在路上，小智一行人舒适地坐在房车之内，一边观看着电视，一边认真地撰写着报告，同时还细致地研究着食谱。与此同时，小茂正忙着做美容，而他也终于完成了那篇冗长的报告。“太好了！”小智由衷地为伙伴感到高兴，“对了，小茂，你是不是有喜欢的人了？”这时，小茂的脸颊不禁泛起了一抹红晕。“好了好了，不打扰你了，加油哦。”
我其实很好奇，小智，你从那焦身上得到了什么呢？为何他对你如此在意？小智摇了摇头，表示自己也不清楚，“我似乎能感受到他对我的那份亲切，就像家人依偎在怀里一样温暖。但同时，也有一丝淡淡的伤感萦绕心头。”
“到时候让你亲身感受一下自然之美。你们想不想一起去见识一下呢？”小智神秘地笑道。小刚、小霞，就连玉龙度兔也跃跃欲试，想要一睹次元之美的风采。“尤其是夜晚，看着小智如此神秘，真是让人心痒难耐啊。”
在花子家中，小智的爷爷似乎正在密谋着什么大事。“诸位，好久不见啊！没想到，波纹的世家居然敢与我们这些世家联手。难道你们想吞并我们吗？
“老夫若想吞并，你们岂能等到现在？”小智爷爷微微一笑，随即话锋一转，“好啦好啦，不跟这个老家伙开玩笑了。问一下，你们哪家的公子哥敢在世家外面动手？若被我发现了，可别怪我不客气！”看到爷爷真的发火了，众人才意识到似乎有人惹怒了他。“到底是怎么回事？我们都是多年的交情，不可能对你发难的。”
“爸，过来帮忙吧。”在各个世家里，都开始纷纷打听到底是谁惹了小智这个小家伙。经过一番调查，终于得知是一个世家的公司在搞鬼。“我让你开公司，没让你肆意妄为、压榨百姓！”爷爷怒斥道。原来，这是红叶家族掌握的风之力量在作祟。
“你知不知道，就是因为你，我差点被那位大人物盯上！”爷爷继续怒斥道。他根本没想到那家伙会在那里开设分店，更没有好好管理一下公司的人。“再出现这样的事情，我绝不会手下留情！”
红叶世家的少主也疼得龇牙咧嘴，“到底是哪个王八蛋干的？等我查出来了，定要你好看！”他还决定去查下剩下所有产业，看看到底是谁惹了这位少爷，尤其是关东地区的。
夜晚来临，哇，好美啊！星空璀璨，夜色的月光闪烁着青色的光芒。许多神奇宝贝在纵情歌唱，八大湖在天空中飞翔，散发着莹莹的白光。夜晚的神奇宝贝都陷入了沉睡之中。夜风吹过草地，星空如同流星一般划过天际，开启了一场绚丽的炫彩旅行。只留下心中那份震撼与美好。
小霞看见流星划破夜空时，眼中闪烁着闪耀的光芒。“哇，好美啊！”她在心中默默祈祷着小智能和她结为道侣。小刚则想要找到美女相伴；御龙度梦想成为冠军；小茂则希望小智能快点好起来。而小智的愿望则是：“我想让这个世界再无战乱与纷争，只有和平相处；再无伤感与离别、死亡与痛苦。让人们与神奇宝贝彻底融合，共同建设这个美好的家园。”
那么，皮卡丘的愿望又是什么呢？
随着众人与神奇宝贝在茂密的树梢上沉沉睡去，小智和小霞在一旁静静地注视着，心中充满了莫名的情感，缓缓地向他们靠近。当老头温柔地搂抱着小智入睡时，一道突如其来的声响猛然惊醒了众人。“怎么了？”小智也被这突如其来的动静唤醒，一脸茫然。
地面在微微颤动，刚刚那震耳欲聋的声音究竟源自何方？似乎是一场剧烈的爆炸。
“走吧，我们去看看究竟。”众人怀着忐忑的心情，朝着爆炸声传来的方向疾步而去。
当他们抵达现场时，才发现这里竟是一个庞大的工程现场，工人们正忙碌地建设着水坝。
“让我去探个究竟。”小智自告奋勇地向前走去。
“请问这里到底发生了什么事？”他向一位看似负责人的工人询问道。
“我是这里的工程包工头，”那人无奈地叹了口气，“本来这里是要修建水坝的，但这些神奇宝贝却一再阻挠我们的施工，刚刚还把我们建好的一半工程全部给破坏了。”
小智闻言，转身走向旁边的一只地鼠，轻声问道：“能否告诉我到底发生了什么事吗？”当地鼠感受到小智的善意时，终于开口讲述了事情的真相。原来，这里是神奇宝贝的自然保护区，它们不愿失去自己的家园。
就在这时，一位身着华丽、带着金戒指和金项链的大叔走了过来，趾高气扬地说道：“这个项目是我要的，你们必须完成，不然上面会怪罪下来的。所以，小鬼们，别在这里捣蛋。”
“我们已经请了专人来处理这些地鼠，”大叔继续说道。然而，他的话音未落，一个巨大的机器人从天而降，打断了他的言辞。
“地鼠1号前来报告。”机器人发出冰冷的声音。老板见状，眼中闪过一丝狠厉：“如果能把这些地鼠清理掉，公司会给你们加倍的奖励。”
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