刘秀到了怀县。
吴汉率领耿弇、盖延在轵县西边攻打青犊军，把他们打得大败并收降。
三月壬寅日，刘秀任命司直伏湛为大司徒。
涿郡太守张丰造反，自称天上大将军，和彭宠联合起来。朱浮因为刘秀不亲自征讨彭宠，就上疏求救。刘秀下诏回复说：“以前赤眉军在长安飞扬跋扈，我料定他们没有粮食肯定会往东来，结果他们果然来归附了。现在我看这些反叛的家伙，肯定长久不了，他们内部一定会有人自相残杀。现在军事物资还不充足，所以要等麦子成熟之后再说！”朱浮所在的城里粮食吃光了，出现了人吃人的现象，正好耿况派骑兵来救援，朱浮才得以脱身逃走，蓟城就投降了彭宠。彭宠自称燕王，攻下了右北平、上谷的几个县，还贿赂匈奴，借兵作为援助。又在南边和张步以及富平、获索等贼寇勾结，互相往来。
刘秀亲自率军征讨邓奉，到了堵阳。邓奉逃回淯阳，董欣投降。夏天，四月，刘秀追到小长安，和邓奉交战，把他打得大败。邓奉袒露上身通过朱祜向刘秀投降。刘秀怜惜邓奉是旧功臣，而且叛乱是由吴汉引起的，就想赦免他。岑彭、耿弇劝谏说：“邓奉忘恩负义，起兵反叛，让军队在外征战了一年。陛下亲自来了，他还不知道悔改，直到兵败才投降。如果不杀邓奉，就没办法惩治恶人！”于是刘秀就杀了邓奉，恢复了朱祜的职位。
延岑打败赤眉军之后，就任命了州牧和太守，想占据关中。当时关中的各路贼寇势力还很强，延岑占据蓝田，王歆占据下邽，芳丹占据新丰，蒋震占据霸陵，张邯占据长安，公孙守占据长陵，杨周占据谷口，吕鲔占据陈仓，角闳占据汧县，骆延占据盩厔，任良占据雩阝县，汝章占据槐里，他们各自称将军，拥兵多的有一万多人，少的也有几千人，互相攻打。冯异一边作战一边前进，把军队驻扎在上林苑中。延岑联合张邯、任良一起攻打冯异，冯异反击，把他们打得大败，那些依附延岑的营寨都来投降，延岑就从武关逃到了南阳。当时百姓饥饿，一斤黄金只能换五升豆子，道路阻断，物资运输不通，冯异的士兵只能用野果当粮食。刘秀下诏任命南阳的赵匡为右扶风，带兵去帮助冯异，还送去了绢帛和粮食。冯异的兵力和粮食逐渐充足，就开始诛杀那些不听命令的豪强，褒奖赏赐投降并且有功劳的人，把各个营寨的首领都送到京城，遣散他们的部众让他们回家从事本业，冯异的威名在关中传播开来。只有吕鲔、张邯、蒋震派使者向蜀地的公孙述投降，其余的贼寇都被平定。
吴汉率领骠骑大将军杜茂等七位将军，把苏茂包围在广乐，周建召集了十多万人来救援。吴汉迎战，结果失利，从马上摔下来伤了膝盖，退回营地。周建等人就合兵进入广乐城。将领们对吴汉说：“大敌当前，您却受伤卧床，大家心里都很害怕啊！”吴汉一下子振作起来，包扎好伤口，杀牛犒劳士兵，安慰鼓励他们，士气一下子倍增。第二天，苏茂、周建出兵包围吴汉，吴汉奋力反击，把他们打得大败，苏茂逃回湖陵。睢阳人反叛，打开城门迎接刘永，盖延率领各位将领包围睢阳。吴汉留下杜茂、陈俊守广乐，自己带兵去帮助盖延包围睢阳。
刘秀从小长安带兵返回，命令岑彭率领傅俊、臧宫、刘宏等三万多人向南攻打秦丰。五月己酉日，刘秀回到宫中。
五月乙卯日是月底，出现了日食。
六月壬戌日，实行大赦。
延岑攻打南阳，占领了几座城。建威大将军耿弇和他在穰县交战，把他打得大败。延岑带着几个骑兵逃到东阳，和秦丰会合，秦丰把女儿嫁给了他。建义大将军朱祜率领祭遵等人和延岑在东阳交战，打败了延岑，延岑又逃回秦丰那里。朱祜就南下和岑彭等人的军队会合。延岑的护军邓仲况拥兵占据阴县，刘歆、孙龚是他的主要谋士。前侍中扶风人苏竟写信劝说他们，邓仲况和孙龚就投降了。苏竟始终不夸耀自己的功劳，隐身修行，乐于遵循圣贤之道，最后在家中去世。秦丰在邓县抵御岑彭，秋天，七月，岑彭打败了他，进而把秦丰包围在黎丘，另外派积弩将军傅俊带兵攻占江东，扬州地区全部平定。
盖延包围睢阳一百天，刘永、苏茂、周建突围而出，打算逃到酂县。盖延追击得很急，刘永的部将庆吾砍下刘永的头投降。苏茂、周建逃到垂惠，一起拥立刘永的儿子刘纡为梁王。佼强逃到西防据守。冬天，十月壬申日，刘秀到春陵，祭祀园庙。
耿弇不慌不忙地对刘秀说，他请求北上召集上谷还没征发的士兵，去平定渔阳的彭宠，拿下涿郡的张丰，回来再收拾富平、获索的贼寇，向东攻打张步，平定齐地。刘秀觉得他志向远大，就答应了他。
十一月乙未日，刘秀从春陵返回。
这一年，李宪称帝，设置了百官，拥有九座城，部众十多万人。
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