在1936-37赛季，加泰足联举办了一项由六支加泰球队和四支瓦伦西亚球队参加的赛事，这项赛事是用来取代由于战争被迫取消的联赛，巴萨成为地中海联赛的冠军。
为了逃避战争，同时也是寻求资金来改善俱乐部可悲的财政状况，巴萨前往墨西哥和美国，有些球员甚至再也没有回到巴萨，1937年夏天球队以民主、自由大使的身份受到墨西哥的接待。
1938年5月16日弗朗西斯科·佛朗哥的军队进攻巴塞罗那时在巴塞罗那的社交俱乐部投掷了炸弹，造成了极大的损失，几个月后巴塞罗那被佛朗哥军队占领，巴塞罗那足球俱乐部作为加泰罗尼亚主义的标志，会员人数被勒令减少到三千四百八十六人，面临着巨大的生存问题。
1939年6月29日LesCorts球场为举办一场比赛而正式重新开放，比赛由一大堆军人和当权者主持，俱乐部在赛前一场演讲中声明自己不再是反西班牙情绪的载体，而是要成为新政权下西班牙竞技的新偶像。
1940年3月弗朗哥政府的官员恩里克·皮涅罗被任命为巴塞罗那主席，然后俱乐部的名字被勒令从原来比较英国化的名字FutbolClubBarcelona改为了西班牙化的ClubdeFutbolBarcelona，直到1973年才恢复了原来的名字，加泰罗尼亚旗上的四道红杠被勒令减少到了两道，直到1949年恢复原状。
1943年对皇家马德里的比赛中，巴塞罗那队员受到了裁判和警察的死亡恐吓，巴塞罗那主席皮涅罗虽然是***分子，但最后厌烦了自己的俱乐部受到了马德里政府这样的待遇，最后辞职。
1944年萨米蒂埃执教巴萨，赢得了1944-45西班牙联赛冠军，这是自1929年以来球队首个联赛冠军。
巴塞罗那获得了1944-1945、1947-1948、1948-1949三个赛季的联赛冠军，还在1949年获得了拉丁杯的冠军。巴塞罗那在1949年举行了庆祝俱乐部五十周年的庆典，会员达到了两万四千人，共获得了二十一座加泰罗尼亚杯冠军，九次西班牙杯冠军，四次联赛冠军。
1950年10月匈牙利天才库巴拉加入巴萨，同时把他独有的弧线球等技术带入了巴萨。1951-52赛季巴萨令人轰动的阵容帮助球队赢得五项不同赛事的冠军：联赛、西班牙杯、拉丁杯、EvaDuarte杯和MartiniRossi杯。这支五冠王球队拥有一群出色的球员和一位传奇前锋：拉马莱茨，塞古尔，比奥斯卡，萨加拉，冈萨尔沃，巴索拉，塞萨尔，库巴拉，莫雷诺和曼崇。
1953年巴萨与河床达成协议，签下迪斯蒂法诺，拥有该球员的所有权，与此同时皇马与迪斯蒂法诺当时正效力的米伦拿列奥俱乐部展开谈判，在弗朗哥分子的支持下，一个奇怪的结果诞生了，迪斯蒂法诺被规定轮流为两家球会效力，巴萨对这个裁定十分不满，并主动放弃了这名球员。
1950年6月库巴拉加盟巴塞罗那，球队获得了1951-1952，1952-1953赛季联赛冠军，还包办了1951-1953三年的西班牙杯冠军，在1951-1952赛季巴塞罗那在由巴罗萨、塞萨尔、库巴拉、莫雷诺、曼科恩组成的锋线率领下成为了联赛、西班牙杯、拉丁杯、马丁杯、罗西杯冠军的五冠王，伴随着库巴拉、拉马莱茨、泰加塔和赛博尔的离开，巴萨的五冠王朝宣告结束。
随着新兴建的诺坎普体育场于1957年9月24日启用，巴塞罗那正式踏入一个新时代。1959-60赛季巴萨和皇马在最后一轮前积分持平，巴萨净胜球占优，埃雷拉的球队没有错过机会，依靠亨萨纳、苏亚雷斯、塞加拉、E.马丁内斯和埃瓦里斯托的进球五比零大胜萨拉戈萨。
1958-1959赛季及1959-1960赛季先后两夺联赛冠军，1957-1958赛季及1959-1960赛季更获得了博览会杯，1961年巴塞罗那在圣西罗击败AC米兰，首次打进欧洲冠军杯欧洲联赛冠军杯决赛，但二比三败给葡萄牙本菲卡足球俱乐部。
1968年西班牙杯决赛，巴萨在伯纳乌以一比零击败皇马取得胜利，完场前几分钟的时间，观众向巴萨球员投掷玻璃瓶，所以这场比赛又称为“玻璃瓶决赛”。
1969年蒙塔尔赢得选举成为俱乐部主席，他的计划是坚持全民参与，他灌输一种所有会员都能通过选票反映自己想法的理念。1972年诺坎普通过扬声器播放加泰语，俱乐部新闻也开始用加泰语，1973年俱乐部恢复原有的名字：巴塞罗那足球俱乐部。1973年蒙塔尔再度被选为主席，他的竞选标语是“巴萨不仅仅是一家俱乐部”。
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