随着最后一口气息消散，她的离去不仅让康熙悲痛欲绝，也留下了诸多令人费解的谜团。
比如孝庄太后崩逝后，并未与她的丈夫太宗皇太极合葬。
按照常理，帝后合葬是皇家惯例，可孝庄却违背了这一传统。
民间一直流传着一种说法，称孝庄曾下嫁多尔衮，在清军入关、幼主福临登基的关键时期，多尔衮作为摄政王，权势滔天。
坊间传言，为了保住儿子的皇位，孝庄太后不得不委身下嫁，与多尔衮形成特殊关系。
正因如此，孝庄自觉有愧于丈夫皇太极，无颜在地下与他相见，故而不愿葬在丈夫身边。
但实际上，这一说法更多是传说，缺乏确凿的历史证据。
真正的原因，孝庄太后在临终前曾向康熙透露。她表示：“我身后之事特以嘱汝，太宗文皇帝梓宫安奉已久，不可为我轻动，况且我心中也舍不得你们父子，就将我在你父亲的孝陵附近择地安葬吧。”
孝庄一生经历了太多风雨，在皇太极驾崩后，她将全部心血倾注在儿子顺治与孙子康熙身上，在她心中，陪伴儿孙、守护大清江山比与皇太极合葬更为重要。
也有人认为，孝庄未与皇太极合葬，一是孝庄不想惊扰已安葬多年的皇太极的神灵；二是孝庄可能不想在地下与姑姑哲哲、姐姐海兰珠“争宠”，
皇太极在世时，哲哲地位尊贵，海兰珠备受宠爱，孝庄的地位和受宠程度相对较低。
人们更相信孝庄挂念儿孙，期望能守在他们身旁，毕竟她将所有心血都倾注在儿子顺治帝、孙子康熙帝身上，希望死后也能守护他们。
最大可能是太宗寝陵在辽东沈阳，在关外，远离了儿孙。
太宗皇太极去世后，被葬于盛京昭陵，位于今辽宁省沈阳市皇姑区泰山路12号，是清初“关外三陵”中规模最大、气势最宏伟的一座帝王陵墓。
孝庄文皇后临终前留下遗嘱，因不忍远离子孙，希望将其葬在遵化的孝陵附近。
康熙遵祖母遗嘱，在孝陵之南建暂安奉殿，希望以后想出妥善办法再下葬祖母。
谁知孝庄棺椁一停就是37年之久。直到雍正三年（1725年），孝庄文皇后才正式葬入昭西陵地宫。
昭西陵位于清东陵大红门外东侧，与清东陵形成了一个相对独立的陵区，这独特的丧葬安排，让孝庄太后的一生充满了神秘色彩 。
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