然而，随着冯云山和萧朝贵相继战死，韦昌辉的地位进一步上升，成为仅次于天王洪秀全和东王杨秀清的第三号人物。特别是在1853年太平天国定都南京（改名为天京）之后，洪秀全逐渐退居幕后，很少直接参与政务决策。此时，军政大权实际上由杨秀清掌握，而韦昌辉则作为其助手协助处理各项事务，这种合作关系被官方文件描述为“协理天事”。具体来说，在许多情况下，前线将领们首先会向韦昌辉汇报情况，然后由他再转呈给杨秀清，以获得最终指示或批准。这表明韦昌辉不仅在行政管理方面发挥了重要作用，还充当了一个关键的信息传递者角色。到了1854年，为了表彰韦昌辉对太平天国事业所做出的贡献，他又被授予了“雷师”和“高天仁人”的称号。
四、变乱伏诛
太平天国定都天京（今南京）后，东王杨秀清逐渐掌握了朝政大权，几乎架空了天王洪秀全。杨秀清不仅在政治上独断专行，还经常借“天父下凡”的名义羞辱洪秀全，这种行为引起了其他领导人的不满。作为北王的韦昌辉，在这种复杂的权力结构中采取了两面讨好的策略：一方面极力逢迎洪秀全以获得其信任和支持；另一方面又不得不曲意奉承杨秀清，以免受到打压或排挤。例如，据说每当与杨秀清讨论事情时，韦昌辉总是小心翼翼地表示自己年轻见识浅薄，需要杨秀清的指导才能明白事理。甚至有一次，他的哥哥因房产纠纷与杨秀清的小妾之兄发生争执，为了平息事端，韦昌辉竟然主张将自己亲兄弟处以极刑。
1854年春夏之交，韦昌辉派遣殿前右二承宣张子朋率船队进攻湘鄂地区。然而由于内部矛盾激化，导致部队之间出现严重分歧，最终引发了大规模冲突。当消息传到杨秀清耳中后，他立刻前往北王府对韦昌辉进行了严厉惩罚，并对其下属也进行了相应处置。这次事件进一步加剧了韦昌辉对杨秀清的怨恨情绪。同年五月，尽管杨秀清命令韦昌辉率军攻打湖北，但随后却又改变主意让其他人代替出征，这无疑是对韦昌辉能力的一种质疑。秋季时再次重复类似情况，使韦昌辉更加感到被边缘化。
随着时间推移，杨秀清越来越嚣张跋扈的行为终于触怒了包括洪秀全在内的多位高层领导人。他们开始秘密商议如何应对这一局面。尤其是1856年初夏之际，随着清军江北、江南两大营相继瓦解，天京围困解除，韦昌辉正带领军队在江西取得胜利之时，杨秀清却提出了过分的要求——逼迫洪秀全封他为“万岁”。面对如此挑衅之举，洪秀全再也无法忍受下去，于是密令正在前线作战的韦昌辉返回京城执行诛杀任务。
7月26日（或29日），韦昌辉带着三千精锐部队悄悄进入天京，并迅速控制住了局势。得到洪秀全正式批准后，他立即前往东王府展开行动，将杨秀清及其家人全部杀害。然而这场血腥清洗并没有就此结束，韦昌辉利用机会扩大打击范围，不分青红皂白地屠杀了上万名无辜者，其中包括许多原本支持太平天国事业的文武官员和平民百姓。此举直接导致了天京城内人心惶惶，连同石达开等重要将领也开始对韦昌辉的做法表示强烈不满。
当石达开从外地赶回天京试图调解时，反而激起了韦昌辉更大的杀心。为了避免自身及家人遭遇不测，石达开被迫逃离京城。而韦昌辉则变本加厉地追杀石达开亲属，并且公然威胁要包围天王府强迫洪秀全交人。面对如此失控的局面，洪秀全不得不公开宣布韦昌辉为叛徒，并号召全体军民共同将其捉拿归案。
由于此前韦昌辉的大规模屠杀已经彻底失去了民心，因此在他被宣布为“北奸”之后，其势力迅速土崩瓦解。9月27日（阴历十月初五日，阳历11月2日），藏匿多日的韦昌辉终于被捕，并被押送至天王府接受审判。最终，根据洪秀全的命令，韦昌辉遭受了极其残酷的肢解处决，并将首级送往石达开处示众。与此同时，参与此次事变的陈承镕、秦日纲等200余名“韦党”成员也被一并处决，从而宣告了这场震惊内外的天京事变正式落幕。
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