甘丹颇章政权成立之初，五世达赖作过一个统计，当时藏区共有大小寺庙约1800座，僧人近十万，格鲁派占三分之一强。经过筹划，他决定陆续兴建13座大庙，就是后人所称的十三林。此外，他还决定将江东康区原属噶玛派的稻城贡岭寺改属格鲁，增修扩大，占地500多亩，僧人定额300。稻城贡岭寺历史悠久，以壁画精美着称，镇寺之宝——鎏金弥勒佛像系五世达赖所赐。后经清廷批准，五世达赖还在滇北迪庆修建了云南最大黄庙——噶丹松赞林寺，外观雄伟，依山而建，号称小布达拉，四周青山如黛，仙女湖碧波荡漾，现为香格里拉主要景区之一。接下来，该考虑如何扩大、巩固黄教在蒙古地区的影响，每每忆及那个少年天子的形象，他就感到朝廷的托付之重。
他的思绪不由从黄教初入蒙古开始梳理，这些事情也都曾对桑结说过，所以桑结明白佛爷刚才所说“黄教两大活佛诞生了”的意思。
明朝中后期嘉靖年间，内蒙古土默特旗王公俺答汗举兵南下，由古北口入犯，逼近京师，朝野大惊，饱掠8日而返，史称“庚戌之变”。后西进安多，留驻不返，与当地藏蒙游牧部落发生利益冲突，局面混乱。朝廷派甘肃巡抚劝返无效，又无力阻止，只好封俺答汗为顺义王，以示怀柔。
俺答汗发现与当地人的矛盾还表现在宗教上。那时蒙古人信奉原始的萨满教，当地人则多信仰佛教。宗教对立导致西藏掌权的噶举上层对俺答汗冷漠排斥。他为了在宗教上寻求支持，经反复探访观察，把目光投向在群众中已有相当影响且受噶举压制的格鲁宗，主持修建了仰华寺，邀请时为哲蚌寺池巴索南嘉措会晤。双方于土默特部进入青海20年后的1578年（明万历六年）在仰华寺举行了会谈。
一天傍晚，索南正静坐默诵经文，忽听不远处传来凄厉的哭嚎声，出去一看，哭声是从一位将军帐中传出的。打听方知，将军刚刚病故，死前指定两个妻子中年轻的一个“跟他走”，天亮前须自行了断，明天一同入树棺下葬，现在正与两个年幼儿女抱头痛哭。索南被深深震惊了，居然还留存如此野蛮残酷的风俗。
“上师慈悲，求您向汗王说说留下她吧，孩子还小……”年轻妻子的母亲跪在地上哀求道。四周是许多沉默的眼睛。
“好，我去向汗王求情。”他扶起老人，向大帐走去。
俺答汗自与索南接触后，对佛教很感兴趣，每日请他讲解佛法，眼下正拿着一本经书在读，看见索南进来赶紧让座。
“汗王可曾听见外面的哭声？”
俺答汗叹口气点点头。
“佛法首重戒律，五戒首戒杀生。汗王放着人命不救，读再多经书恐也无益。”
“唉，上师有所不知，这是蒙古人祖辈传下的习俗，不满足死人的愿望活人不得安宁。”
索南微微笑道：“汗王以为人死后有无灵魂？”
“这个、这个，说不好……”
“汗王想学佛法，这正是关键，且听小僧道来。若无灵魂，一死百了，陪葬何益？又怎能搅忧活人不安？若有灵魂则必然进入轮回，来世境况好坏，端看今世善恶如何。这位将军不修阴德，临死又杀一人，且秧及老少，可谓作恶多端，必下铁围地狱，来世转为畜牲。”
看到俺答汗满脸惊疑，索南又补充道：“汗王能有今日，安享锦衣玉食，贵为人上之人，可知为何？”不待对方回答又道，“汗王尊位，人皆思之，然最终由阁下荣登，乃是……”说到此停顿一下，俺答汗情不自禁伸长脖子侧过耳朵，索南意味深长地继续道，“汗王的洪福乃是前世敬佛行善的果报，还望今生礼敬三宝，来世会更加圆满。”
俺答汗似有所悟，但又为难地说：“这习俗源自萨满教，族人皆信之，怕是一时难改。”
索南嘉措看到机会来了，果断地说……话还未出口，只听帐外如雷一般喊道：“我们愿追随上师皈依佛法。”二人吓一跳，出帐一看，黑压压不知跪着多少人，此刻天已大黑，远远近近点着不少火把。
这场面显然感染了俺答汗，他大手一挥：“好，我和大家想的一样，从现在起，我们土默特蒙古人就不再信萨满而皈依佛教了。”
下面的人一听，都兴奋地跳起来欢呼，火把也来回舞动着。
索南揪了一下汗王，向那个帐篷使了个眼色，俺答汗马上叫卫兵通知死者的妻子不用再自杀随葬了。
第二天，在仰华寺外山坡下，举行了盛大的皈依大法会，年轻的妻子和老母及两个孩子，久久跪伏在地，感谢上师救命之恩。索南嘉措站在高台之上，双手合十，表情庄严，在他劝说下，宰杀牛马殉葬的陋习也同时被废止。从此，黄教迅速传遍内蒙古，索南也得到草原人民的尊敬。
为了表示互相尊重、友好、支持，俺答汗赠予索南嘉措“达赖喇嘛”尊号，从此有了这一称谓，索南嘉措为三世，一世、二世为后来追封。索南也回赠俺答汗“梵天法王”尊号。索南嘉措富有眼光，痛感噶举派动不动就拿出明王朝封的头衔打压黄教，于是经由俺答汗向明王朝进献礼品，建立了与明王朝的联系。后来，宰相张居正命甘肃巡抚通过索南嘉措劝说俺答汗离开安多，返回蒙古。索南到兰州后，受到当年元朝对八思巴一般的隆重接待，当即给张居正复信，答应劝说。
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