五月二十二日，总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策等人突然冲上朱由崧乘坐的御舟，劫持了他，将其献给了清军。豫王多铎下令除去朱由崧身上的锁链，用红绳捆绑起来。五月二十五日，朱由崧被迫乘坐一辆没有车幔的小轿进入南京聚宝门。他头戴黑色的僧侣头巾，身穿蓝色布袍，用一把 油 纸 扇 遮住脸庞，两位妃子则骑着驴跟在他后面。沿途的百姓对朱由崧唾骂不断，有人甚至向他投掷瓦砾。多铎在灵璧侯府设宴，让朱由崧坐在“北来太子”王之明之下。宴会结束后，朱由崧被拘留在江宁县署。
五、被杀
顺治二年（弘光元年，1645年）闰六月，隆武帝朱聿键即位于福州，并遥尊朱由崧为圣安皇帝。然而，朱由崧的命运并未因此而有所改变。当年九月，朱由崧与皇太后邹氏、潞王朱常淓等人被押解至北京，并被安置居住。
在北京期间，清太医院在节日时会向朱由崧馈赠宴席，而朱由崧似乎也沉浸于这种表面的待遇之中，常常酣饮极乐，仿佛忘却了自己的困境。这种态度可能是因为他已经意识到自己的命运不可逆转，或者是一种对现实的逃避。
顺治三年（隆武二年，1646年）四月九日，有人向摄政王多尔衮进言，称在京居住的故明衡王、荆王欲起兵反清。这一消息引起了清朝统治者的高度警惕。五月，朱由崧与潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷以及“太子”王之明等十七人被斩首于菜市口（一说朱由崧是以弓弦勒毙而死），年仅四十岁。朱由崧的死亡标志着南明初期对抗清军努力的彻底失败。
朱由崧的王妃黄氏之弟黄盐梅购买了棺木，将朱由崧与黄妃合葬于河南孟津县东山头村。这一举动体现了对朱由崧最后的尊重与哀悼。
朱由崧被杀的消息传到南方后，监国鲁王朱以海为他上谥号为赧皇帝，不久后又上庙谥为质宗安皇帝。这反映了南明政权对于朱由崧的评价和纪念。
永历帝朱由榔在永历十一年、顺治十四年（永历十一年，1657年）四月，改朱由崧庙号为安宗，谥号为奉天遵道宽和静穆修文布武温恭仁孝简皇帝。这一庙号和谥号进一步体现了南明后世对朱由崧的追念和评价，尽管他在位期间的表现并不出色，但作为南明的第一位皇帝，他仍然在南明历史中占有重要地位。
结语
朱由崧的统治虽然短暂，但他的人生经历和弘光政权的兴衰，为我们提供了一个观察明末清初社会变迁的重要视角。他的故事不仅是个人命运的写照，也是那个时代政治、军事、文化等方面复杂交织的结果。从朱由崧的故事中，我们可以看到，在历史的洪流面前，个人的力量是多么渺小，同时也能体会到在重大变革时期，正确的决策和有效的领导对于国家的重要性。
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