四、四面扩张
1679年，噶尔丹率领三万兵马入侵吐鲁番，并逐渐将其势力延伸至哈密，迫使当地臣服。随着对这些地区的控制，准噶尔部的势力范围扩展到了甘州一带，即今天的甘肃张掖附近。这一行动不仅为噶尔丹带来了经济利益——例如对当地军队征收硫磺、倭铅等贡赋，还吸引了西域地区白山派首领和卓伊达雅图勒拉（阿帕克和卓）的效忠。
1680年，噶尔丹应达赖喇嘛之请，介入了天山南路伊斯兰教“白山派”与“黑山派”之间的争斗。他派遣军队支持白山派首领阿帕克和卓，经过一系列战役，成功击败黑山派，占领了喀什噶尔、叶尔羌等地，并囚禁了察合台后王伊思玛业勒汗。阿帕克和卓被扶植为新的统治者，并被称为“阿帕克和卓”（意为世界之王），这标志着叶尔羌汗国的终结。之后，噶尔丹的军队试图进一步推进至青海边界，但因清军的严密防守而未能得逞。
1681年后，噶尔丹开始向西扩张。1682年至1683年间，他率军进攻哈萨克头克汗，虽然初期遭遇了一些挫折，但并未削弱他的斗志。相反，噶尔丹继续征兵训练，并威胁哈萨克人如果不投降，将会持续用兵。1683年，噶尔丹再次发兵，成功占领了塔什干、撒马尔罕、布哈拉、乌尔根齐等重要城市，并将头克汗之子作为人质押往西藏交给达赖喇嘛。这一行动使哈萨克之地成为了准噶尔部的一部分，并使准噶尔的势力范围直接抵达锡尔河沿岸的诺盖人（高加索突厥人）部族聚居区。
在接下来的几年里，噶尔丹继续扩张，与费尔干纳的布鲁特人和乌兹别克人进行了战争。1683年秋季，他的部队远征至帕米尔的穆尔加布河，甚至远达萨雷阔里山。准噶尔骑兵随后占领了费尔干纳，使乌兹别克汗国屈服。到17世纪70年代末，噶尔丹已经将准噶尔的政治中心转移到了伊犁河谷，并在额尔齐斯河（也尔的石河）、博尔塔拉等地建立了冬营地。此时，准噶尔的统治范围已经十分广阔，北至鄂木河，沿额尔齐斯河溯流而上，直至阿尔泰山；西抵巴尔喀什湖以南的哈萨克人游牧地；东达鄂毕河。准噶尔不仅统治了天山南路的南疆地区，还将势力扩展到了七河流域与伊塞克湖地区。
五、东进受挫
噶尔丹在17世纪80年代中期开始将目光转向东面的喀尔喀蒙古，意图建立统一的大蒙古国。这一时期的扩张计划最终遭遇挫折，尤其是在与清朝的对抗中。
1688年，噶尔丹利用喀尔喀内部的矛盾，支持札萨克图汗成衮，并与土谢图汗部关系紧张。在清朝和达赖喇嘛的调停下，喀尔喀众多封建主于1686年在库伦伯勒齐尔会盟，但未能解决矛盾。1687年，土谢图汗察珲多尔济领兵突袭札萨克图汗部，导致局势进一步恶化。1688年，噶尔丹以此为契机，率领三万大军越过杭爱山，进攻喀尔喀蒙古游牧地区。起初，噶尔丹取得了胜利，击败了土谢图汗和车臣汗，迫使喀尔喀蒙古诸部举部内迁，造成了极大的混乱。
然而，正当噶尔丹在东线扩张之际，准噶尔内部却发生了分裂。噶尔丹与亲信奈冲鄂木布合谋，试图毒杀索诺木阿拉布坦，并谋杀策妄阿拉布坦未果，后者开始逃亡。1688年末，噶尔丹率兵追击策妄阿拉布坦，在乌兰乌苏被策妄阿拉布坦全歼。这一事件导致噶尔丹兵力锐减，失去了根据地，他随即进入漠南蒙古，劫掠驼马牛羊以图恢复实力。
1690年，在沙俄的支持下，噶尔丹集兵三万，扬言要联合俄国军队进攻喀尔喀蒙古。康熙帝命令理藩院尚书阿喇尼备边，调集军队进行防御。六月，噶尔丹进入乌尔会河以东地区，与阿喇尼的军队遭遇并取得胜利。七月，噶尔丹在乌珠穆沁的乌尔会河之战中击败了常宁的军队。随后，噶尔丹率军屯兵于乌兰布通。八月，清军在福全的带领下向乌兰布通发起进攻，经过三天的激烈战斗，最终大败噶尔丹。噶尔丹率余部逃脱。
1691年，噶尔丹试图重新组织力量，并派遣使者到西伯利亚叶尼塞河流域的图巴河沿岸图巴族聚居区活动，寻求支持。
1692年，噶尔丹多次致书康熙帝，要求将喀尔喀七旗蒙古牧民发还给他统治，但均遭到拒绝。
1695年，噶尔丹再次试图发动进攻，但被康熙帝预先得知，采取了应对措施。1696年，康熙帝亲自指挥三路清军，约定夹攻噶尔丹。五月，清军西路军在大将军费扬古的率领下，在昭莫多（今蒙古乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹，几乎全歼其主力，噶尔丹仅率数十骑逃亡。
昭莫多之战后，噶尔丹的处境变得十分艰难。他的部众四散逃亡，伊犁河流域已被策妄阿拉布坦控制，土尔扈特汗国的阿玉奇汗与策妄阿拉布坦结成反噶尔丹联盟，沙皇俄国也拒绝接纳他，回部、青海、哈萨克等地也与他断绝了联系。清朝还封锁了通往青海和西藏的道路，使得噶尔丹处于孤立无援的状态。
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