“三物溯源法”揪出黑暗文明的蛛丝马迹后，联盟的危机并未平息。激进势力依旧在星际网络散布谣言，声称“芯片是联盟自导自演的骗局”，甚至伪造出“莉娅与黑暗文明勾结”的假证据；同心星的核心能源炉污染持续加重，金色屏障出现大面积暗斑，部分星球已完全失去能源供应，陷入一片黑暗；更致命的是，星际和平卫队的一名副队长被策反，带着三支精锐小队叛逃，抢走了联盟最新研发的“反噬灵武器”图纸。
莉娅深知，不找出潜伏在联盟内部的黑暗残余首领，危机便永无宁日。她与陈宇、埃兰商议后，制定了“引蛇出洞”计划：对外宣称“同心苗”已彻底枯萎，联盟失去了溯源能力，且星核能源污染已无法逆转，准备启动“星际迁徙预案”，放弃部分边缘星球；对内则秘密组建“溯源突击队”，由陈宇带队，利用芯片残留的能量信号，追踪黑暗残余的藏身之处。
计划一出，果然奏效。星际网络上的谣言突然转向，激进势力开始号召“抢占核心星球资源”，甚至公布了所谓的“联盟迁徙路线图”；更重要的是，陈宇的追踪设备捕捉到，芯片的能量信号与星际薪火学院的一处秘密实验室高度吻合。“是副院长凯里！”陈宇调出实验室的权限记录，瞳孔骤缩，“他是当年黑暗舰队覆灭后，联盟收留的‘无主文明难民’，没想到竟一直潜伏在我们身边！”
凯里的身份曝光，让所有人震惊。他在星际薪火学院任职二十年，桃李满天下，不少跨文明青年领袖都是他的学生；他曾主导过多项星际实业技术研发，深受各星球民众爱戴，谁也没想到，这位“和平使者”竟是黑暗文明安插在联盟的最高卧底。
莉娅立刻下令封锁星际薪火学院，但凯里早已不见踪影。实验室的电脑里，留下了一份未删除的黑暗文明计划书：他们计划先污染“寰宇同心之力”，瓦解联盟的信念与防御；再利用策反的卫队小队，袭击各星球的能源枢纽；最后启用隐藏在星轨通道深处的“黑暗母巢”，释放大量噬灵因子，将所有同源文明转化为黑暗傀儡。
“黑暗母巢的位置，就在苍梧星的地下！”埃兰看着计划书上的坐标，脸色凝重，“当年我们重建苍梧星时，凯里主动请缨负责能源枢纽工程，没想到竟趁机修建了黑暗母巢！”
此时，苍梧星传来紧急通报：叛逃的卫队小队已抵达苍梧星，正协助凯里启动黑暗母巢。星球表面的木棉林瞬间被黑色藤蔓覆盖，能源枢纽的烟囱喷出滚滚黑雾，黑雾所到之处，民众纷纷陷入昏迷，原本重建的城市再次沦为人间炼狱。
莉娅亲自率领星际和平卫队主力，乘坐“和平号”旗舰驰援苍梧星。陈宇则带着技术团队，乘坐隐形战机潜入黑暗母巢，试图摧毁启动装置；埃兰则带领启明星的舰队，守住苍梧星的轨道，阻止黑暗势力向其他星球扩散。
当“和平号”抵达苍梧星轨道，眼前的景象令人心惊：黑色藤蔓已覆盖大半个星球，黑暗母巢的顶端射出一道巨型黑雾柱，直冲向同心星的核心能源炉，金色屏障的暗斑正以肉眼可见的速度扩大。凯里站在母巢顶端的平台上，通过全息投影向全联盟喊话：“同源文明不过是宇宙的笑柄，弱肉强食才是永恒法则！今日，便是你们的覆灭之日！”
战斗一触即发。莉娅下令舰队发起攻击，激光炮火与黑雾碰撞，爆发出刺眼的光芒。但黑雾具有极强的腐蚀性，联盟战舰的装甲很快被侵蚀，不少战舰失去动力，坠入星球表面。“必须先摧毁黑雾柱的能量来源！”莉娅驾驶着座机，冲破黑雾屏障，直逼黑暗母巢。
与此同时，陈宇的技术团队成功潜入母巢内部。这里布满了黑暗文明的技术装置，噬灵因子弥漫在空气中，稍有不慎便会被感染。陈宇带领队员，利用木棉纤维制成的防护衣抵御噬灵因子，一路突破重重防线，终于抵达启动装置所在的核心控制室。
但控制室里，等待他们的不仅是守卫，还有被策反的卫队副队长。“你们以为能阻止大人的计划？”副队长冷笑道，“黑暗之力早已渗透联盟，你们的失败是注定的！”双方展开激烈厮杀，陈宇凭借对星际环境的熟悉，与队员们默契配合，最终击毙副队长，控制了控制室。
然而，启动装置已进入倒计时，且被设置了多重加密锁，无法强行关闭。陈宇看着屏幕上不断跳动的数字，突然想起了溥仪的“三物同源”理念。他立刻取出随身携带的古木棉嫩芽、花生原种、可可新叶，将三者的汁液混合后，滴入装置的能源接口。奇迹发生了，混合汁液与装置内的黑暗能量发生反应，产生了强烈的共振，加密锁瞬间被破解，倒计时停止了。
黑雾柱的能量来源被切断，同心星的金色屏障停止了恶化。莉娅抓住机会，下令舰队发起总攻，激光炮火集中轰击黑暗母巢的核心部位。凯里见大势已去，驾驶着一架小型战机，试图冲破包围圈逃离苍梧星。莉娅早已预判到他的动向，驾驶座机追了上去。
小主，这个章节后面还有哦，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！