在宗门历史的发展中的，宗门有两次非常大的变故，都跟清廷有关。
第一次。
顺治二年，多铎亲帅大军围困扬州，南明督师史可法带人坚守。
面对多铎的五次劝降，史可法不为所动，城破，被俘，仍不肯投降，后来被害，清军在此役中损失惨重，恼羞成怒，多铎下令屠城，扬州民众八十万被杀，史称“扬州十日”。
另外一边，明降将李成栋带兵攻陷嘉定，一路烧杀，奸淫掳掠，无恶不作。
嘉定乡绅士民奋起反抗，前前后后三次袭击清军，给清军造成比较大的损失，李成栋的亲弟弟也在这个时候被杀了，为了泄愤，李成栋下令屠城，不分老幼，见人就杀，整整屠了三遍，二十万人被杀。
“扬州十日,嘉定三屠”中朱瑛，吴之凡，蔡桥，许勤先后组织民众，给清军造成了非常大的损失。
后来多铎派人调查这些人的底细，发现全部来自二郎山。
多铎派人率精锐两万人直扑二郎山，当时宗门掌门楚瑜兵分两路，有纪杨带一分部人带领老幼妇孺从后山转移出山。
剩下的由楚瑜带领守住入山的关隘，跟来犯的清军进行激烈的战斗。
清军连续进攻二十多天，始终拿不下二郎山，愤怒不已的清军拉来了大炮，对着二郎山一阵狂轰，炮弹如雨点般落到了二郎山上。
这一轮炮轰对二郎山造成了致命的伤害，天然的防守屏障不复存在，残暴的清军瞬间攻入二郎山，最终楚瑜战死，只有少数人带着楚瑜的书信从后山突围了。
纪杨决定把人群分散，开始了宗门艰难的大逃亡。
最后所有人根据宗门留下的记号，全部转移到了青山坳。
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