入主长安城后，杨安玄忙得不可开交。先将已死的姚兴枭首装入木盒，对外宣称入宫后将秦皇斩杀，可以减轻一下太子姚泓的罪责。
姚泓归降，少了许多伤亡，杨安玄无意诛杀这位降太子，是死是活看建康处置。
将首级、玉玺、重器以及包括姚泓在内的秦国宗室百余人，捎带上梁喜、窦温等重臣一股脑装上战船，让刘衷通过水路将他们运往建康城报捷。
接下来处理俘兵，抓获大夏俘兵八千四百余人，长安城秦国降军近两万人，这些人暂时关押在城南的军营中，若不及时处理这些人将是隐患。
将大夏军和秦国军队打散分成两部，杨安玄命杨思平、赵田各率三千精兵、八千屯军押运这些俘兵前往上洛和弘农安置。
这些俘兵多是青壮，这些人若能顺利充实到雍、司之地，能让治下实力大增。但要这些人背井离乡，路上可能发生意外，杨安玄暗示两人，若有俘兵作乱，不妨杀之。
紧接着杨安玄将宫殿以及书籍封存好，宫中仅留少许内侍、宫女维护，其他人迁出宫外。杨安玄把从宫中得到的珍宝赏赐给出征将士，许诺将宫中所得女子赏赐给有功将士，。
要安抚百姓，当务之急是赈济灾民。赈灾粮不足，杨安玄让赵田带了张锋、沈庆之查抄秦国王公贵戚的府邸，抄这些人的家秦国百姓只会拍手称快，有利于安定民心。
有人舍命不舍财，试着凭家世讲讲道理，结果用人头造就出晋军的凶残，让秦国王公大臣对亡国有了深刻的理解。
为防止兵马四处抢掠，杨安玄在咨议殿召集麾下文武以及秦国降官约法三章，不准随意抢掠，不得侮辱妇女，不可妄杀无辜，违犯者斩。
杨安玄将得到的后秦国土暂划为北雍州，以王镇恶为刺史，主持军政事务；阴绩为州别驾、岑明虎为州治中、蒯恩为州司马；又命秦国降臣赵琨为京兆尹，让他安抚长安城中士族百姓，组织补种、补耕。
根据黄富提供的名单，任用了一批暗中向晋军投诚的秦国官员，这批新贵多是熟人，见面后方知对方早已向晋军投诚。
这批人原本处于秦国的低层，上位后为了表现出自己的价值，做事卖力，唯恐被人取代，对待曾经的上司、同僚分外严苛，杨安玄借助他们迅速地稳定住官场政体。
待局面控制住后，杨安玄留下两万兵马归王镇恶统辖，将蒯恩、岑明虎、阴绩、周超、冯衡等人留在其麾下，自己与朱龄石、张锋、沈庆之等人带了两万四千兵马出城驻扎在南门军营中。
长安城内有人不堪国破家亡的惨状，饮药、悬梁、投井而死，哀泣之声时现。对于另一些人来说新主到来意味着新的机会，歌功颂德有之，敬献祥瑞有之，进贡美女珍宝有之。
城门处发放的赈灾粥倒是不限量，性命无忧，普通百姓可不管城头变幻了大王旗。
广平公府被改为刺史府，每天前来求见献宝的车辆排到里许外，王镇恶忙得脚打后脑跟，痛并快乐着。
后秦虽灭，余孽尚存，要稳定住局面得等到六月麦收之后，百姓手中有了吃食才会安稳下来，届时推行仁政、减免税赋，吸附部落来投，通过儒学、戏曲等文化的手段增强凝聚力。要做的事很多，杨安玄脑中泛起“任重道远”四个字。
姚泓归降后，杨安玄让他发出诏书，命令秦国境内的城池归降，有不少县城接诏后归降，也有人据城而守，誓死不降。
残存的最大三股势力分别是陈仓一带的姚恢、姚谌；池阳一带的姚赞、姚益男；河东郡的姚懿，这三股势力不灭，杨安玄不能安心回师。
河东郡的姚懿所占地盘最大，但北魏长孙嵩南攻被阻，得知长安城破后秦已亡，命驻军温县的安平公乙旃眷攻取河东郡东垣，待长孙嵩率一万六千兵马汇合后，继续西进取安邑城北的闻喜，从东、北两面合围安邑城(河东郡治所，今山西夏县西北、运城东北)。
姚成都率军出战，兵败，据城而守。姚懿命姚成都之弟姚和都守猗氏城，自己以蒲坂为国都，发动百姓抗击魏军，没人响应。
谍报送到杨安玄手中，看来蒲坂秦军残余先不用忙着对付。杨安玄的视线从河东郡暂时挪开，投向长安城北的池阳城(今泾阳和三原一带)。
池阳离长安城不过百余里，不过姚赞、姚益男的率兵马不过一万二千人，无力南下，等自己平定陈仓之后再率军前去剿灭。
陈仓的姚恢、姚谌麾下有近二万兵马，这些将士常年与诸凉作战，皆是精锐，不好对付，而且西秦的乞伏炽磐率军相帮，姚恢驻陈仓东北的雍县、姚谌驻陈仓城，乞伏炽磐则镇守在故道城，将孟龙符拦在故道城之南。
杨安玄率大军一路往西，槐里、邕平、武功、美阳、郿县等城望风而降，五日后到达陈仓东二十里处。
故道城，乞伏炽磐得知晋军从东而至，忧心不已。长安城外两万大夏军被一场大火烧得狼狈逃窜的消息早在城中传开，乞伏炽磐还得知秦军在鸿门也被一场大火烧得死伤殆尽，姚泓才逼得投降。
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