辨证论治在《五十二病方》开始有了初步体现，如疽病方这一记载：“治白蔹、黄芪、芍药、桂、姜、椒、茱萸，凡七物。骨疽倍白蔹，肉疽倍黄芪，肾疽倍芍药。”同一疽病，症候因有骨疽、肉疽、肾疽的不同，治疗也就有倍白蔹、黄芪、芍药的区别，根据症候的变化改变方剂比例关系，它为我们提供了祖国医学早期的辨证论治思想的依据。
又如“牡痔、牝痔”的治疗共有12方，而每方的主治证候都不一样，治疗则又有外敷、熨法、角法及外科手术等。从这些方法中不难看出，《五十二病方》中的辨证论治思想在当时已初步形成、
与现存中医经典着作《黄帝内经》对照，可以发现《五十二病方》在医学理论和实践方面有着更为原始、古朴的特色，还看不出《内经》中已经出现的五行学说的痕迹，阴阳学说也几乎没有反映，难得提到脏腑，没有各个腧穴（即穴位）的名称，只提到过“泰阴”、“泰阳”两个脉名，书中的治疗方法有灸法、砭法而没有针法。
此外，还值得注意的是，书里记载的某种疾病往往有几种不同的疗法，同一药物也常常几个不同的名称，甚至字的写法前后也不统一，这些可以证明283个医方是长期搜集和积累的成果，其中不少医方后面注明“已验”、“尝试”、“令”（灵验的意思）说明它们曾在医疗实践中经历过反复的验证，里面可能保存着不少远古时期流传下来的原方。因此《五十二病方》的成书年代无疑早于《内经》和《神农本草经》，是迄今为止我国已发现的最早古医方。
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