在后续的工作中，王在晋和袁崇焕因为抵抗努尔哈赤的策略不同，产生了矛盾。
袁崇焕始终坚持构建关宁锦防线，两人的分歧越来越大。
孙承宗十分认可袁崇焕的战术，回朝后，他向朝廷请示，免去王在晋的辽东经略之职，改由自己兼任。
明熹宗应允，他相信孙承宗的眼光。
孙承宗走马上任，王再晋被调回朝廷。
守国土将帅一定要团结一致，孙承宗深知宁远地理位置的重要性，大胆启用袁崇焕守卫宁远，并协助他全力构筑关宁锦防线。
这条防线以山海关为坚实后盾，宁远为核心中坚，锦州为前沿先锋，沿线还分布着众多堡垒和据点，
彼此相互呼应，形成了一个完整且坚固无比的防御体系，成为明朝抵御后金进攻的重要屏障。
辽东事务终于安排妥当了。然而，朝堂之上的争斗却风云再起。
当时，明朝党争激烈，以东林党和阉党为首的两派势力，为了争夺权力和利益，明争暗斗，不择手段。
对于熊廷弼和王化贞的处理，两派更是各怀鬼胎。
阉党首领魏忠贤一心想要保住王化贞，他企图借此机会打击东林党。
当初推荐熊廷弼的是东林党的御史，这回让魏忠贤抓住了把柄，他将广宁失陷的责任全都推到熊廷弼身上，甚至还诬陷熊廷弼贪污了百万军饷，
明熹宗不明就里，感到震惊，于是派人去抄老熊的家，结果却发现熊廷弼家中没有超出薪水的迹象。
可即便如此，魏忠贤还是不肯善罢甘休。发动阉党污蔑熊廷弼胆小怕死，
可怜熊廷弼，一心只为报效国家，却成了党争的牺牲品。
他虽然竭力为自己辩解，却根本无济于事，最终还是被朝廷推向了刑场。
行刑那天，熊廷弼怀里紧紧揣着一本《李斯传》，刽子手问他为何看李斯传，
熊廷弼反问道，“难道我不像当初的李斯那样冤吗？”
刽子手默然无语，斩首后，熊廷弼的头颅传世九边以示警醒。
王化贞在魏忠贤力保下苟活了下来，不过日子却并不好过，最终在崇祯五年被斩首，
从广宁失陷到王化贞被处决，这期间他多活了九年。
熊廷弼作为镇辽三杰之一，他的死讯传来，让努尔哈赤兴奋不已，庆祝大明替自己除掉了心头大患。
与此同时，由于广宁的丢失，毛文龙不得不退守皮岛。
皮岛，又称东江，位于鸭绿江口以东，与朝鲜本土仅一水之隔，面积大约130平方公里。
这里地理位置极为特殊，进可出兵骚扰后金后方，切断其补给线；
退可凭借海岛的天然险峻地势据守。
毛文龙在此安营扎寨，收拢辽东的难民，组建起了一支军队，成为后金背后的一根尖锐的刺，
在日后的辽东战局中发挥了独特而重要的作用。
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