【最终，杜文秀成为了大元帅，遥尊太平天国，然后高举：“联回汉为一体，竖立义旗，驱除鞑虏，恢复中华，剪除贪污，出民水火、救民除暴”口号，并恢复明朝衣冠，开始了十年的反清事业。
杜文秀非常注重团结，强调各民族一体，积极启用各族的人才，严肃军纪，轻徭薄赋，激励生产，维护经济秩序，使得义军规模迅速壮大，获得了当地无数百姓的支持。
其势力最大时期，占领了云南53个县，并且多次击败了清军的大规模围剿行动。
1858年时，义军将领马如龙叛变，归顺清朝，还到处游说义军将领投降，致使云南义军遭到重创。
不过，此时太平天国尚在，云南义军的形势还不算太糟糕。
后来，太平天国覆灭了，清廷得以组织了大规模的军队攻打云南义军。
1867年，云南义军为了对付马如龙，组织了20万兵力进攻昆明，刚开始，义军攻陷了几十城，但后来遭到失败。
1872年，清军围攻大理，杜文秀为了避免清军屠城，服毒后出城和清军谈判，被清云南巡抚岑毓英所杀。
事后清军立马违背了承诺，对大理城进行了屠城。
至此，云南回民起义彻底宣告失败。
时至今日，去大理旅游，还可以参观曾经的大元帅府。
这里原本是清朝的提督府，被杜文秀改为了总统兵马大元帅府，后来又被清朝拆除了很大部分，在光绪时期，又改建为云南提督府。
在国府时期，这里也做过军事司令部的驻地。
在新华夏建立之后，公元1987年，对这里按照曾经大元帅府的布局进行了恢复，如今的大堂之上，还贴着杜文秀手书的对联。
“天生英雄夺回汉朝世界，地出豪杰戳破胡儿乾坤。”
不过，现在关于杜文秀的评价也是呈现出了两极分化的态度，一部分认为他是反抗清朝暴政的农民起义军英雄，一部分则认为他是分裂国家的叛贼。
这大概也是杜文秀及其政权本身的矛盾性所导致的。
就像他在大厅里同时供奉着孔子以及伊斯兰的经卷一样！
他虽然说要三教合一，可却是以回教为主，想要建立伊斯兰政权，而历史已经证明宗教国家的落后性，特别是伊斯兰。
他一方面举起恢复汉家天下的旗号，却又在陷入困境之时，想要寻求阴鸡痢的帮助。
因此对于他的评价，在不同的历史阶段，变化很大！】
...
“宗教国家的落后性？”
洪秀全脸色微变，陷入了沉思！
...
【李永和、蓝朝鼎起义
1859年，因为清朝为了筹措对付太平天国和捻军的军费，加大了对四川云南等地百姓的压榨。
于是，被逼到了极致的云南昭通百姓发动了起义，推举了有一定识字能力的农民李永和为首领，起义反清！
在李永和起义之后，蓝朝鼎、蓝朝柱两兄弟也带领着贩盐和鸦片的脚夫们起义，然后加入了李永和大军。
义军举起顺天大旗，号顺天军，纷纷割掉老鼠辫，以表达反清的决心。
而后义军攻入四川，一度占领了很多的地盘，兵力最鼎盛时期，一度超过了30万，势力范围延伸到了滇、川、鄂、陕、甘五省，在客观上支援了太平天国义军。
并且，他们还打死了清朝名将多隆阿！
1861年，清廷派湖南巡抚骆秉章率军入川镇压义军，蓝朝鼎于当年战死，
1862年，李永和战死。
此后，残余义军在蓝朝柱的带领下，北上进入陕西，和太平军陈得才部会师。
1864年，在盩厔（zhouzhi，西安周至县）兵败，在退回陕南的路上被当地民团袭击，被害。
...
宋景诗黑旗军起义
1860年时，山东西的百姓为了抵制向官府交沉重的税粮，便拥戴喜欢耍棍棒的宋景诗为领头人去县衙抗议，但最后抗议活动失败。
1861年，宋景诗举旗了。
因为他们的旗帜用的是黑色的，他的队伍被称为黑旗军。
黑旗军转战于直隶和山东的交界地带，后来被清军打败，投降了清军，而后先跟着清军镇压捻军，后跟随清军进入陕西镇压陕甘回民义军。
1862年，回到山东的宋景诗等人再次举旗，队伍发展到万余人。
但是紧接着，清廷就派了僧格林沁来镇压，并且僧格林沁还带来了着名的外国雇佣兵，洋枪队，也可以叫做常胜军或者戈登洋枪队。
...
这个洋枪队的成立，是因为太平天国攻占南京之后，已经取代了广州成为最大的港口和贸易城市以及洋人租界聚集地的魔都的地主豪商们为了避免被太平天国给劫富济贫，于是纷纷向洋人求救。
当时洋人们则是想要隔岸观火，坐收渔翁之利，所以没人鸟他们的。
但有一个叫做华尔的美利奸人看到了商机，于是纠集了200个外国地痞流氓组成了军队，由魔都的地主豪商出钱购买装备。
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