阮惠得知清军即将进入的消息后，立刻派遣军队在寿昌江一带阻击清军。孙士毅率领的大军抵达后，迅速击败了阮惠的抵抗力量，并顺利渡过寿昌江，继续推进至市球江。在此过程中，孙士毅巧妙地运用战术，表面上在市球江下游架设浮桥，制造出要从此处渡江的假象，实际上却秘密派遣总兵张朝龙从上游过江，攻击敌军后方。这一计策使得安南军队陷入混乱，孙士毅随即率军乘筏渡过大江，迫使安南军队仓皇溃退。
随后，孙士毅继续带领清军前进至富良江。这里南岸即是黎城，阮惠集结了所有战舰在南岸防御。孙士毅命令士兵使用木筏渡江，并派遣提督许世亨率二百人于夜间渡江，夺取阮惠的船只。次日清晨，已有两千多清军成功渡江。阮惠的军队慌忙弃船逃跑，张纯率军追击，焚烧敌船，清军顺势攻入黎城，阮惠败走富春。孙士毅迎接黎维祁返回军中，并按照乾隆帝的旨意，正式册封黎维祁为安南国王。孙士毅因此功绩被封为一等谋勇公，并获赐红宝石顶。但他本人谦逊，请求辞去这些荣誉，但未获批准。
然而，好景不长。乾隆五十四年（1789年），阮惠重新集结力量，再度攻打黎城，迫使黎维祁再次逃亡。此时，孙士毅已率军北上，渡过市球江，在江北驻扎。阮惠的军队紧随其后，清军总兵李化龙在断后过程中不幸落水身亡，而浮桥被破坏，导致提督许世亨等人战死。孙士毅被迫退回镇南关，并将黎维祁及其家人安置在南宁。乾隆帝认为孙士毅未能遵循诏令及时撤军，导致了此次失利，遂罢免了他的爵位，并收回了之前授予的红宝石顶和双眼花翎，解除其总督职务，改由福康安接替。
在这之后，阮惠追击清军至富良江附近。孙士毅意图再次渡江与阮惠决战，但遭到许世亨的劝阻，认为此举有损大清国威。孙士毅最终选择撤军，并上书自我检讨。清廷令他继续驻扎镇南关处理事务。不久，阮惠派遣使者请求归附大清，福康安到达后，与孙士毅一同严厉斥责阮惠的使臣。孙士毅认为黎维祁无力维持统治，建议册封阮惠为安南国王，乾隆帝接受了这一建议。
不久后，孙士毅被召回京师，被任命为兵部尚书，并充任军机大臣，入值南书房。同年冬天，他又被派往四川代行总督职务。然而，一年后，他被免去了总督之职。不久，因两江总督书麟因高邮书吏伪造印章非法收税而被治罪，清廷任命孙士毅接替他，并指示他严肃处理此事。孙士毅在江南地区认真履职，继续为朝廷服务。
四、远征后藏
乾隆五十六年（1791年），孙士毅因在平定台湾林爽文起义和处理安南事务中的杰出表现，被清廷授予吏部尚书、协办大学士的高位。这一年，廓尔喀（今尼泊尔）入侵西藏，威胁到了清廷在西南边疆的稳定。面对这一紧急情况，清廷迅速作出了反应，任命孙士毅暂时代理四川总督一职，负责监督大军的军饷供给。
孙士毅深知此次任务的重要性，他从打箭炉出发，一路向西，驻扎在察木多。在那里，他不仅需要确保军需物资的供应，还要密切关注前方战局的变化。随着清军进入后藏地区，孙士毅亲自前往前藏，亲自监督军饷的运输情况，确保前线将士能够得到充足的后勤支持。由于他在这一过程中表现出色，清廷再次对他进行了表彰，赏赐双眼花翎，以示嘉奖。
次年，即乾隆五十七年（1792年），在孙士毅等人的共同努力下，廓尔喀的入侵被成功平定。为了表彰孙士毅在此战役中的贡献，清廷将他的画像再次悬挂于紫光阁，作为对他的荣誉象征。此外，他还被任命为文渊阁大学士，并兼任礼部尚书。与此同时，孙士毅与福康安、和琳共同驻扎在前藏地区，商讨战后的各项善后事宜，以确保西藏地区的长期稳定。
在此期间，福康安率领金川土司觐见乾隆帝，孙士毅被再次任命为四川总督，继续负责相关事务。不久之后，福康安调任云贵总督，由和琳接替其职务。乾隆帝命令孙士毅留在四川，处理与廓尔喀战役相关的军需奏销事宜。孙士毅意识到福康安和和琳在前线的重要性，上奏请求允许二人继续留任，但乾隆帝并未批准此请求。
五、剿乱病死
乾隆六十年（1795年），湖南地区爆发了苗族起义，叛乱势力甚至渗透到了四川秀山境内。面对这一紧急情况，孙士毅被委以重任，率军前往当地平叛。他迅速组织兵力，驻守关键地点，有效地遏制了叛军的进一步扩散。孙士毅不仅亲自指挥作战，还采取了一系列措施，加强了地方的治安管控，稳固了局势。
嘉庆元年（1796年），湖北的白莲教起义愈演愈烈，并蔓延至四川的酉阳地区。孙士毅再次临危受命，迅速调整战略部署，将部队转移至来凤地区，积极展开对白莲教叛军的清剿行动。在他的指挥下，清军取得了多次胜利，孙士毅也因此功勋被封为三等男。
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