在派出了手下三名得力干将分别前往京师和辽东彻查鼠疫和找到鼠疫的治疗方法之后。
下一步就是军事部署和调动，由于朱常洛御驾亲征南下，所以大明在北方的兵力十分空虚。
在辽东仅有熊延弼的十五万辽东新军（含祖大寿的3万关宁铁骑），在宣府仅有满桂的新军二师一万五千人。剩下的就是在京师的由勋贵李守期掌控的5万京营，由于京营里面有太多勋贵们的关系户，要想彻底的把他们给训练成精锐着实是十分困难，因此朱常洛也没有动他们，只是按照往常的惯例，任由他们勋贵们自己去折腾，能够勉强维护一下京城的治安即可。
因此鉴于北方的形势，朱常洛决定大军即刻北上，孙元化的三万大明皇家海军（登莱新军三个海军陆战旅）由海路北上支援毛文龙的皮岛，并攻击后金的后方。其中孔有德的海军陆战一旅需要在天津登陆，迅速进驻大明皇家制造局、西山兵工厂对这两地进行重点保护，不容有失。
那些内应们能够丧心病狂的发动鼠疫（黑死病），也自然不会放弃大明新军战力的根本大明皇家制造局和西山兵工厂。
历史天启六年的王恭厂大爆炸，虽然有多种对爆炸原因的解释，但最可能的还是王恭厂内的火药武器发生了爆炸。因为王恭厂在爆炸前是明代北京的一处非常重要皇家兵工厂，主要负责火药、盔甲、铳炮及火器的制造与储存，隶属于工部，日常储备火药约千吨，专供京营禁军使用。?
王恭厂大爆炸的影响是极其深远的，首先就是王恭厂大爆炸直接导致了2万多人的死亡，使得大明的科技精英、武器专家、火药专家、优秀工匠们几乎都损失殆尽，就相当于一场爆炸把北京中科院的专家院士们全部给干翻了，这直接导致大明的科技出现了断层。因为在以四书五经为主的科举文化里，能够出现一个擅长科技武器研究的人才是非常不容易的，王恭厂大爆炸一次性就杀死了这么多，这直接导致了大明的科技出现了断层。
而在真实的历史上，自王恭厂大爆炸后，大明军队遇上了满清军队之后，就再也没有了武器上的优势。反倒是满清获得了欧洲人火器支持，一步步的大败了南方残存的抵抗。
其次，王恭厂大爆炸彻底瓦解了明朝权力场原有的平衡，受东林党控制的钦天监以天罚为借口公然指责天启帝朱由校任用奸佞（魏忠贤）祸乱朝纲，这加剧了阉党、天启帝和明朝文官们的矛盾，为天启六年朱由校的死亡埋下了伏笔。同时他们也在民间散步留言，加剧了大明和百姓的矛盾（虽然本来矛盾就很深）。
再次，王恭厂大爆炸还直接导致了天启帝第三子朱慈炅的死亡，这使得天启帝死亡后没有继承人不得不让崇祯即位，再次为大明的灭亡埋下了伏笔。由此可见保护大明皇家制造局和西山兵工厂的重要性，因为那里现在也集中了目前大明的所有科技精英。
曹文诏率领新军第三师、朱冕甫第七师、贺人龙第八师，入辽东支援熊延弼，皇家近卫师随同朱常洛回京。
卢象升第四师支援宣府。
大明皇家商行、西山兵工厂、登莱兵工厂、大明皇家制造局做好后勤保障工作。
福广水师总督沈有容率领福广水师北上，以杭州、南京和松江府上海县为据点，筹措大军所需粮草，筹集粮饷，以漕运和海运运往京师和辽东。
命令广州巡抚张鹤鸣在广东购买筹措粮草，征调商船往北方调运粮草。
命令广州水师提督陈璘，率领舰队穿过马六甲海峡前往缅甸，接应在缅甸的马祥麟新军第一师和孙传庭的新军第五师。命令马祥麟新军第一师和孙传庭的新军第五师攻掠夺中南半岛，把中南半岛变成我大明的粮仓。
月港码头的夜风中，朱常洛的部署如一道道惊雷炸响在文武百官耳畔。
袁可立与毕自严相视一眼，都看到了对方眼中的震撼——皇帝这是要将整个大明的战争机器全数开动，甚至不惜抽调西南缅甸三宣六慰的兵力回援。
这是倾国之战啊！
“陛下，福广水师北上，以杭州、南京、松江府上海县为据点在江南地区筹措粮草...”袁可立沉吟着，手指在地图上划过，“可如此调动，福建地区岂不空虚？...”
“福建地区已经不足为虑，经过李旦和倭寇祸乱，人心已经在我不必担心，而且就算是乱也是我大明内部的混乱，不要担心，朕还有其他布置。”朱常洛的目光没有离开地图，显得成竹在胸，随后又继续下令补充。
“曹文诏，”朱常洛转向这位心腹大将，“你率第三、第七、第八师北上，走陆路至天津卫后，可有两条选择——一是继续陆路北上山海关入辽，二是改走海路，从天津乘船直抵旅顺。你以为如何？”
曹文诏仔细看着地图，眉头紧锁：“陆路稳妥，但耗时日久，从天津到山海关需十日，山海关到辽阳又需半月...等臣赶到，恐辽阳已危。海路快捷，顺风时三五日可达旅顺，再从旅顺北上辽阳不过七八日路程...但若在海上遇敌...”
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