苏璃、陆川等人刚摆脱穹顶集团无人机的第一轮攻击，就听见城市广播里程铭得意的宣告：新型病毒将重塑世界秩序，只有服从他的人才能获得解药。与此同时，无人机投下的病毒容器开始释放出一种浓稠的紫色雾气，雾气所到之处，幸存者们发出痛苦的惨叫，身体迅速发生变异，不仅行动变得更加敏捷，还拥有了一定的智力，开始有组织地攻击未感染的人。
为了阻止程铭，苏璃决定带领众人前往穹顶集团的核心总部。根据林月黑进集团系统获取的情报，总部地下有一个能量中枢，一旦被破坏，集团的所有防御系统和病毒投放装置都将瘫痪。但总部周围布满了各种先进的防御设施和强大的变异生物。
当他们接近总部时，首先遭遇了一群飞行变异体的袭击。这些变异体形似巨大的蝙蝠，翅膀边缘布满尖锐的倒刺，速度极快。陆川用自制的电磁干扰器试图打乱它们的飞行轨迹，却引来了更强大的敌人——一辆配备重型武器的巨型装甲车。装甲车的主炮威力巨大，一炮就能轰出数米深的弹坑。
在激烈的交火中，苏璃发现自己对病毒的特殊感知能力可以探测到装甲车的能量弱点。她不顾危险，在队友的掩护下，冲向装甲车，利用新获得的力量将骨刺刺入弱点部位，引发了爆炸。然而，这仅仅是个开始，总部大门缓缓打开，一群由精英士兵变异而成的“死亡卫士”走了出来，他们手持能量武器，战斗力远超普通变异体。
与此同时，城市各处的变异生物受到某种召唤，纷纷向总部聚集，试图阻止苏璃等人前进。江野虽然意识模糊，但凭借着本能，依然守护在苏璃身边，他的变异力量也在战斗中不断进化，能短暂地控制部分低级变异生物。
在这绝境之中，林月突然发现程铭为了展示自己的“成果”，将总部的监控画面进行了全球直播。她灵机一动，通过黑客技术入侵直播系统，向全世界揭露了程铭的阴谋和穹顶集团的恶行。这一举动引发了全球民众的愤怒和反抗，一些原本与穹顶集团合作的势力也开始动摇。
在外部压力和内部反抗的双重打击下，穹顶集团内部出现了分裂。一部分良心未泯的科研人员联系上苏璃，愿意提供关键的技术支持，帮助他们进入核心区域。有了内应，苏璃等人终于突破重重阻碍，进入了总部地下的能量中枢。但等待他们的，是程铭亲自率领的最后防线……
苏璃的骨刺刺破装甲车的瞬间，漫天火光中浮现出程铭扭曲的全息投影。"以为破坏外围就够了？"他癫狂的笑声混着电流杂音回荡，"整个城市早已是枚定时炸弹！"话音未落，地面突然裂开蛛网般的缝隙，紫色雾气如活物般翻涌而出——新型病毒正通过地下管网向全球蔓延。
林月的手指在便携式终端疯狂敲击，冷汗浸透衣衫："主服务器已锁定，但程铭启动了量子自毁协议，必须在三分钟内找到密钥！"话音刚落，数十台人形战斗机器人破墙而入，金属关节摩擦出刺耳鸣响，它们的枪口对准苏璃等人，精准度远超普通变异体。
江野突然发出非人的嘶吼，皮肤下凸起的血管化作流动的荧光纹路。他猛地扑向最近的机器人，利爪撕开金属外壳的瞬间，异变的右手竟与机械部件融合，迸发出蓝紫色的能量电弧。"他在进化！"陆川震惊地大喊，"也许能干扰那些机器！"
苏璃趁机冲向能量中枢，却发现核心装置被十二道旋转的能量屏障包围。程铭的全息影像再次出现，这次显露出身后密密麻麻的培养舱，每个舱内都浸泡着与苏璃相似的克隆体。"你以为自己是特别的？"他狞笑着按下按钮，舱门全开，克隆人们同时睁开泛着幽蓝的眼睛，"这些才是完美的进化容器！"
克隆体们以惊人的速度发动攻击，她们的战斗方式与苏璃如出一辙。千钧一发之际，苏璃突然感受到某种共鸣，她集中精神释放能量脉冲，竟让半数克隆体停止行动。林月抓住机会，将江野与机器人融合产生的能量数据注入系统，十二道屏障开始不稳定地闪烁。
就在此时，穹顶集团的地下实验室传来剧烈震动。通过林月黑入的监控画面，众人惊恐地看到——被病毒完全侵蚀的江野，身体正在无限膨胀，即将引发足以毁灭整个城市的能量爆发。程铭的声音从四面八方传来："这是献给世界的末日烟花！"
苏璃望着即将失控的江野，咬牙做出决定。她冲向能量中枢，将自身与系统强行连接，试图用变异力量改写自毁程序。剧烈的能量冲突中，她的记忆如潮水般涌来：原来她不仅是实验体，更是程铭亲自设计的"病毒防火墙"，而此刻正是激活终极能力的时刻。
当江野爆发出耀眼的能量光芒时，苏璃也释放出足以吞噬一切的幽蓝屏障。在两种力量的碰撞中，整个城市陷入时空扭曲。当光芒消散，程铭的全息投影彻底破碎，病毒传播被强行终止，但苏璃也消失在能量乱流中。陆川在废墟中找到一枚闪烁蓝光的晶体，里面隐隐浮现着苏璃的影像——她用最后的力量将自己数据化，成为对抗病毒的永恒防线。
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