不过这也并不是拜仁的全部，因为拜仁的替补阵容也是非常强大的，甚至于张卫对他们的替补更为看重。
首先要介绍的应该就是穆勒了，1989年9月13日托马斯·穆勒出生于慕尼黑郊外四十公里的威尔海姆市。1993年四岁的托马斯·穆勒便成为了威尔海姆的帕尔俱乐部一员，开始了自己的足球生涯，在帕尔的七年时间，为穆勒日后的足球生涯打下了良好的基础。
2000年5月19日穆勒加入拜仁慕尼黑足球俱乐部青训营，在2007年的德国A级青年联赛中，穆勒出场二十六次打进十八球，帮助球队夺得十九岁以下德甲联赛亚军，在拜仁青训营的八年时光，穆勒除了每日的训练之外，还完成了中学的学业，每周他都要坐火车往返于学校和训练场之间。
2008-09赛季他代表拜仁二队参加德丙联赛，三十二场攻入十五球，在德丙射手榜中排名第五，顺利进入一队大名单。2008年夏天拜仁历史上的传奇球星盖德·穆勒在一次专访中，点名称赞了托马斯·穆勒出色表现，看好他成为拜仁青训营脱颖而出的球星。在拜仁青训营崭露头角的穆勒很快吸引了众多德国劲旅的关注，慕尼黑1860和斯图加特都曾派出球探考察穆勒。2008年8月15日拜仁慕尼黑对阵汉堡的德甲联赛中，最后十分钟穆勒替换米罗斯拉夫·克洛泽出场，完成了其在一线队的正式首秀，在2008-09赛季穆勒获得了三次德甲出场机会。
2008年年底刚刚夺得德甲半程冠军的霍芬海姆私下接触穆勒，打算用一份丰厚的合同将其签下，并且许诺给他比在拜仁多得多的出场机会，但穆勒拒绝了，他表示自己在拜仁已经待了九年，更愿意在拜仁证明自己。
2009年2月穆勒与其二队队友霍尔格·巴德施图伯得到了一份为期两年、截止到2011年的新合同，从2009-10赛季起生效。2009年夏天穆勒被提拔上拜仁一队，成为了一线队的正式一员，从一开始穆勒就被定位为克洛泽、戈麦斯、托尼和奥利奇之后的拜仁第五前锋。
2009年3月11日欧冠18决赛第二回合，拜仁慕尼黑主场对阵里斯本竞技，第七十二分钟穆勒换下施魏因斯泰格，而第九十分钟，索萨开出角球，替补登场的穆勒混战中近距离破门，成功地完成了其个人在欧洲赛场的首演，最终拜仁在主场七比一大胜，总比分十二比一淘汰里斯本竞技晋级八强。
2009年9月12日拜仁和多特蒙德的比赛，穆勒再次替补登场，本场比赛他独中两元，帮助拜仁五比一横扫对手，不仅打入德甲处子球，还超额完成了任务，他也在赛后被媒体评为本场比赛的最佳球星。2009年9月13日盖德·穆勒将托马斯·穆勒钦点为自己的接班人，2009年9月16日2009-10赛季欧冠第一轮，拜仁对阵海法马卡比，比赛第八十五分钟，奥特尔禁区内接普拉尼奇直塞球回敲中路，穆勒在禁区弧顶处得球后右脚抽射球门底角得分，将比分扩大为二比零，三分钟后戈麦斯利用速度摆脱后卫防守后右路传中，穆勒门前近距离右脚捅射破网，将比分定格为三比零。
2010年5月1日2009-10赛季德甲第三十三轮，拜仁主场迎战波鸿，第十八分钟穆勒门前两米处接拉姆传中抢点破门，第二十分钟穆勒接里贝里传球头球攻门，第六十九分钟穆勒在禁区中接到范博梅尔的助攻，一脚射门穿过后卫直奔球门死角，黑尔瓦根扑救不及，穆勒完成了自己在拜仁一队的首个帽子戏法，最终帮助拜仁三比一击败波鸿，力压主场零比二负于不来梅的沙尔克04提前夺得德甲联赛冠军。
2012年5月20日第五十七届欧冠决赛，拜仁主场迎战切尔西，第八十三分钟克罗斯左路斜传，穆勒后点距门五米处冲顶弹地越过切赫指尖贴横梁入网，顶进冠军联赛决赛史上第五十球，拜仁一比零领先，穆勒是2001年埃芬博格之后首位欧冠决赛进球的德国球员，但德罗巴随即头槌扳平，点球决战中拜仁三比四告负，2012年12月19日拜仁慕尼黑宣布与穆勒签约至2017年6月30日。
2013年4月24日欧洲冠军联赛半决赛首回合，拜仁主场迎战巴塞罗那，第二十四分钟丹特头球摆渡，穆勒右门柱边冲顶首开记录。第四十九分钟穆勒接罗本右侧开出的角球，后点头球摆渡，助攻戈麦斯，穆勒成为欧冠近十个赛季首位对阵巴萨同时贡献进球和助攻的德国球员，第八十二分钟穆勒在门前五米处推进空门。穆勒2012-13赛季欧冠攻破了所有六个对手的球门，成为继齐克勒和埃芬博格之后，欧冠第三位攻破巴萨球门的德国球员，他也是继齐克勒对阵皇马之后，欧冠第二位单场两破西甲球队大门的德国球员，最终拜仁慕尼黑以四比零取胜，创造冠军联赛半决赛最悬殊比分。
2013年5月26日2012-13赛季欧洲冠军联赛决赛中，穆勒也多次帮助队友获得得分机会，最终拜仁慕尼黑二比一战胜多特蒙德，捧得第五座大耳朵杯，拉姆、施魏因施泰格和穆勒共同创造德国球员参加冠军联赛决赛纪录，穆勒也成为第七年轻的三次出战冠军杯决赛的球员。
2013年3月31日德甲第二十七轮，拜仁九比二大胜汉堡，穆勒在汉堡队禁区上演了一幕狗刨式突破法，连滚带爬地晃过了汉堡队两名防守球员，这一幕也让球迷们开心不已，2013-14赛季德甲联赛中穆勒出场二十九次，打进十三粒进球，贡献十次助攻，帮助拜仁慕尼黑卫冕德甲冠军。
在欧冠联赛中穆勒出场十二次，打进五粒进球，贡献一次助攻，却依然无法阻止拜仁慕尼黑在欧冠半决赛两回合零比五惨败给本届欧冠冠军皇家马德里，在德国杯中穆勒出场六次，打进八球，帮助拜仁慕尼黑夺取德国杯冠军并夺取德国杯金靴。
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