灵脉树根部的黑色种子在第十日清晨显露出了踪迹。小海生是被灵脉田传来的骚动惊醒的，他披着灵脉织成的短褂冲出树屋时，天边刚泛起鱼肚白，望潮港的村民们正围着自家的田埂议论纷纷，手里的锄头插在土里，没人敢再动一下——往日泛着金芒的灵脉稻，此刻叶片上爬满了细密的黑斑，稻穗耷拉着，像被抽走了所有力气，最外围的几株甚至已经枯萎，根系拔出来时，须根上缠着一缕极细的黑丝，风一吹就化作黑烟，却在落地前又钻进了旁边的土壤里。
“小海生，你快看！”李伯举着一株枯萎的稻穗跑过来，他的手背沾着黑丝，已经泛起淡淡的灰，“这黑东西会钻土，早上我拔了几株枯稻，没过半个时辰，旁边的稻子也开始长斑了！”
小海生蹲下身，指尖碰了碰土壤里的黑丝，灵息石碎片立刻在掌心发烫，石面映出的地下景象让他心头一沉——那些黑丝像无数条细小的蛇，正顺着土壤里的灵脉纹路往灵脉树的方向爬，最粗的几缕已经缠上了树根部的须根，而在根系最深处，一团拳头大的黑色种子正泛着微弱的红光，种子表面的纹路与虚无之主的符文一模一样，每跳动一下，就有新的黑丝从缝隙里钻出来。
“是之前那缕虚无气息长成的种子。”陆寻提着灵息剑赶来，剑身上的冷光扫过土壤，黑丝像受惊般往地下缩，却没彻底消失，“它在靠灵脉树的根系吸收灵气，等它彻底成熟，会顺着根系钻进树心，到时候灵脉树就会变成虚无之主的‘养灵容器’。”
消息传到灵脉树的古籍房时，苏先生正对着守墓人甲片发呆。甲片上的守护者魂息突然变得躁动，原本淡金的光里泛起了灰雾，与灵脉田的黑丝气息一模一样。他翻到界主录的最后一页，那里有一段被虫蛀过的文字，用朱砂补过的痕迹还很清晰：“虚无之种，寄生于灵脉之根，以灵气为食，待其成熟，可蚀灵脉，乱心智，化归墟为虚无之壤。解之需‘灵脉芯’，藏于灵脉树地下之‘根墟’，需以护灵符文引之，以破界刃开之，以灵脉印封之。”
“根墟？”小海生凑过来，灵息石碎片的银蓝光指向灵脉树的正下方，“之前守墓人的甲片提过，根墟是灵脉树的地下根系迷宫，里面藏着历代守护者留下的灵脉之力，还有‘根灵’守着，可根灵一旦感知到虚无气息，就会变得极具攻击性，普通人根本进不去。”
“小石头的护灵符文能安抚根灵。”苏先生将甲片按在灵息石上，两道光交融时，石面映出了根墟的大致地图——迷宫般的根系通道里，几处泛着红光的节点正是虚无之种延伸出的黑丝聚集处，而灵脉芯藏在最深处的“芯室”，周围缠绕着最粗的黑丝，“我们得尽快下去，种子的生长速度比我想的快，再等三日，它的黑丝就会缠满整个灵脉树的根系，到时候就算找到灵脉芯，也没法清除了。”
主角团立刻分工：
- 小海生和陆寻带着破界刃、灵脉枪下根墟，负责找到灵脉芯并清除周围的黑丝；
- 小石头抱着护灵符文跟在后面，用符文的力量安抚根灵，同时为两人提供灵气支援；
- 阿汐和沧月留在地面，用镇海珠和潮汐珠布“护根阵”，暂时挡住黑丝往灵脉田扩散，同时安抚被黑丝影响的村民和鲛人；
- 苏先生守在灵脉树的树心，用灵脉印的力量监测种子的动向，随时通过唤灵螺传递消息。
根墟的入口藏在灵脉树根部的一道裂缝里，裂缝周围的树皮泛着淡金的光，是历代守护者留下的护脉符文。小石头将护灵符文贴在裂缝上，符文的金光与树皮的光交融时，裂缝慢慢扩大，露出一道漆黑的通道，通道壁上嵌着会发光的灵脉根须，像星星般照亮了前路。
刚走进通道，一股潮湿的气息就扑面而来，空气中弥漫着淡淡的灵气，却夹杂着若有若无的黑丝气息。走了约莫半柱香的时间，前方的通道突然分岔成三条路，每条路的入口都缠着几缕黑丝，而在中间的石壁上，一道半透明的影子正慢慢凝聚——是根灵！它的身体由灵脉根须组成，眼睛是两团跳动的金光，可此刻，金光里泛着淡淡的灰，显然已经被黑丝影响。
“别动手！”小石头立刻举起护灵符文，金光朝着根灵飘去，“它只是被虚无气息干扰了，用符文能唤醒它的神智！”
符文的金光刚碰到根灵，它身上的灰雾就开始消散，眼睛里的金光重新变得纯净。根灵发出一阵细微的波动，像是在表达感谢，然后朝着左边的通道摆了摆身体，显然是在指引正确的路。小海生和陆寻对视一眼，跟着根灵往左边走，通道里的黑丝越来越密，壁上的灵脉根须也开始泛灰，有的甚至已经枯萎，一碰就碎。
又走了约莫一炷香的时间，前方出现一片开阔的空间——芯室到了。芯室中央的石台上，一颗拳头大的淡金珠子悬浮着，正是灵脉芯，珠子周围缠绕着十几缕手臂粗的黑丝，黑丝的另一端钻进石台下方，连接着那颗黑色的虚无之种。种-子此刻已经长到了碗口大，表面的符文跳动得更频繁，红光也更亮，周围的灵脉根须都被染成了黑色，像枯死的藤蔓。
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