然而，乾隆帝对阿桂和明瑞在乌什起义中的表现并不满意，认为他们在处理过程中存在“剿办迟延”、“示怯损威”以及“办事草率错谬”等问题。因此，尽管最终平定了起义，两人仍被“交部严议”，后被从宽留任。阿桂也因此失去了尚书职务，留在伊犁协助明瑞治理事务。
在伊犁期间，阿桂提出了将雅尔城搬迁至楚呼楚的建议，以利用该地肥沃的土地和便利的地理位置，改善原先雅尔城距离牧场较远、耕地不足的问题。这一建议得到了朝廷的批准。乾隆三十二年（1767年），阿桂被任命为伊犁将军，成为了一位重要的封疆大吏。
四、对缅战争
乾隆三十三年（1768年），清朝与缅甸贡榜王朝之间的冲突升级，云贵总督明瑞在征缅战争中兵败自尽，这使得清朝面临着严峻的外交和军事挑战。为了应对这一局势，乾隆帝决定派遣高级将领进行反击。大学士傅恒主动请缨，乾隆帝随即任命傅恒为经略，并指定阿桂与钮钴禄·阿里衮为副将军，组成第四次对缅作战的指挥团队。
在接到任命后，阿桂迅速响应，于乾隆三十三年（1768年）三月奉召回京，四月被授予兵部尚书的职位，六月又被任命为云贵总督。同年十一月，阿桂抵达云南永昌，随即与阿里衮率领军队进攻缅甸旧都木梳。在此期间，乾隆帝为了确保阿桂能够全力投入对缅作战，于乾隆三十四年（1769年）任命明德接替阿桂担任云贵总督。
在备战过程中，阿桂一方面负责指挥军队攻打木梳，另一方面还需关注后勤保障问题。他在率军自铜壁关前往蛮暮督造战船时，向朝廷报告了军粮不足的情况，并请求等待傅恒抵达后再行进攻老官屯。然而，乾隆帝认为阿桂此举是畏战的表现，因此撤销了他的副将军之职，改授为参赞大臣。
同年九月，傅恒抵达前线，清军分三路出击，阿桂指挥蛮暮新造的战船沿大金沙江出兵，与傅恒等会师。在老官屯的战役中，阿桂部署伏兵于甘立寨，并取得了一定的战果，最终与其他两路清军一起围攻老官屯。
然而，由于缅军顽强抵抗以及水土不服导致清军大量减员，加之阿里衮病逝、傅恒重病，形势对清军极为不利。在这种情况下，乾隆帝下令阿桂筹划撤军事宜，并于乾隆三十四年（1769年）底与缅甸方面达成和议。同年十二月，阿桂被任命为礼部尚书，负责处理战后的善后事宜，但由于他当时仍在云南，因此先由索尔纳代理其职。
与此同时，木邦、蛮暮和孟连等地的土司头目为了避免缅甸的威胁，请求清廷将他们安置于内地。阿桂建议将云南大理、蒙化一带原有的马厂官庄田地划给这些土司头目居住，这一提议得到了朝廷的批准。
乾隆三十五年（1770年），阿桂兼任镶红旗汉军都统。然而，由于缅甸方面未能履行议和协议，继续扣押清廷使者，乾隆帝对此感到不满，决定再次调整阿桂的职务，将其领侍卫内大臣、礼部尚书和镶红旗汉军都统等职全部革除，仅保留内大臣的职位，并命令他继续参与军务以求自赎。
到了乾隆三十六年（1771年），乾隆帝命令阿桂出偏师骚扰缅甸，试图通过消耗对方实力后再行大规模进攻。然而，阿桂则建议应当大举攻缅，这一提议并未得到乾隆帝的认可。相反，乾隆帝认为阿桂的建议不合时宜，并通过手诏严厉批评了阿桂，剥夺了他的官职，但允许其留在军营效力。
五、金川元功
乾隆三十六年（1771年），正当阿桂因缅甸事务屡遭贬斥之际，四川金川地区的形势再度紧张，清朝的注意力从缅甸转向金川。这一变化为阿桂提供了洗刷旧耻、建立新功的机会。
金川地区自乾隆十四年（1749年）清军平定后，虽然暂时恢复了平静，但由于该地区仍由土司管理，各土司之间时常发生争端。乾隆中期以后，大金川土司莎罗奔年老，其孙索诺木开始主持土司事务，并不听从清廷的劝诫，频繁侵犯邻近土司。乾隆三十六年（1771年），索诺木诱杀了革布什扎土司，而小金川的僧格桑也攻打鄂克什和明正土司，公开对抗清朝军队。面对这一局势，乾隆帝命令大学士、定边将军费莫·温福自云南赴四川，率军征讨。
温福鉴于阿桂熟悉四川的情况，决定带他一同前往金川战场。同年十二月，阿桂抵达金川后，由于四川提督董天弼在战场上表现不佳，阿桂被任命为代理提督。清军分两路进攻小金川，阿桂随温福从汶川出发，桂林则从打箭炉出发。在初期战斗中，阿桂率军接连攻克巴郎拉、达木和巴宗等要塞，展现出了卓越的军事才能。
乾隆三十七年（1772年）二月，阿桂继续推进，占领了资哩山和阿喀木雅等地，并因此被授予参赞大臣的职位。然而，桂林在墨垄沟的战斗中失利，被免职。阿桂随即被任命为南路指挥，成为独当一面的大将。阿桂抵达军营后，迅速制定了进军策略。他发现小金川僧格桑盘踞于小金川河北的美诺，而要想攻取美诺，必须先控制其门户僧格宗。为此，阿桂决定首先争夺甲尔木山的战略要地。
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