随着太平天国起义逐渐平息，曾国藩将更多的精力投入到推动国家现代化建设上来。同治六年（1867年）3月，他在江南制造总局下设立了专门负责船舶制造的部门，并计划创办译书馆，以便更好地吸收西方科技知识。这些举措充分展示了曾国藩希望通过加强海军建设来抵御外来侵略的决心。然而，由于初期面临着诸多挑战，如资金短缺和技术瓶颈等问题，导致造船项目进展缓慢。尽管如此，在曾国藩及其团队的努力下，江南制造局最终还是得到了快速发展，并成为当时国内规模最大、设备最先进的一家军工企业。
同年5月，为了进一步扩大规模并提高生产能力，曾国藩与李鸿章共同决定将江南制造总局从虹口迁至高昌庙地区。新址占地更广，设施更加完善，为后续的大规模生产奠定了坚实基础。与此同时，曾国藩还被补授为体仁阁大学士，彰显了其在朝中日益增长的政治影响力。
进入同治七年（1868年），曾国藩继续致力于推进各项改革措施。4月份，他被改授为武英殿大学士；5月底，亲自前往上海视察江南制造总局的工作情况；8月份，则奉命调任直隶总督一职。在这段时间里，江南造船厂也取得了重要进展，9月份时，由该厂试制的第一艘轮船顺利抵达江宁（今南京）。曾国藩特意登船进行了试航，并为其命名为“恬吉”，寓意着国家能够长治久安。到了年底，曾国藩返回北京述职，期间拜见了慈禧太后及同治皇帝。
八、直隶政事
同治七年（1868年），曾国藩被任命为直隶总督，这一职务使他成为了清朝北方地区最重要的地方官员之一。然而，在同治九年（1870年）的夏天，天津爆发了一场震惊中外的教案——天津教案，这成为曾国藩任内最为棘手的问题之一。
天津教案起因于当地民众对外国传教士及教堂的强烈不满，尤其是关于外国人拐卖儿童、挖眼剖心等谣言四起，引发了广泛的恐慌和愤怒。最终导致了大规模的暴力冲突，数十名外国人在这次事件中丧生。消息迅速传开后，不仅在中国国内引起了巨大反响，也引起了国际社会的高度关注。
面对如此复杂的局面，曾国藩在接到朝廷催促处理此案的上谕后，迅速从保定赶往天津，并立即着手调查真相。为了尽快平息事态，减少对立面，曾国藩决定先解决与俄、英、美三国之间的纠纷，而不将法国问题一并处理。对于法国领事、神甫以及教堂被攻击的原因，曾国藩采取了审慎的态度，通过仔细审讯涉案人员并亲自走访调查，他对关键证人武兰珍的供词提出了三点质疑：首先，武氏的供述前后不一致；其次，关于教堂内有大量儿童被拐的说法缺乏确凿证据；最后，经过询问数百名当地百姓，所谓的“挖眼剖心”之事纯属无稽之谈。
基于这些调查结果，曾国藩认定有关“挖眼剖心”的指控完全是谣言，并据此作出了结案决定。尽管在整个处理过程中，曾国藩始终采取了一种相对温和且妥协的态度，但他也展现出了坚定的原则立场。当外国方面要求处决天津府知府张光藻、知县刘杰以及将军陈国端三人时，曾国藩坚决反对这种过分的要求，并顶住压力进行了长时间的谈判。最终，通过艰苦努力，双方达成协议，改为流放天津县、府官员，并赔偿46万两白银给受害方，同时派遣崇厚率领代表团前往法国道歉。
然而，这样的处理方式并未得到朝廷内部及广大民众的认可。许多人认为曾国藩过于软弱，未能维护国家尊严。省馆所书写的楹联甚至遭到破坏，以示对其不满。面对舆论的压力和个人健康状况的恶化，曾国藩感到非常沮丧。在此情况下，他请求李鸿章接手后续事宜。同年九月，随着案件正式结束，曾国藩因处理不当而受到指责，随后被调离直隶总督职位，重新担任两江总督。
九、回任两江
同治九年（1870年），两江总督马新贻在南京被平民张汶祥刺杀，这一事件震惊了朝野。面对如此重大的刑事案件，朝廷急需一位经验丰富且威望高的官员来处理此事。于是，曾国藩再次被任命为两江总督，并被派往南京审理此案。此时的曾国藩虽然已经年过花甲，但依然以其深厚的政治理解和卓越的行政能力承担起了这项艰巨的任务。
抵达南京后，曾国藩迅速展开了对马新贻遇刺案的调查工作。他不仅详细审讯了犯罪嫌疑人张汶祥，还广泛收集证据，试图还原案件真相。经过一系列严谨细致的调查，最终认定张汶祥因个人恩怨而行凶，并非有组织的政治阴谋。尽管这起案件引起了社会各界的高度关注，但由于曾国藩处理得当，避免了更大范围的社会动荡。
进入同治十年（1871年），随着马新贻案告一段落，曾国藩开始将更多精力投入到推动教育与科技发展上。8月19日，他联合李鸿章向朝廷提交了一份关于选派优秀子弟出国留学的奏折——《拟选子弟出洋学艺折》。这份文件提出了一个大胆而前瞻性的建议：通过派遣年轻学子前往西方国家学习先进的科学技术知识，以期培养一批能够引领中国走向现代化的人才。为了确保计划顺利实施，曾国藩提议在美国设立“中国留学生事务所”，并推荐陈兰彬、容闳分别担任正副委员常驻美国负责管理留学生事务；同时，在上海设立幼童出洋肄业局，由刘翰清负责选拔及安排学生出国前的各项准备工作。
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