双方的潜艇也都在水面下活跃起来，夹缝插针地释放鱼雷，去攻击对方的舰船，或者被对方的驱逐舰用深水炸弹驱赶的到处乱窜。
这场海战从中午一直打到了傍晚，双方均损失惨重。米国的6艘航母中有3艘被炸成了重伤，其余的各种舰船更是有多艘沉没。
倭国损失两艘航母，仅剩的两艘航母飞龙号和云龙号，上面的舰载机也基本上损失殆尽。
战列舰也被米国飞机用鱼雷炸沉了一艘，重伤了两艘。
但对倭国有利的是，随着太阳的落山，米国的飞机基本上丧失了继续作战的能力，但他们自己的战列舰，却并不受黑暗的影响，可以24小时持续作战。
山本五十六忍受着巨大的损失还不下令撤退，等待的就是这一刻的到来。
当夜幕彻底降临之后，他下令自己的坐舰大和号，以及同样庞大的武藏号当做箭头，带着另外3艘战列舰冲向了米国舰队，开始用大炮宣泄自己的怒火。
在大和号和武藏号460毫米口径主炮的轰鸣之下，一艘接一艘的米国战船的装甲被撕裂，冲天的火光将整个夜晚的大海快要照亮。
尼米兹开始接二连三地收到坏消息。
“约克城”号弹药舱爆炸，开始下沉。
“无畏”号右舷被近失弹炸开3米长的口子，已经严重倾泻。
原本已经重伤的“萨拉托加”号被一颗鱼雷击中，开始再次燃起了大火。
米国人也开始拼死反击，岸上的飞机甚至还冒着一去不回的危险，在夜间起飞去攻击倭国的战舰，同样给倭国舰队带来了很大的损失。
等到第二天凌晨时分，手上舰船已经损失了三分之二的尼米兹，在请示自己总统之后开始下令撤退。
米国还能动弹的船只开始释放烟雾，趁着黑夜的掩护钻出了倭国舰队的防线，开始朝米国西海岸的方向撤退。
山本五十六在意识到米国舰队逃跑之后，率领舰队穷追不舍，直到快要天亮的时候，才因为担心遭到米国飞机的袭击而下令停止。
天亮之前，山本召回躲在远处的运输舰队，用舰炮掩护着陆军开始登陆，然后开始统计自己的损失和战果。
这一仗倭国损失“赤城”、“加贺”、“苍龙”和“大凤”号四艘主力航母，另外还沉了3艘战列舰，海军精华损失大半，唯一庆幸的是自己最后勉强打赢，有机会救起落水的大批飞行员。
米国损失“约克城”号、“无畏”号、“萨拉托加”号、“埃塞克斯”号四艘航母，“大黄蜂”号轻伤，只有“企业”号一艘航母安然无恙，战列舰同样也只剩下一艘完好。
整个米国太平洋舰队几乎损失殆尽，本土的欧胡岛还被倭军登陆，随时都有可能丢失。
双方两败俱伤。
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