5月1日，日本陆军大臣大山岩正召集参谋仔细研究头山满从阿帕里港送回来的战报，这一次，陆军部放弃成见特别邀请了新任日本常备舰队司令官伊东佑亨、海军少将尾本知道和数名海军参谋出席。
对于头山满、近藤喜平太以及派驻当地陆军军官团送回来的报告，已经引起了日本军方的足够重视，不过，由于阿帕里港的炮击太出乎意料，从现在获悉的情况报告也是充满了各种陈述上的矛盾，甚至都难以描述出出现战舰的模样，唯一的表述只是“漆黑的战舰！”
不过，开拓社稍晚时候从其他途径获悉了一点点消息，还是从一个中国商人那里听说的，因为这个人恰巧路过圣克鲁斯港。远远看到有大批船队出港，随后听说，似乎是在婆罗洲的南华国舰队运送来一批逃难的西班牙人。
而南华国……这个名字对于日本军界其实颇为陌生，倒是稍晚时分，之前不久从中国奉调回国的明石元二郎参谋提供了他在中国期间掌握的一些消息，这才让在座的这些日本军方了解了南华的一些基本情况，这个小小的南洋婆罗洲国家。据说与中国关系密切，早年曾经因荷兰人入侵婆罗洲而发生过冲突，最终，武备老掉牙的荷兰人被南华的舰队击败，从而奠定了这个南洋华人国家的地位。
而根据明石元二郎在中国进行的调查，他认为。南华国在与荷兰人的冲突中，获得了来自中国的武备支持……唯一的问题是，这些判断从当时清政府的公文中找不到任何的字言片语，当时中国国内倒是多有支持南华的言乱，但仅限于舆论，而明石元二郎在陆军部这次会议上，作出了他认为最大可能的判断——当时支援南华的应该就是中国现政府的秦铠、张佩纶等南方大员。
这个消息的出现。让日本陆军部大为吃惊，如果确认中国人已经介入菲律宾的内部动乱，那日本军方策划许久的开拓社秘密计划将遭遇极大困难，不过，这一消息，除了明石元二郎的判读外，并没有其他任何有力的证据，对于南华。日本了解的太少太少！
不过，开拓社送回来的另外一份消息，倒是让日本军方开始兴奋起来，几个月来对西班牙远东舰队的调查，虽然这个曾经的海上帝国仍旧维持的庞大的海军武备，不过，驻扎在苏比克湾的第一舰队和马尼拉港的第二舰队虽然拥有超过50艘的水上舰艇。但是，其中仅有2艘装甲巡洋舰是分别与1883年、1886年向英国、法国订购的“赫伦斯号”、“巴伦西亚号”，此外，还有一艘70年带的船旁炮铁甲舰“帕尔马号”。其他构成威胁的是11艘1500吨以上的无防护驱逐舰，18艘鱼雷艇，但都是6年前的产品，其余的船只更是不值一提。
海军司令伊东佑亨虽然脸上露出一丝轻松的表情，不过一想到另外那个可怕的敌人，他又皱起来眉头……
就在陆军部会议进行中的时候，外务大臣大隈重信匆匆干来拜会大山岩，他带来了更让日本吃惊的消息，西班牙控制下的菲律宾多出发生针对日本人的骚扰，而这一次损失最严重的，则是刚刚打开局面的开拓社，多个港口的开拓社成员受到袭击，当地的据点被焚毁。
这消息传来，大山岩神色颇有些无奈，但是陆军部的年轻军官们早已群情激奋……其实更多的是兴奋。
稍晚时候，三条实美召开的内阁会议上，尽管枢密院议长伊藤博文、海军大臣西乡从道不同意作出对菲律宾的军事准备案，但是，在明治天皇的过问下，该项议案迅速被制定出来，5月3日，日本电告驻马尼拉的领事小牧昌平，必须以最严厉的态度对西班牙人进行警告。
4日一早，小牧昌平领事就拜会了马尼拉总督府，提出彻查菲律宾排日事件的元凶、颁布对日本侨民保护案、对受害者和日本政府进行道歉、赔偿等6大点的《日西交涉案》，当然，这一要求立刻被西班牙人扔进了垃圾桶。
而小牧昌平刻意表现出来的傲慢，立刻引发了连锁的反应，菲律宾总督莫林斯立刻宣布对日本在菲律宾的商人进行调查，驱逐那些涉嫌谍报的人员……这一方案一出，整个日本政坛都被震动了，虽然一直来菲律宾并非日本的重要贸易伙伴，这其中最重要的一个原因，自然是西班牙人设置的高关税政策。
但是，公然以莫须有的理由来驱逐日本人，这已经将矛盾激化上升到国家层面，日本多名议员公开表示要对西班牙人进行严厉的报复，包括废止西班牙与其他列强共享的低关税等旧条约利益，这一呼声立刻得到了国内右翼组织和军方组织的呼应。
反观日本国会中，也有深感形势险恶的议员，东京都议员山本业在《朝日新闻》上刊发了对日本军费开支巨大的担忧，其实提到，如今的日本，首要是发展经济，一次战争的军费开支就能让日本经济倒退10余年……
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