希望出现一个可与外朝分庭抗礼的内廷……
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