尹继善的为政特点在于注重实际效果，力求让百姓受益。例如，他在担任两江总督期间，公开发布了办赈条告，严禁属员侵吞赈灾物资。他警告说，如果发现有官员克扣赈灾款项以肥私囊，必将依法严惩，即使他本人未能及时察觉，天理也不容这种行为，其子孙也将无法逃脱道德的谴责。
在川陕地区任职时，尹继善改变了前任的一些弊政，比如在乐山等地开采铜矿，不仅增加了财政收入，还为当地贫困百姓提供了就业机会，对改善民生起到了积极作用。他还大力整顿漕运和仓谷管理，剔除了许多长期以来存在的弊端。
康熙末年及雍正初年，江苏地区的漕粮征收存在诸多弊端。一些地方官以各种名目盘剥百姓，如以“脚费”为名，将一斗粮食只按六七升计算。鄂尔泰曾在苏州布政使任上提出初步改革方案，但未能实施。雍正六年（1728年），尹继善任江苏巡抚，次年上疏《厘剔漕事疏》，提出了具体的漕粮征收办法，规定每石漕粮征收六分漕费，其中一半用于支付旗丁，另一半用于州县办漕所需。这一办法实施后，取消了所有不合理的费用，并规定如有粮食残留在斛的边缘，也允许百姓自行刮去。同时，尹继善严厉禁止各种漕运陋规，对违法官员进行了严肃处理，确保了漕运的公平合理。
在仓谷管理方面，尹继善同样采取了一系列有效措施。他请求清廷颁布谕旨，将低价强购仓粮的行为明令禁止，并严厉查处失职官员和舞弊书吏。他认为，各州县在采购仓粮时，应避免干扰市场，防止物价大幅波动。例如，乾隆十三年（1748年），江苏巡抚安宁不顾物价高昂，下令大量采购米谷，导致民怨沸腾。尹继善及时上奏乾隆帝，制止了这一行为。
乾隆十五、十六年（1750-1751年），由于连续灾害，江苏地区仓库空虚，缺口高达一百五十多万石。尹继善在秋季收成稍好时，没有急于大量采购补足库存，而是采取了更加谨慎的态度。他指出，刚刚经历灾害，市场上的粮食价格本来就高，如果大规模采购，将进一步推高粮价，造成社会不稳定。因此，他指示各州县按一半的比例采购，如市场价格上涨过快，则立即停止采购。
尹继善在处理仓储问题时，强调应根据实际情况灵活调整。他提出，不应机械地遵循传统的“存七粜三”原则，而应根据当年的收成情况和市场价格进行动态调整。例如，在歉收之年，若米价过高，可以适当增加粜粮比例；而在丰年，则可以减少或停止粜粮，以保持市场的稳定。
在面对重大决策时，尹继善始终坚持自己的判断，并敢于直言。例如，雍正七年（1729年），尹继善在担任河道总督时，面对浙江总督李卫关于黄河治理的意见，提出了不同的看法。他认为治河的关键在于河底的深度而非水面的高低，这一观点得到了雍正帝的高度赞赏。
雍正十年（1732年）冬天，尹继善入京觐见。当时江南地区发生严重灾荒，而河东总督田文镜为了夸耀自己的政绩，不顾山东受灾的事实，提议将山东省的粮食调拨到江南用于赈灾。按察使唐绥祖秘密上奏，指出山东本身也受灾，粮食应留在本地。雍正帝询问尹继善的意见，尹继善的回复与唐绥祖相同。雍正帝虽然认为山东确实受灾，但由于唐绥祖是田文镜推荐的，不愿出现意见分歧。尹继善回答说：“臣听说古人有以公宪回报私恩的做法，如果我是田文镜，只会感到感激和羞愧，而不会心生嫌怨。”雍正帝深以为然。不久后，唐绥祖被调入京中，授予太常寺卿的职务。尹继善的直言不仅保护了唐绥祖，也使山东百姓及时获得了赈济。
谈及尹继善的政绩，很多人并不知道他在平准平回、统一新疆的过程中也做出了重要贡献。这可能是因为他在乾隆十八年（1753年）短暂担任陕甘总督期间，实际任期只有短短八个月，而军需事务主要由黄廷桂负责。然而，尹继善在任期间正处于一个关键时期，清廷正在密切关注准噶尔的动向，准备随时采取行动。
尹继善到任后，积极备战，筹措军需。他下令备战马驼必须膘壮驯熟，并要求各地确保数量充足。他还派人勘察口外的道路及水草分布情况，以确保大军出师顺利。同年六月，尹继善针对准噶尔新换台吉、局势未定的情况，提出了十条“防范”措施，包括慎重选择安西将军、挑选精锐部队、加强战马饲养、勘查口外水草、携带武器、储备弹药、筹备粮草、就近准备银两、加固城垣、以及在附近区域种植牧草。
这十条措施表面上是为了加强防御，但实际上为清廷出师平定准噶尔做好了准备。当时乾隆帝尚未作出出师决定，尹继善的这些措施显示了他具有前瞻性的战略眼光。正因为如此，当大军平定伊犁后，乾隆帝特地召尹继善前往热河，参加宴请归降的“诸夷”，并称赞尹继善“厚重有体”。
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