匈奴、鲜卑、赤山乌桓多次联合兵力入侵边塞，杀害抢掠官吏百姓；刘秀下诏任命襄贲县令祭肜为辽东太守。祭肜勇猛有力，敌人每次侵犯边塞，他常常身先士卒，多次把敌人打败赶走。祭肜是祭遵的堂弟。
征侧等人造成的战乱持续多年，刘秀下诏让长沙、合浦、交趾准备车船，修筑道路桥梁，打通关隘溪谷，储备粮食，任命马援为伏波将军，以扶乐侯刘隆为副将，向南去攻打交趾。
评论：建武十六年到十七年，刘秀政权在多个方面面临挑战并做出相应决策。
政治上，刘秀对度田不实的官员严惩不贷，反映出他整顿吏治、规范经济秩序的决心，但事后又对处死官员数量表示遗憾，体现出决策执行中的复杂心态。对于盗贼问题，刘秀采取了灵活且务实的策略，通过鼓励盗贼自相检举及以抓捕成果论政绩等方式，有效平息了盗贼之乱，恢复了社会秩序，展现出其治理智慧。在处理卢芳投降事件上，因各方利益与态度的变化，引发匈奴更深的敌意，凸显边疆局势的复杂性和外交策略的重要性。
在宫廷事务方面，刘秀废郭皇后立阴皇后这一重大举措，虽引发一定震动，但刘秀处理得较为谨慎，同时对郭皇后之子及其他皇子的晋封安排，旨在平衡各方关系，维护皇室稳定。
边疆方面，交趾征侧姐妹的反叛持续多年，严重影响当地稳定，刘秀派遣马援等将领前往征讨，表明其对维护国家领土完整的重视。而匈奴联合鲜卑、赤山乌桓频繁侵扰，刘秀任命祭肜为辽东太守，祭肜凭借勇力多次击退敌人，一定程度上保障了边境安全。
外交上，对于莎车王贤请求设置都护一事，刘秀起初应允后又改变决定，这一反复引发莎车王的不满，反映出东汉在处理与西域诸国关系上的纠结与权衡，既要考虑自身实力与对西域的控制，又要应对各方利益诉求。总体而言，这两年刘秀政权在复杂局势中不断调整策略，努力维护国家的稳定与发展，但边疆与外交问题仍需持续应对和妥善处理。
整体而言，这两年刘秀政权在摸索中前行，在解决旧问题时又面临新挑战，如何平衡各方利益、完善制度建设、稳定边疆，成为刘秀政权持续发展的关键课题。
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