内部的顽疾已被彻底清除，思想的尘埃也已拂去，留下的是一片亟待深耕的沃土。林轩深知，接下来他要做的，是为这部焕然一新的战争机器，设计一套更高效、更符合未来挑战的运转架构。以往的镇魔司架构，承平日久，层级叠床架屋，部门权责交错，已显得臃肿迟钝，远不合时宜。若不从根本上重塑，今日的清肃之功，恐将在旧体制的惯性下逐渐消弭。
在莫北川、赵铁柱以及几位历经考验的核心骨干协助下，林轩闭门数日，结合自身超前的见识与对此方世界的理解，对镇魔司进行了一场大刀阔斧、触及根本的架构改革。改革的方案并非凭空想象，而是基于清晰的战略目标：强化战力、提升效率、确保忠诚、面向未来。
首先，明确核心职能，设立四大主战部门，如同利剑的四道锋刃：
斩妖部：由战功赫赫、勇猛无双的赵铁柱兼任部首。此部整合了司内所有最精锐的战斗力量，专司硬性战斗任务，如应对大规模妖魔作乱、剿灭邪教巢穴、镇压区域性魔灾。部门内部下设“天、地、玄、黄”四级行动队，根据威胁等级和任务难度，实现精准的分级响应与快速打击。林轩要求，斩妖部必须时刻保持“剑锋所指，所向披靡”的进攻态势。
诛邪部：此部首由一位资历深厚、精通道法、尤擅阵法符箓的指挥使担任。其职能专注于处理那些并非单纯依靠武力能够解决的诡异事件，如复杂的邪术诅咒、怨灵厉鬼作祟、诡异秘境探索、以及涉及因果律的超自然现象。诛邪部成员或许不似斩妖部那般勇悍绝伦，但个个都是心思缜密、学识渊博的专家，他们的战斗往往在无声处听惊雷。
巡查部：此部新设，意在扭转过去总部对地方掌控力不足的弊端。巡查部负责对全国各州府进行常态化、制度化的巡视，不仅监督地方镇魔分司的日常运作、任务完成情况，更肩负着及时发现并上报潜在威胁、纠察地方分司违纪行为的重任。林轩赋予巡查使“见官大一级”的临时权限，使其能有效震慑可能的地方保护主义及与地方势力勾结的苗头，将总部的意志贯穿下去。
情报部：此部由深得林轩信任的莫北川直接管辖。改革将原先分散、重叠的情报力量进行全面整合，形成对内监察、对外渗透、情报分析汇总三位一体的强大机构。部下细分为侦查科（负责外部情报搜集）、反谍科（清理内奸、防范渗透）、分析科（海量信息处理、研判趋势）。林轩强调，情报部是镇魔司的“眼睛”和“耳朵”，必须做到“敌未动而我先知，祸未显而我已觉”。
其次，设立三大辅助与支持系统，为前线部门提供坚实保障，构筑长期发展根基：
后勤保障司：将原先分散于各处的财务、资源管理权统一收归此司。司内设粮饷、军械、丹符等署，专门负责全司的财政预算、人员俸禄，以及丹药、符箓、兵器、法器等战略资源的标准化生产、仓储与精准调配。林轩定下铁律：“绝不让一线将士因后勤不济而流血又流泪。”
功勋考评司：此司的设立，旨在打破过往论资排辈、人情请托的陋习。林轩亲自指导制定了极其详尽的功勋评定与过错惩处标准，覆盖任务完成度、个人修为提升、团队协作、特殊贡献等方方面面。功勋考评司独立记录、严格核定所有人员的功过，其考评结果直接与资源分配、职位升迁、功法兑换等切身利益挂钩，形成了一套透明、公正且强有力的激励机制，让能者上、平者让、庸者下。
训研司（训练与研究）：林轩对此部门寄予厚望，视其为镇魔司持续强大的生命线。训研司下辖修武堂（新人选拔与基础培养）、讲武堂（在职人员定期轮训与晋级考核）、以及至关重要的格物院。格物院负责研究新出现的妖魔特性、弱点，解析敌对术法原理，并基于研究成果，开发新的应对术法、改良乃至创造新的制式装备。林轩提出“以战促研，以研强战”的方针，鼓励一线人员将实战经验反馈给格物院。
最后，强化垂直领导与监察体系，确保新架构的权威与效率：
明确各地方分司直接对总部相应部门负责，重要人事任免、大额资源调动必须报请总部批准，切断地方形成独立王国的可能性。
设立地位超然的监察处，独立于所有部门之外，仅对林轩一人负责（林轩离京期间，对莫北川负责）。监察使拥有随机巡视总部各部及各地方分司的权限，可风闻奏事，直接查处违纪违规行为，成为高悬于所有镇魔司成员头顶的“利剑”。
建立一套密级分明、传递迅速的紧急联络通道和快速反应机制，确保总部的战略命令能如臂使指般迅速传达到最基层的行动单位，同时重要情报也能通过绿色通道第一时间直抵林轩案头。
这一套全新的架构图一经颁布，便在镇魔司内引起了巨大震动。它职责清晰，权责分明，既保证了各业务部门的专业性和自主作战能力，又通过垂直管理、资源统筹和独立监察，确保了总部的绝对控制力和整个机构的高效协同。它更像是一个融合了现代军事指挥与精密情报体系的战斗组织，彻底摒弃了传统官僚衙门的拖沓与低效。
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