大军西征最大的难点就是后勤，准备好了充足的后勤物资和补给路线，就没有什么顾虑了。十五万大军正式出发，前军八万人，由最精锐的的部分组成，最初建军时一千京营教官有八百人在这支前军中，后军七万人，押运后勤物资，也随时可以转变成战兵。
陕西到新疆2100多公里，为了避免消耗太多体力保持战斗力，行军速度并不快，路上就走了将近三个月，这么大的动作当然隐瞒不了消息，阿敏和多尔衮等人在叶尔羌汗国进行了全境极限动员，拼凑出了八万人马准备应战，其他百姓也被强征保障后勤工作。不过辽东战败，失去了全部工匠，武器装备数量和质量都大降。
这支陕西兵虽然大部分没有经历过实战，不过这些年各军镇都有经验交流互相进行实战演习，经历过模拟战场的经验，龙象般若功也都已经达到了第三层，对付的又只是实力大降的后金军团足够了。作战办法还是实力碾压，火药、铳炮弹丸经过计算，携带的足够灭阿敏大军三四遍的量，用厚纸卷成的火箭还可以现场制作，三弓床弩携带了三台，各种远中近程打击武器齐备，就是担心找不到敌军主力。
不过这个也容易解决，宣传战争目的只是来追剿后金余孽，要剿灭阿敏等在逃建虏头目和与之勾结的穆罕默德，之前被他们联手灭掉的阿卜杜拉残余旧部主动联络明军充当了带路党报仇，摸清了阿敏等人主力位置以后，采用声东击西的办法，假装袭击叶尔羌汗国首都莎车，半路突然转变方向咬往了敌军主力，前后作战半个月击溃了阿敏大军主力，又经过了三个月的追剿，最终活捉了阿敏，击杀了阿济格、多尔衮、多铎和穆罕默德。
大军出发之前就有过交代，对于这些后金余孽本来就不要求全部捉拿，之前审问皇太极等人时也早就搜集过阿敏等人的罪行，就把阿敏先进行关押，崇祯和内阁从京城派遣官员组成了专案组前赴“新疆”地区，就地审判审明罪状后处决。
之后宣化司大肆开动，资料早就准备好了，唐朝的安西都护府在与长安断绝联络，孤立无援的情况下还坚持了半个世纪，最后沦陷时每一个据点最年轻的士兵都已经年过六十，还有张义潮收复河西的坚守两百年的旧事。之后就决定正式开发西域，第一批当然就是西征十五万大军的家属，留守的五万大军也一起去，加起来超过二百二十万人。
陕西的饥荒还没有过去，还是老办法，继续招兵，这次派出的是京营的国子监军校培养出来的新秀，历史上出自通卫营的孙应元和黄得功，还是六百万两银子，招募十万兵力赈济相关一百万人，这些就是以后陕西的驻军了，估计等这一批兵练成，饥荒就差不过渡过了，历史上饥荒是1645年左右才逐渐衰退的。
这些人大部分都是陕西灾民出身，新疆有不少绿洲农业，现代都是农业大省。棉花、甜菜、小麦，还有哈密瓜、葡萄等瓜果也大大有名，正好让他们移民过去进行开发。当然行政区域上不会再用“新疆”这种不伦不类，还留有隐患的名称，而使用唐代时的旧称，安西、北庭分治南北。
其他地方卫所制已经废除，卫所籍等同民籍，即便战时状态结束也没有恢复，不过安西和北庭决定恢复卫所制，各驻十万大军，及其家属，采用“生产建设兵团”的制度。至于行政官员，新科举早就已经走上正轨，对于赴安西和北庭任职的官员的升迁品级和俸禄给予一些“优惠”有大把的人愿意去。
西征战役之后，最后的一场大战了结，战时状态结束。至此，明朝社会完全进入了和平发展的阶段，就连崇祯本人处理的事情也大为减少了。沈飞则基本于处旁边的状态，就是和完颜萍一起教一下何铁手、阿九和郑成功三个亲传弟子，提议崇祯组建医学院，把自己的医学经验整理成着作交给医学院一起研究，不再是简单的师徒传承，一起改进几个丹方。
崇祯六年瘟疫爆发了以后，在沈飞的暗中引导之下，吴有性三年时间就提前总结出了致病的因素是“疬气”（病毒），和历史上没有引起重视不同，这时薄珏已经制作出了显微镜，已经可以看到“疬气”，很快被同行接受，温病学四阶段卫气营血也提前出世，不到一年就形成一支中医的流派在民间冶疫中产生了很大影响，吴有性本人当然也成了格理院翰林学士和医学院成员，还因为治疫有功得到了伯爵爵位。
显微镜出来了，望远镜当然也有突破，远超过了欧洲的水平，崇祯十二年编纂完成的《崇祯历书》刊印并且正式颁布新历，经过了之前李之藻制作地球仪的出售推广，“地球”概念在知识分子群体中已经深入人心。新历确实也有反对者，不过因为已经正式颁布，没有像历史上经过十年争论，加上之前科举里加入数学、几何等新内容，低配版望远镜也已经在民间发售，反对者也大多是以数学方法对新历法进行验算，倒是又带动起了一波新的数学几何热潮。
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