太初四年（389年），苻登的将军窦洛、窦于等谋反被发觉，出奔到姚苌那里 ，这给前秦带来了不小的打击 。但苻登并没有被这些挫折打倒，他继续进兵征讨彭池不克，转而进攻弥姐营及繁川各堡垒，最终将它们攻克 。姚苌因为屡战屡败，便派后秦中军将军姚崇率军偷袭大界 。苻登早有防备，率军截击，在安丘大败姚崇，俘虏斩杀后秦士兵两万五千人 。紧接着，苻登攻克平凉郡，任命尚书苻硕原为前禁将军、灭羌校尉，戍守平凉 。他进据苟头原以逼安定郡 ，对后秦形成了强大的军事压力 。
然而，姚苌并不甘心失败，他率领三万骑兵夜袭大界营 。这一战，异常惨烈 。苻登妻毛皇后骑马弯弓，率数百壮士迎战，她奋勇杀敌，斩杀七百馀人 。但终因寡不敌众，毛皇后被擒 ，苻弁、苻尚等人被杀，前秦数十名将被擒，姚苌大获全胜，俘虏男女五万余人后离去 。这一战的失败，让苻登遭受了沉重的打击，他的实力大损 。
十月，苻登收集余兵，退据胡空堡 。但他并没有放弃，他派使者送诏书加窦冲为大司马、骠骑将军、前锋大都督、都督陇东诸军事，杨定为左丞相、上大将军、都督中外诸军事，杨壁为大将军、都督陇右诸军事 。派窦冲率现有之兵为先驱，从繁川奔赴长安（今陕西西安），与其约定共同攻打后秦 ，命杨定率领部众作为援军，命杨壁留守仇池 ，同时又令他的并州刺史杨政、冀州（今河北衡水）刺史杨楷率军会攻长安 。姚苌派遣他的将军王破虏率军至秦州攻城略地，杨定与王破虏在清水（今甘肃天水）交战，杨定大败王破虏 。苻登进攻后秦将领张龙世，姚苌赶来援救张龙世，苻登便退兵不战 。姚苌派部将任瓫、宗度诈降，称可以为苻登开城门，但归附前秦的羌族首领雷恶地认为姚苌有诈，苻登便没有进城 。之后，苻登才知道雷恶地的猜测是对的，心中十分赞赏雷恶地的智谋 ，不过他对雷恶地有所忌惮，这也导致雷恶地最终投降了姚苌 。之后，姚苌攻陷新罗堡（今陕西眉县），后秦扶风（今陕西宝鸡）太守齐益男投奔苻登，苻登的部将路柴、强武等却都率众向姚苌投降 。苻登在陇东攻击姚苌部将张业生，姚苌前去救援没有获胜，于是率部退兵 。
尽管面临着重重困难和挫折，苻登始终没有放弃恢复前秦江山的信念 。他不断收拢前秦的残余势力，与后秦进行着艰苦的抗争 。太初六年（391年）三月，苻登与姚苌部将金温交战，取得胜利后渡过渭水进据曲牢（今陕西西安） 。同年四月 ，归附后秦的苟曜聚众一万人，暗中与苻登联络成为内应 。不久后，苻登离开曲牢，向繁川进发，驻军马头原（今陕西西安） 。同年五月，姚苌率军抵御，苻登将其击败，并斩杀了后秦右将军吴忠 。姚苌收拢部下打算再战，姚硕德劝阻他要慎重，但姚苌却认为苻登敢轻兵直进，定是留有后手，如果没有尽快获得胜利，会让苻登的谋划成功 。于是，姚苌再次进攻，这一次，苻登被击败，退守眉县（今陕西宝鸡） 。七月，苻登率兵攻打新平（今陕西新平），姚苌领兵救援，苻登又退兵离去 。
太初七年（392年）七月，苻登听说姚苌患病，心中大喜，他认为这是上天给予前秦的机会 。于是，他高兴地祭拜苻坚，在境内大赦天下，随后率军进逼安定，离城只有九十余里 。同年八月，姚苌病情略有好转，便出兵抵御苻登，并派部将姚熙隆进攻苻登的大营 。苻登感到害怕，于是退兵回营 。姚苌连夜撤离，越过苻登的大营三十余里，打算偷偷跟在苻登之后 。次日，哨兵报告说姚苌的营寨空无一人，苻登十分吃惊，又感叹姚苌是自己的劲敌
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