戴名世重新坐在椅子上，望着跳动的火苗，眼神中透着一丝迷茫：“老天爷，造化弄人啊，本想以据实书写历史，却不想反被文字所困。”
不久后，赵申乔的弹劾奏章呈递给了康熙帝。康熙帝看完后，神色凝重，当即命刑部查办。
一时间，京城上下人心惶惶，与戴名世稍有往来的人都不敢再登门。
刑部衙门内，官员们紧张地进行会审。大堂之上，《南山集》被当作证物摆在显眼位置，
戴名世被押解至此，虽身陷囹圄，但仍不失文人的风骨。
主审官一拍惊堂木，厉声道：“戴名世，你可知罪？你所着《南山集》引用南明永历年号，言语多有狂悖之处，这是大逆不道之罪！”
戴名世挺直腰杆，大声说：“大人，在下不过是如实记录历史，并无他意。南明之事，也是史实，为何记录下来就有罪？”
主审官冷哼一声：“大胆！在我大清统治下，竟敢尊崇前朝年号，分明是对我朝统治的挑战！”
“大人，前朝好与坏自有公论，我不过是据实写历史罢了。圣上还跪拜明陵，难道也有错吗？”戴名世据理力争。
“大胆，狂妄，圣上该怎么做难道还要请教你吗？来人，将戴名世罪行如实记录，等候圣裁！”
……
审理拖拖拉拉一晃两年过去了。康熙五十二年二月初七，紫禁城养心殿内气氛凝重。
大学士索额图将刑部审拟的《南山集》案结果上奏，请求康熙帝定夺。
“戴名世应按大逆例处以凌迟，请皇上圣裁。”大学士李光地出班奏道。
康熙帝微微皱眉，沉思良久后，缓缓说：“戴名世乃朝中撰写明史史学家，从宽免凌迟，立即处斩。
方孝标挖掘坟墓挫骨扬灰；方登峰、方云旅、方世樵都从宽免死，妻子、儿女随其充军发配到黑龙江宁古塔，执行去吧。”
二月初十，京城菜市口，寒风凛冽。戴名世被押赴刑场，他望向围观的人群，眼中满是悲凉与无奈。
“时辰已到，行刑！”监斩官一声令下，三声追魂炮响起。
“咔嚓！”刽子手手起刀落，一代文人就此殒命，终年61岁。
人群渐渐散去，只有好友杨千木含泪上前，冒险为其收尸，而戴名世的家人因恐惧，始终不敢露面。
这场震惊朝野的南山集案，就此落幕。
总之，经过两年审理，从最初牵连众多人，到最后康熙赦免了许多人，没有大开杀戒，算是不幸中的万幸。
也有网友认为赵申乔有报复戴名世的因素。理由是，方孝标早就写了《滇黔纪闻》，
为何老赵当时不出手？偏偏戴名世写的《南山集》就被他盯上了？
戴名世在康熙四十八年的会试中名列第一，殿试却屈居第二，而状元是赵申乔之子赵熊诏。
戴名世才名远扬，赵熊诏则相对才名不显，于是民间传言赵申乔倚仗权势，在其中做了手脚。
赵申乔为避免此事被追查议论，可能是为了维护家族声誉和儿子的前程，
以戴名世《南山集》中有“狂妄不谨”“语多狂悖”等内容为由弹劾他，导致戴名世最终被处死。
也有观点认为《南山集》案是政治斗争的结果，是废太子胤礽一党为打击异己而发起的。
是是非非转头空，南山集案最终被定性为清朝文字狱案。
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