四月二十八日，朱由崧到达浦口，受到魏国公徐弘基等众官员的迎接。第二天，他渡过长江，停泊在燕子矶。四月三十日，南京诸臣前来叩见。朱由崧穿着角巾葛衣，看起来十分落魄。他对群臣的劝进表示谦逊，并极力推辞。经过三次推辞，朱由崧勉强接受了劝进。五月一日，他从南京西南的三山门离船上岸，在众臣簇拥下先乘轿至孝陵门前，祭告明太祖，其后又特地祭拜懿文太子朱标。随后，他进入南京城，直至东华门入皇城，参拜奉先殿，之后离开皇城，进入行宫，接受文武百官的觐见。
南京群臣决定朱由崧先以监国名义上台，然后登基。五月十五日，朱由崧即皇帝位于南京武英殿，改元弘光。在他的 登 极 诏书中，他痛斥叛逆，并发誓要复仇，同时颁布了二十五款新政措施，包括减免钱粮、整顿漕粮、激励垦屯等内容。然而，在这份诏书中，他并没有提及当时已占据北京、真正能威胁南明的满清政权。
三、局势飘摇
朱由崧求助于三镇军阀拥立，这一举措对南明弘光政权的后续发展产生了深远的影响。最直接的作用是使他自己得以顺利登基，但间接影响则是南京从皇帝到重臣都无法有效控制这支飞扬跋扈的军队，开启了南明军阀勋镇势力尾大不掉的局面。
高杰与黄得功、刘良佐等都是出身行伍的悍勇之徒，他们的部队中不乏良将猛士。倘若朱由崧具备他祖上明太祖、明成祖那样的权谋和阅历，他完全可以驾驭这些军阀，使其为己所用。可惜的是，朱由崧既不具备这样的才能，也没有足够的魄力。他求助于三镇军阀而得帝位，一开始便以高昂的代价自贬了身价。三镇军阀也很快看清了朱由崧实际上是个软弱无能的君主，从此对他的权威不再重视。
朱由崧在执政期间，沉湎于酒色之中。而掌握朝廷实权的马士英、阮大铖等人同样醉生梦死，利用手中的权力鬻官肥家。阮大铖甚至公然以行贿作为理财的方法。弘光朝廷建立之初便显露出了腐败的现象，政以贿成，腐败已极。
顺治二年（弘光元年，1645年）三月初一，一名自称崇祯太子朱慈烺的人来到南京。朱由崧命令将其关入兵马司监狱，并命令百官在午门外审问这名所谓的“太子”，最终裁定此人是假冒的，名为王之明。此时，宁南侯左良玉在武昌举兵，声称奉太子密诏，以“救太子、诛士英”为名顺流而下，进逼南京。黄得功、阮大铖率兵抵御左良玉，导致南明内部发生内讧。
正当南明陷入内乱之际，清兵在豫王多铎的率领下大举南下，攻陷归德、颍州、太和、泗州、徐州等地，兵临扬州城下。四月，清兵围攻江北重镇扬州。史可法急忙向朝廷求援，但由于镇将们个个拥兵自重、意图观望，最终扬州沦陷（四月二十五日），史可法殉难。
五月初八，清兵自瓜洲渡江，镇江巡抚杨文骢逃奔苏州，靖虏伯郑鸿逵逃入东海，总兵蒋云台投降。南京关闭城门。五月初十，朱由崧传旨放归所选淑女，并在当天午夜还召梨园入宫演剧。翌日凌晨二更时分，朱由崧率领四五十名内官骑马出通济门逃亡，行踪不明。天亮后，百官入朝，只见宫女、内臣、优伶等杂沓逃奔西华门外，才知道朱由崧已经出逃。南京城内一片混乱，马士英携邹太后出奔。市民救出之前被捕的“北来太子”王之明，并扶他入宫，在武英殿即位。
四、兵败被俘
顺治二年（弘光元年，1645年）五月十二日，朱由崧逃至太平府，并将按察院作为临时行宫。不久之后，他转移到芜湖，投奔江北四镇之一的守将靖国公黄得功。起初，黄得功并不了解南京的情况，当他得知朱由崧是慌张逃出南京时，内心感到无比的失望和无奈。然而，黄得功仍然决定以死报国，对朱由崧效忠到底。
在此之前，清兵已经开始攻打重镇扬州，史可法率城中百姓顽强抵御清兵。清兵围困扬州，损失惨重。史可法急忙向朝廷求援，然而朱由崧对此置之不理。最终，由于孤立无援，扬州沦陷，史可法殉国。紧接着，清兵直逼南京。南京守军弹尽粮绝，面对清军的强大攻势，南京即将沦陷。此时，朱由崧还在宫中与爱妃饮酒作乐，直到危机迫在眉睫，他才急忙召集大臣商议对策。然而，那些平时只会阿谀奉承的奸臣此时却一言不发。
顺治二年（弘光元年，1645年）五月十五日，清兵进入南京，包括魏国公徐文爵、保国公朱国弼、灵璧侯汤国祚、定远侯邓文郁，以及尚书钱谦益、大臣赵之龙、大学士王铎、都御史唐世济在内的许多官员剃发降清。
随着南京的陷落，朱由崧的处境更加危急。清军攻克南京后，豫王多铎命令降将刘良佐带领清军追击朱由崧。面对众叛亲离的局面，朱由崧只好带着爱妃逃往芜湖。然而，清军紧追不舍，很快追到了芜湖。
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