汰冗整军令的强力推行，如同疾风骤雨，扫过永历政权控制下的各个军营。在李元胤的铁腕和御营前军的示范效应下，大多数军镇，即便心有不满，也不得不接受核验和裁撤的现实。岳州总兵张某的下场，更是让所有将领都清楚，抗拒的代价是他们无法承受的。至永历六年底，初步的核验裁撤工作在各主力部队中基本完成，共计裁撤老弱冗员近十二万人，基本达到了预期目标。
然而，裁撤容易安置难。十二万被裁撤的兵卒，如同十二万个不安定的因素，散落各地。尽管朝廷制定了详细的安置政策，但在具体执行过程中，依然遇到了诸多困难和引发了不小的风波。
最大的问题出现在遣散银的发放和屯田地的分配上。朝廷财政紧张，遣散银的拨付时有延迟；一些地方官吏趁机克扣、盘剥，中饱私囊，导致被裁士卒到手银两大幅缩水，甚至迟迟拿不到钱。屯田地的选择、分配也不尽公平，有些地方官府将贫瘠的山地、洼地划为屯田区，水源不足，开垦困难，引起了屯田兵的不满。
永历七年春，赣北九江府便爆发了一场规模不小的骚乱。数百名被裁撤后安置在鄱阳湖畔屯田的原守军，因遣散银被当地官吏层层克扣，所分田地又多为低洼易涝之地，生计艰难，积聚的怨气终于爆发。他们聚集起来，围攻了府衙，打伤了衙役，要求朝廷兑现承诺。消息传来，朝野震动。
朱常沅闻讯，极为震怒。他深知，此事若处理不当，极易引发连锁反应，导致前功尽弃。他立即采取果断措施：
严惩贪官： 派钦差御史赶赴九江，迅速查清了克扣遣散银的案情，将涉案的知府、知县等数名官吏就地正法，家产抄没，用于补偿被裁士卒。
安抚士卒： 钦差当众宣布朝廷政策，补发足额遣散银，并重新勘察、更换了肥沃的屯田区给这些士卒。
杀一儆百： 对于骚乱中带头打砸府衙、情节严重的几名兵痞，坚决处斩，以儆效尤。
九江事件的处理，迅速而有力，既安抚了大多数被裁士卒，又震慑了少数心怀不轨之徒和贪腐官吏，使各地的安置工作得以在更加规范的轨道上进行。此后，朝廷又进一步完善了安置监督机制，由都察院和靖安司共同派出巡查御史，监督各地安置银的发放和屯田事宜，情况逐渐好转。
就在处理安置风波的同时，军队的精简整编和新式训练也在紧锣密鼓地进行。裁撤冗员后保留下的约二十八万部队（含野战军、守备军、水师），开始了全面的重组和升级。
李元胤将主要精力放在了五大野战镇的编练上。这十五万精锐，是未来北伐的拳头。他亲自制定了严格的训练大纲：
编制统一： 打破原有各镇壁垒，混编重组。每镇下辖三个步兵协，一个骑兵标，一个炮兵团，一个工兵营，一个辎重营。编制、号衣、旗帜完全统一。
装备更新： 利用抄没贪官和节省下来的军费，优先为野战军换装。从澳门等地购入的红衣大炮、仿制的燧发鸟铳、精良的盔甲刀矛，源源不断地装备部队。朱常沅甚至亲自过问火炮的铸造和火药的配比。
训练革新： 摒弃过往花架子操演，注重实战。强化阵型变换、火器齐射、步炮协同、土木作业等科目。李元胤经常亲临校场，督导演练，对不合格的将弁当场斥责甚至处罚。
纪律森严： 颁布新的《永历军律》，条款清晰，赏罚分明。尤其强调服从命令和爱护百姓，严禁扰民，违者重处。
除了野战军，各地守备部队和水师也进行了相应的整训，虽然标准稍低，但战斗力相比以往也有了显着提升。
至永历七年秋，经过一年多的艰难改革，永历政权的军事力量面貌焕然一新。臃肿的虚胖被削去，取而代之的是一支编制合理、装备精良、训练有素、纪律严明的精锐之师。虽然总兵力减少了十万，但实际战斗力不降反升，军费开支也得到了有效控制，国库压力大为缓解。
这一日，朱常沅在李元胤、沐涵的陪同下，检阅了新编成的武昌镇野战军。校场之上，军容鼎盛，将士们士气高昂，操练起来虎虎生风，火炮轰鸣，声震四野。朱常沅看着这支脱胎换骨的军队，脸上露出了久违的、发自内心的笑容。
“元胤，辛苦你了！有此虎贲，何愁江北不平，中原不复！”朱常沅豪情万丈。
李元胤拱手道：“全赖监国圣断，将士用命！如今剑已砺锋，只待监国一声令下！”
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