随着隐藏势力指挥中心的覆灭以及“暗能量残痕”异常波动的减弱，联盟和神秘力量迎来了短暂的喘息之机。但宇宙间的局势依旧暗流涌动，余波未平。
在神秘星系，联合舰队虽然取得了阶段性胜利，但清理隐藏势力残余力量的工作却异常艰巨。一些隐藏势力的成员分散在星系的各个角落，利用复杂的地形和隐藏的基地负隅顽抗。这些残余势力时不时发动突袭，给联合舰队的清剿行动带来了不少麻烦。他们深知自己已经穷途末路，所以每一次攻击都异常疯狂，抱着鱼死网破的决心。
联合舰队不得不采取步步为营的策略，对星系进行地毯式搜索。战舰编队小心翼翼地穿梭在各个星球和小行星带之间，利用先进的探测设备寻找隐藏势力的踪迹。一旦发现目标，便迅速展开围剿。在一次清剿行动中，一支联合舰队的小分队在一颗荒芜的星球上发现了隐藏势力的一个秘密据点。据点隐藏在一个巨大的陨石坑内，周围布满了防御工事和伪装设施。
小分队迅速向舰队总部汇报，并在其他战舰的支援下，对据点发动攻击。隐藏势力依托坚固的防御工事进行抵抗，激光束和能量炮弹在陨石坑内交织飞舞。经过一番激烈的交火，联合舰队成功突破了据点的防御，消灭了大部分敌人。然而，在清理战场时，他们发现了一些令人不安的线索。据点内储存着大量的实验资料和未完成的武器部件，似乎隐藏势力在秘密研发一种新型的毁灭性武器，即使在指挥中心被摧毁后，这项危险的研究仍有可能继续进行。
与此同时，在“宇宙暗弦”附近，科研探索队仍在紧张地监测着“暗能量残痕”和能量奇点的状态。虽然“暗能量残痕”的异常波动已经得到明显抑制，但科研人员们发现，“暗能量残痕”并没有完全消失，而是以一种极其微弱的状态继续存在着。这种微弱的“暗能量残痕”虽然目前对能量奇点的稳定影响不大，但却像是一颗随时可能引爆的定时炸弹，让人无法安心。
科研团队对这种情况进行了深入分析，他们推测“暗能量残痕”可能已经与能量奇点的能量结构产生了某种深度的融合，想要彻底消除它变得极为困难。为了找到最终解决“暗能量残痕”的办法，科研人员们开始研究一种更为激进的方案——利用“宇宙暗弦”的特殊能量属性，对能量奇点进行一次全面的“能量洗礼”，试图从根本上重塑能量奇点的能量结构，从而彻底消除“暗能量残痕”的影响。
但这个方案充满了巨大的风险。“宇宙暗弦”的能量极其强大且不稳定，如果在操作过程中出现任何失误，可能会引发能量奇点的剧烈爆发，导致整个宇宙陷入万劫不复之地。科研团队陷入了两难的抉择，一方面是彻底解决问题的希望，另一方面是可能带来的灭顶之灾。
经过反复的讨论和模拟推演，科研团队在确保最大程度降低风险的前提下，决定尝试实施这一方案。他们首先对飞船的能量操控系统进行了全面升级，确保能够精确控制和引导“宇宙暗弦”的能量。同时，在能量奇点周围布置了一系列的能量缓冲装置和监测设备，以便在出现异常情况时能够及时做出反应。
在做好充分准备后，科研探索队开始启动“能量洗礼”计划。飞船的能量操控系统发出一道道复杂的能量指令，与“宇宙暗弦”建立起更为深入的共振联系。随着能量的逐渐引导，“宇宙暗弦”的强大能量开始朝着能量奇点汇聚。能量奇点周围的空间开始扭曲，强大的能量流如汹涌的洪流般冲击着周围的一切。
科研人员们紧张地盯着各种监测仪器，密切关注着能量奇点和“暗能量残痕”的变化。在能量的冲击下，“暗能量残痕”似乎再次活跃起来，发出强烈的能量波动。这一变化让科研人员们的心瞬间悬了起来，他们担心“能量洗礼”计划可能会引发不可控的后果。
在神秘星系，联合舰队在继续清剿隐藏势力残余的过程中，又发现了一些与隐藏势力勾结的小型势力。这些小型势力虽然规模不大，但却在暗中为隐藏势力提供物资和情报支持。联合舰队意识到，要彻底根除隐藏势力的威胁，必须将这些与之勾结的势力一并清除。于是，联合舰队扩大了清剿范围，对周边星系进行了全面排查。
在宇宙的另一个角落，一些受到之前能量奇点不稳定影响的星系，虽然在能量奇点逐渐稳定后情况有所好转，但仍面临着诸多问题。生态系统的修复、文明的重建都需要大量的资源和时间。联盟和神秘力量在应对自身危机的同时，还需要调配资源帮助这些星系恢复生机。
联盟和神秘力量面临着前所未有的挑战，“能量洗礼”计划能否成功彻底消除“暗能量残痕”？联合舰队能否彻底清除隐藏势力及其相关的一切威胁？宇宙能否在重重困难中迎来真正的和平与稳定？这一切都成为了联盟和神秘力量必须面对的最终考验。
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