清军和地方军一起联手，很快包围了叛军，杀啊冲啊，清军对阿睦尔撒纳的叛军，发起了摧枯拉朽的攻势。
然而，阿睦尔撒纳如同一只狡猾的狐狸，每当清军刚扼住他的咽喉，将他围困，他便佯装服软归降；
而清军一松手，他又立刻故态复萌，继续反叛。
反反复复，使得清军在近一年的追剿中，进展异常缓慢，仿佛陷入了一个无尽的循环。
乾隆二十二年（1757年）二月，乾隆果断调整统帅，任命成衮扎布为定边将军，兆惠为定边右副将军，车布登扎布为定边左副将军，
重新调集兵马，兵分两路，再次对阿睦尔撒纳展开征伐。
此时，准噶尔内部局势急转直下，部落瘟疫肆虐横行，整个地区人心惶惶，各部之间为争资源内讧不断，一片混乱。
六月，清军趁势出击，几乎兵不血刃顺利攻进了伊犁城内
阿睦尔撒纳的军队溃不成军，他见大事不妙，深知自己已无力回天，
三月，他只好带着亲信仓皇逃入哈萨克汗国，寻求哈萨克汗阿布赉（lái）的庇护。
然而，阿布赉汗慑于清军的强大压力，准备将阿睦尔撒纳交给清朝。
阿睦尔撒纳察觉到阿布赉汗的意图后，乘夜带领妻子和亲随8人，盗马沿额尔齐斯河逃往俄国。
沙俄女皇叶卡捷琳娜一世对阿睦尔撒纳的投奔表示欢迎，但最终并未给予他实质性支持。
阿睦尔撒纳在逃亡俄国后不久，郁郁寡欢，于乾隆二十二年（1757年）病死，年仅35岁。
死后，沙俄将他的尸体交给清朝官员验看。
至此，阿睦尔撒纳的叛乱彻底结束，清朝也通过此次事件进一步巩固了对新疆地区的统治。
阿睦尔撒纳叛乱的根源，归根结底在于他的贪婪与野心。他妄图成为厄鲁特四部总汗，统治整个准噶尔地区。
正所谓“贪心不足蛇吞象”，阿睦尔撒纳落得个身败名裂的可悲下场。
此战，便是乾隆“十全武功”之第二次平定准噶尔部之战。此战被乾隆常常挂在嘴边，得意神态溢于言表。
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