从嘉庆五年下半年起，白莲教起义开始由盛转衰，逐渐走向败亡。
嘉庆六年下半年，残存的起义军首领仅剩下龙绍周、苟文明、王国贤、戴仕杰、曾芝秀、辛聪、冉学胜等几股势力。
他们只能在万山老林周边活动，活动范围大受限制。
起义军人数也大幅缩减，从原先的十几万锐减至两万多人。
到了嘉庆七年，形势对起义军愈发不利。
额勒登保开始在老山原始森林修筑围墙，并发行良民证，一旦发现没有良民证的人，立即斩杀。
如此一来，起义军的活动范围被进一步压缩。
六月间，白莲教首领樊人杰率领起义军试图突围，结果被清军围困在湖北竹山、房县一带。
起义军多次尝试突围，均被清军乱箭射回。
半月后，天公不作美，忽然大雨倾盆而下，引发山洪暴泄，起义军瞬间陷入汪洋之中。
两日后，包括樊人杰在内，义军全部溺水牺牲。
另一支队伍在首领苟文明的带领下，转战至陕西宁陕厅花石岩这一地方，
尽管他们拼死作战，但无奈兵力悬殊，装备简陋，最终起义军被清军悉数消灭，苟文明跳崖自杀。
其他各路起义军也相当狼狈，半年后，先后被一一剿灭。
嘉庆八年七月，额勒登堡、德勒泰等上奏朝廷，称“三省匪患已然肃清，官兵凯旋”。
嘉庆大喜，召二人先后回京接受奖赏。
到了嘉庆九年，白莲教起义军基本被消灭殆尽。
此时，额勒登保为节省军粮，开始陆续遣散招募的乡勇。
早在嘉庆五年时，嘉庆批准地方可以招募乡勇，用来镇压地方暴乱，以弥补清军力量的不足。
额勒登保发给每位乡勇五两银子，让他们回家自谋生路。
然而，这些乡勇本就是流民的一部分，为了讨口饭吃才投身行伍。
他们并无赖以谋生的土地，解散之后，又加入了其他类似的队伍。
嘉庆无法从根本上解决流民问题，只能是按下葫芦浮起瓢，平息白莲教暴乱也只是暂时的。
但不管怎样，嘉庆终于可以暂且松一口气了。
叛乱消除，清朝廷放假三日，甚至有百姓在京城放起了鞭炮。
嘉庆元年爆发的白莲教大起义，与清军前后作战长达九年，辗转于四川、陕西、湖北、甘肃、河南五省。
清廷为平定此次起义，从全国抽调了十六省的大批兵力，还招募了大量乡勇补充力量。
清政府为此耗用军费高达两亿两白银，这相当于当时清政府四年的全部财政收入。
尽管白莲教起义最终失败，但清政府也因此元气大伤，此后嘉庆帝又遭遇多起民变，真是按下葫芦浮起瓢。
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