三、屡上谏言
王恕在南京任职兵部尚书期间，其正直无私的作风进一步展现，他严格选拔官员，杜绝私人请托，虽然因此引起一些同僚的不满，但他坚持原则，不为所动。面对钱能的持续诋毁，宪宗皇帝对王恕的多次直言劝谏渐感不悦，遂将他调任右副都御史巡抚南畿，负责南畿地区的政务与防务。
在南畿，王恕针对官田与民田税收不公的问题进行了改革，适当减轻了贫民负担，增加了官田的收益，以求平衡。他还解决了常州地区粮税超额征收的问题，通过调整税赋，既缓解了朝廷的财政压力，又减轻了百姓的负担。在遭遇水灾时，他不仅奏请免除了大量秋粮，还组织了大规模的救济活动，救助了数以百万计的灾民，展现了其深厚的民本思想和高效务实的治理能力。
同时，王恕对当时宦官横行、滥用权力、搜刮民脂民膏的行为深感痛心，他多次 上 疏 朝廷，揭露这些不法行为的危害，尤其是对宦官王敬及其党羽的横行霸道进行了坚决的斗争。当王敬一行人在江南各地肆意妄为，王恕毫不犹豫地 上 疏 弹劾，列举其罪状，最终促使宪宗皇帝采取行动，严惩了王敬及其党羽，斩首示众，彰显了法律的尊严和正义的力量。
尽管王恕在南京任职期间，面对重重阻力和权贵的忌恨，他依旧保持了刚正不阿的本色。当林俊因直言遭囚，王恕再度挺身而出，为林俊辩护，反对不必要的寺庙建设浪费国库，他的正直言论虽然惹得宪宗不悦，却赢得了百姓的广泛尊敬和爱戴。王恕的每一次上疏，几乎都成了民间期待正义的象征，他的名字在民间传唱，成为清廉官员的代名词。
王恕一生中，累计应诏陈述政事二十一次，提出建议三十九次，每一次都力图纠正时弊，抑制权贵的胡作非为。他的坚持和勇气，让他成为了那个时代的一面旗帜，尽管也因此树敌众多，甚至引起了宪宗皇帝的厌烦，但王恕的名声却越发响亮，被百姓誉为“两京十二部，独有一王恕”，其清正廉洁、勇于担当的形象深入人心，成为了后世官员的楷模。
四、被迫致仕
成化二十二年（1486年），明宪宗启用了一种特殊的官员任命方式——传奉官，即通过直接由皇帝口头或书面命令的方式授予官职，这种方式往往绕过了正规的科举或荐举程序，导致大量官员素质参差不齐，甚至有贪污腐败之辈混入官场。对此，王恕秉持一贯的耿直风格，对这种做法提出了更为激烈的批评，他认为这不仅破坏了正常的选官制度，更是对国家治理的长远伤害。然而，宪宗对王恕的进谏非但没有采纳，反而因频繁的直谏感到不悦，双方的矛盾日益加深。
王恕在朝中早已享有崇高的声誉，其正直不阿、勇于直言的形象深入人心，此前已被加封为太子少保，这本是对其贡献和声望的认可。但就在这时，南京兵部侍郎马显请求辞职，宪宗在批准马显辞呈的同时，出乎所有人意料地在批文中加入了让王恕以太子少保的身份退休的决定。这一突如其来的命令震动了朝野，许多官员和民众对这位正直老臣的被迫退休感到震惊与不解。
王恕的离开，标志着朝中一股清流的暂时消退。他虽离开权力中心，回到家乡，但其声望并未因此减损，反而因远离了官场的尔虞我诈，更加受到民众的尊崇。朝中不少正直的官员，如工部主事王纯，仍然怀念王恕在朝的日子，公开表达对王恕的敬仰之情。王纯甚至大胆地将王恕比作西汉时期的名臣汲黯，后者以刚正不阿、敢于直言着称，这一比较无疑是对王恕人格的高度评价。然而，这样的赞誉在当时的政治环境中却是一种危险的行为，王纯因此遭受了杖责之刑，并被降职为偏远的思南府推官。
五、重 起 任职
明孝宗朱佑樘即位后，朝局迎来了新的气象，王恕这位曾因直言进谏而被迫致仕的老臣，终于在新皇帝的任期内重获启用，被召回朝廷，担任了吏部尚书，不久还加封为太子太保。这一任命，无疑是明孝宗对王恕过往政绩与清正名声的肯定，也是对朝野上下对王恕复出呼声的回应。
然而，王恕的回归并非一帆风顺，特别是与内阁大学士刘吉的关系尤为紧张。刘吉因过去被弹劾时，朝臣常举荐王恕取代他，心中对王恕积怨已久，故在王恕复职后，对王恕的每一步动作都加以阻挠，尤其是在官员的选拔任用上，刘吉常常暗中作梗，使得王恕的许多建议难以实施。
其中，王恕推荐河南布政使萧祯为陕西巡抚一事，遭遇了孝宗皇帝的犹豫，孝宗最初并未采纳，而是要求另选他人。王恕对此坚决上疏，认为皇帝若认为萧祯不适宜，便是对自己判断力的质疑，请求放自己回乡养老。孝宗最终被王恕的诚意与坚持所打动，接受了萧祯的任命。这一事件，不仅体现了王恕对所荐人才的坚定信任，也反映出他不计个人得失，一心为国选贤的决心。
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