在这一背景下，吴振棫采取了一系列措施来稳定云南的局势。首先，他强调了公平原则的重要性，认为在处理汉回两族之间的矛盾时，必须做到公正无私，这样才能赢得双方的信任。其次，他主张通过恩威并施的方式，一方面坚决打击那些顽固不化的叛乱分子，另一方面则给予那些愿意回归正常生活的回民以出路，让他们感受到政府的诚意。
为了稳定省城昆明，吴振棫投入了大量的精力。他深知，省城是云南的政治中心，只有这里安定下来，才能更好地辐射周边地区，逐步化解各地的矛盾。
四、改革措施：改善民生与治理
吴振棫在担任云贵总督期间，不仅致力于军事上的平叛，还非常重视地方经济和民众生活的改善。他深刻认识到，只有在民生得到保障的前提下，社会才能真正实现稳定和发展。
在盐税制度改革方面，吴振棫发现原有的盐税摊派方式存在诸多弊端。传统的摊派制度导致了沉重的税负，且容易滋生腐败现象。为了改变这一状况，吴振棫提议实行招贩制度，即先征收盐税，然后再进行盐业交易。这样不仅可以保证税收的公平性，还能提高效率，减少中间环节的损耗。这一改革措施实施后，受到了百姓的广泛欢迎和支持，因为这不仅减轻了民众的负担，还促进了盐业市场的健康发展。
除了盐税改革之外，吴振棫还特别关注云南内部的团练问题。在其他省份，团练通常作为一种民间自发组织起来的防御力量，用于保护乡里不受外来侵扰。但在云南，由于历史原因和特殊的地理环境，团练的作用却常常适得其反。黄琮、窦墉等人在云南组织团练，本意是为了增强地方的防御能力，但实际上，这些团练组织的存在反而加剧了民族间的矛盾和冲突，甚至演变为一种负担。
吴振棫认为，云南的团练问题需要从根本上解决。他向朝廷建议，撤销黄琮、窦墉的职务，并削减不必要的团练开支。他意识到，过度依赖团练不仅耗费了大量的人力物力资源，还可能导致地方政府失去对局面的有效控制。因此，吴振棫主张加强对团练的管理和约束，确保它们在必要时能发挥作用，而不是成为地方秩序的破坏者。
五、晚年生活：退隐后的贡献
同治元年（1862年），吴振棫因身体状况不佳，主动请求辞去了云贵总督的职务。他选择前往山西，陪伴并照顾在那里任职雁平道的儿子吴春杰。虽然离开了中央政府的核心职位，但吴振棫的声望和影响力并未因此减弱。相反，他仍然受到朝廷的高度信任和重视。
即便是在退居二线的状态下，吴振棫依然被赋予了重要的使命。同治年间，黄河的防御工作至关重要，因为黄河泛滥不仅会带来严重的水灾，还会对沿岸地区的安全构成威胁。为此，朝廷指派吴振棫与当时的陕西巡抚英桂共同负责黄河的防御任务。这不仅是对他过往政绩的认可，也是对他能力的一种肯定。
吴振棫在处理黄河防御工作中，充分发挥了自己的经验和智慧。他与英桂密切合作，制定了一系列有效的防御措施，以防止黄河泛滥对当地居民造成更大的损失。通过加强堤坝建设、清理河道以及建立预警系统等一系列措施，吴振棫和英桂共同努力，确保了黄河沿岸的安全。
除了黄河的防御工作外，吴振棫还被要求前往陕西协助处理军务。陕西作为西北地区的重要省份，面临着复杂的安全形势。吴振棫在陕西的军务工作中，继续展现了他的领导才能和战略眼光。他积极参与军事决策，协助当地官员加强边防建设，提高军队战斗力，确保了陕西地区的稳定。
吴振棫在晚年的生活虽然远离了中央的繁忙政务，但他始终没有忘记自己作为一个官员的责任和使命。他利用自己的经验和人脉，为国家的安全和发展继续贡献着自己的力量。他的这些努力，不仅赢得了朝廷的认可，也为后世留下了宝贵的精神财富。
最终，吴振棫在同治十年（1871年）逝世，享年78岁。根据史料记载，朝廷按照惯例给予了他相应的哀悼和抚恤，这是对他一生奉献的肯定。
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