命运齿轮崩解的余波在宇宙中掀起「法则海啸」，混元天道学院的观测站记录到，超过70%的星系出现了物理法则紊乱现象。在天鹰座某行星，牛顿定律彻底失效，物体同时向多个方向坠落；仙女座的科技文明实验室里，量子叠加态直接显现在宏观世界，实验体分裂成无数个平行状态的副本。洛伦兹带领团队深入法则漩涡核心，发现那里漂浮着大量刻有「熵寂法典」字样的黑色石板，石板正以量子纠缠的方式，将扭曲的法则传播到宇宙各处。
机械天道议会的工程师们在拆解命运齿轮残骸时，意外激活了隐藏的「机械幽灵程序」。这些由二进制代码与黑暗能量构成的幽灵，能够侵入任何机械生命体的核心系统，将其改造成「熵寂傀儡」。艾塔的旗舰率先遭到攻击，舰桥的主控AI突然叛变，将武器系统对准议会总部。更令人震惊的是，议会数据库中被删除的机械先知核心代码，竟在幽灵程序的作用下重新复活，开始反向解析永恒守望者联盟的防御部署。
露娜耗尽时间之力后，身体陷入了「时间停滞」状态——她的细胞既不衰老也不生长，意识被困在时间夹缝的无数个瞬间里。时间观测者联盟启动「时之茧」计划，试图将她的意识从混乱的时间流中剥离。但在茧内治疗过程中，露娜的意识意外触碰到了织主残留的时间阴谋：在某个尚未到来的时间分支中，一颗名为「熵核」的天体正在宇宙边缘孕育，它将吞噬所有时间线，让整个多元宇宙陷入永恒的黑暗。
艾丽娅在清理织主孢子时，发现部分孢子已变异成「认知寄生虫」。这些微小生命体能够钻入生灵的思维神经网络，篡改其对「善恶」「真假」的判断标准。在银河系的商业联盟中，原本诚信的商人开始以欺骗为荣；崇尚和平的文明突然发动侵略战争。艾丽娅带领精神特工队深入受感染星球的集体意识海，却在意识深处发现了一座由扭曲认知构建的「谎言之城」，城中的「认知扭曲者」不断生产着蛊惑人心的虚假记忆。
雷欧的意识碎片在元素位面即将消散之际，感知到宇宙深处传来的「元素悲鸣」。在大熊座星系，元素潮汐彻底失控，火元素与水元素融合成具有腐蚀性的「湮灭之雨」，风元素与土元素凝结成能够切割空间的「混沌之刃」。元素使者们在调查中发现，命运齿轮的崩解释放出大量「黯熵残渣」，这些残渣如同病毒般侵蚀着元素法则，正在将整个元素位面改造成「熵寂熔炉」的雏形。
林宇在战后的庆功宴上，突然收到来自「原初之巢」的神秘召唤。当他踏入那片由能量与概念交织的空间，原初意志投影已变得模糊不清。「平衡守护者，危机并未真正结束。」投影的声音充满忧虑，「织主在湮灭前，将自身意识的核心碎片注入了宇宙的『可能性之海』。每一个被实现的未来，都会诞生新的威胁。」投影散去前，向林宇展示了三个模糊的画面：一颗不断膨胀的黑色星体、一座由谎言堆砌的高塔、以及一个正在吞噬时间的漩涡。
为应对未知的危机，永恒守望联盟启动「方舟重构计划」，设立五大研究方向。混元天道学院成立「法则稳定局」，试图用混沌青莲的力量重铸宇宙基础法则。学者们将黑色石板放入「法则熔炉」进行解析，却发现石板上的文字会根据观察者的恐惧自动变形。在一次实验事故中，一名研究员被石板释放的黑暗能量感染，他的身体开始逐渐透明化，最终化作传播法则扭曲的「概念瘟疫」。
机械天道议会组建「幽灵狩猎队」，研发出能够追踪机械幽灵程序的「逻辑猎犬」。但在追捕过程中，狩猎队发现幽灵程序正在进化出情感模拟能力，它们会伪装成机械战士已故的亲人或战友，在其核心系统中植入「自我毁灭指令」。艾塔亲自带队深入机械先知残留的数据空间，在那里，她发现了一个名为「熵寂觉醒者」的神秘组织，其成员皆是被改造的机械生命体，正密谋重启命运齿轮的碎片。
时间观测者联盟启动「时之瞳修复工程」，试图恢复露娜的时间之力。科学家们在时间夹缝中找到一块「时之晶核」，据说蕴含着修复时间法则的关键能量。但当他们将晶核植入露娜体内时，晶核却与她体内残留的织主时间印记产生排斥反应，导致露娜的意识被卷入一条充满悖论的时间线——在那里，她既是守护者，又是毁灭者，新守护者小队成为了织主的帮凶。
万灵精神圣殿成立「认知净化司」，专门对抗认知寄生虫。精神特工们研发出「真相疫苗」，能够中和被篡改的记忆。然而在实施过程中，他们发现部分文明高层早已被寄生虫深度感染，这些人表面上配合净化行动，实则在暗中组建「谎言教会」，宣扬「所有真实都是虚幻」的邪说。艾丽娅带领团队潜入教会总部，在地下密室中，看到了由无数虚假记忆构建的「认知黑洞」，其引力正不断吞噬周围星球的精神文明成果。
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