嘉庆帝在摆平林清后，迅速调兵遣将，派直隶总督温承惠为钦差大臣，带兵从北面包抄；
山东巡抚同兴在东面堵截；令河南巡抚高杞严防西南两路；又令山西大同镇总兵张绩“前往山外扼要处所驻扎”，
徐州镇总兵沈洪带兵“迅速由东南迎头北上”，两江总督百龄带兵驻扎徐州，防止起义军南逃。
一张有型的天网铺天盖地布置妥当。
为防万无一失，九月十七日，嘉庆帝再调陕甘总督那彦成任钦差大臣，“总统军务”，
并把固原提督杨遇春和清军官兵二万余人调到河南，托津为监军驻守直隶开州督战，逐渐对起义军形成严密军事包围圈。
同时，清政府命令地方官吏组织乡勇，实行坚壁清野，截断粮食和饮水，逼迫起义军投降。
九月下旬，清军向直鲁两省起义军发起进攻。
十月上旬，山东起义军的主要据点定陶、扈家集和曹县先后被清军攻下。
在直隶的开州、东明、长垣等地，由于起义队伍分散，缺乏统一指挥，在清军三次攻势下，接连丢失据点。
到此时，山东、直隶地区的起义军主力基本被消灭，只剩下河南滑城、道口、桃源三个据点。
在随后的战斗中，清军于十月二十七日分七路攻下道口，进而包围滑城。
起义军顽强抵抗，但因力量悬殊，道口失陷，李文成率四千人突围至辉县，最终被清军围困在郊外。
起义军此时还剩480人，走投无路之下，李文成和信众逃进了碉楼。
随后，清军团团围住碉楼，清军士兵奉命向里面喊话：
“李文成你被包围了，赶紧出来投降。如果投降，可放过你的部下，否则大家只有死路一条。”
碉楼里传来信徒的回答：死则死矣，何必多费口舌。我们不交出教主。”里面的人誓死不投降。
直隶总督温承惠下令：炮击碉楼。李文成看看再无生路，举火自焚而死，所有教众无一逃离，上百人殉教而死。
至十二月，钦差大臣那彦成与提督杨遇春完全平定各路乱军，教首冯克善和他的连襟牛亮臣被俘，钦差大臣劝降，二人誓死不降，最后被凌迟处死。
此时有人劝冯克善的妻子带着孩子赶紧逃离，冯妻将幼子托付给乡亲，
她擦干眼泪，持刀率众信徒死战清军，最终寡不敌众，跳崖而死。
跟随她的5000信徒，纷纷跳崖殉教而死，鲜血喷溅四处石壁，其惨状触目惊心。
至此，直鲁豫天理教起义彻底失败。
起义虽然最终以失败告终，但它给清王朝以迎头痛击，其震撼人心不亚于十二级地震。
前一次是贴身刺杀，这一次是直捣皇宫，每一次都朝着清王朝的心窝上捅！令嘉庆帝惊恐万分。
意外收获还是有的，皇次子旻宁在此次事变中的出色表现，为他日后继承皇位增添了重要筹码。
凭借在此次事变中的功绩，旻宁被封为智亲王，所使用的枪被命名为“威烈”，他的名字与后来的道光朝有了联系。
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