不久之后，福康安被调任为四川总督。在此期间，他还率领金川土司入朝觐见。然而，由于在讨论吉林将军恒秀的罪责时，福康安认为判决过轻，遭到了乾隆帝的批评，认为他有偏袒亲友之嫌。尽管如此，福康安依然在政务上继续发挥重要作用，并再次被任命为云贵总督。在寒冷的冬季，乾隆帝特赐福康安御用的黑狐大腿褂，以示恩宠。
乾隆六十年（1795年）二月至三月间，乾隆帝调派福康安与四川总督和琳、湖广总督伊尔根觉罗·福宁共同率领七省兵力共计十余万人，分路镇压贵州苗民首领石柳邓、湖南石三保、吴半生等人领导的苗民起义。福康安率领大军北上，从贵州铜仁出发，向正大、松桃等地进攻，沿途展开了大规模的围剿行动。在短短不到两个月的时间里，福康安成功地镇压了贵州境内的苗民起义，石柳邓在被围困后逃往湖南寻求石三保的支持。
随后，福康安与和琳合兵一处，进入湘西地区，采取了剿抚并用的策略。九月，起义军首领吴半生被俘，到了十二月，另一位主要领导人吴八月也被捕。在这一系列的军事行动中，福康安不仅展现了其出色的军事指挥才能，还展示了他处理复杂局势的灵活性。
鉴于福康安在平定苗民起义中的杰出表现，乾隆帝决定破格封他为贝子。这是历史上第一次有非宗室成员在活着的时候被授予如此显赫的爵位
八、死后反复
福康安在湘西的战斗中，由于长时间跋涉在崎岖的山路上，加上持续不断的雾雨天气，以及高强度的作战压力，使得他身体逐渐不支，最终罹患了瘴病。尽管病魔缠身，福康安仍旧坚持督兵作战，展现出了他一贯的顽强作风。然而，积劳成疾终究让他无力支撑下去，嘉庆元年（1796年）五月，年仅四十二岁的福康安在军营中不幸病逝。
福康安的逝世震动了朝廷上下。嘉庆帝闻讯后，亲自写诗悼念这位英勇的将领。乾隆帝虽已退位成为太上皇，但对福康安的逝世同样感到痛惜，作诗表达哀悼之情：“自叹贤臣失，难禁悲泪收。深恩纵加赠，忠笃那能酬。”为了表彰福康安的功勋，他被追封为嘉勇郡王，并与父亲傅恒一起配享太庙，享受建立专祠的荣誉。当年十一月，福康安与和琳的灵柩被送回京城，乾隆帝亲自前往祭奠，表达了对这位功臣的深切怀念。
福康安去世后，其子富察·德麟继承了贝勒爵位。然而，福康安生前的行为却为他身后留下了阴影。据记载，福康安在军中时曾仗势聚敛财富，生活奢侈浪费。德麟在迎回福康安灵柩时，更是向沿途的地方官索要了大量白银，总计超过四万两。这种行为无疑触怒了朝廷，特别是新即位的嘉庆帝。
嘉庆帝亲政后，对德麟的行为进行了严厉谴责，并勒令他缴纳八万两白银输入宫中，以弥补其不当所得。到了嘉庆十三年（1808年），嘉庆帝再次对德麟采取了惩罚措施，借口将其由世袭贝勒降为贝子，进一步削弱了其家族的地位。
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