处理完南京的事情的事情之后，皇帝下旨，祭拜明孝陵
祭前三日，崇祯移居斋宫，着素服，不饮酒、不食荤、不近女色。
每日辰时，由礼部侍郎捧《洪武礼制》诵读斋戒条例。
祭前一日，尚膳监进素膳十二道，崇祯仅用清粥一盂。
祭祀当天的五更时分，神宫监太监已将祭器陈列完毕：
享殿正中设太祖神位，覆明黄云龙缎
供案上陈设：太羹、和羹、黍、稷、稻、粱各一笾
两侧列：爵三、铏二、簠簋各二
殿外丹墀设燎炉，高六尺，专供焚帛
寅时三刻，崇祯着十二章衮冕出宫：
前导：锦衣卫大汉将军二百人，执金瓜、斧钺
中列：教坊司乐工奏《中和韶乐》
后随：文武百官着祭服，按品级持象牙笏
途经朝阳门时，南京市长率耆老跪献三牢（牛、羊、猪），崇祯亲自验看牺牲毛色。
日出清晨，南京紫金山。
薄雾缭绕，松柏森然。
至下马坊，崇祯降辇步行。
崇祯皇帝身着十二章衮冕，腰佩玉圭，在礼部官员的引导下，缓步踏上明孝陵神道。
神道两侧：
石象生披红绸，军校持戟肃立。
文武百官分列左右，锦衣卫、御林军持戟而立，肃穆无声。
每过一里，鸿胪寺官唱赞：
"趋——"
至棂星门，崇祯整冠束带，由赞引官导引
副总理张福臻高唱：
"跪——"
崇祯双膝跪于享殿前，三叩首。
殿内供奉太祖朱元璋画像，威严凛然，仿佛穿越两百余年，仍注视着这位后世子孙。
"不肖子孙朱由检，谨告太祖高皇帝在天之灵。"
崇祯声音低沉而坚定，
"今国事艰难，内忧外患，然孙儿必承太祖遗志，肃清吏治，重振大明。"
他双手奉上祭文，由司礼监太监王承恩接过，焚于鼎中。
青烟袅袅，随风升腾，似与太祖之灵相接。
礼毕，崇祯起身，环视群臣，缓缓道：
"太祖以布衣提三尺剑，驱除胡虏，恢复中华。今朕登基三载，虽诛魏阉、平流寇，然天下未靖，朕岂敢懈怠？"
众臣俯首："陛下圣明！"
三日后，御驾离南京，北上凤阳。
龙辇前后，三千御林军护卫，旌旗猎猎。
沿途百姓跪伏道旁，山呼万岁。
崇祯命人撤去銮驾华盖，以示简朴。
行至滁州，忽有快马飞报：
"陛下！凤阳知府奏报，皇陵享殿年久失修，恐有损毁，请暂缓行程！"
崇祯眉头一皱：
"朕三日前才命人查验，何来损毁？"
阎应元低声道：
"陛下，凤阳知府刘荣乃东林余党，此番恐有诈。"
崇祯冷笑：
"传旨，加速行进，朕倒要看看，谁敢阻朕祭祖！"
五日后，御驾抵凤阳。
凤阳乃太祖故里，皇陵规模宏大，但此时享殿前却杂草丛生，殿门漆色斑驳，显是多年无人打理。
崇祯面色阴沉，问凤阳知府刘荣：
"刘爱卿，朕每年拨银修缮皇陵，钱都花到哪去了？"
刘荣跪地颤抖：
"陛下明鉴，近年天灾频仍，钱粮皆用于赈灾......"
"放屁！"
崇祯厉声打断，
"朕查过户部账册，凤阳修陵银两从未短缺！阎应元！"
"臣在！"
"带人去刘荣府上，给朕搜！"
半个时辰后，国安部回报。
阎应元呈上一本账册：
"陛下，刘荣府中抄出白银二十万两，田契千顷，另有......"
他顿了顿，
"皇陵专用的金丝楠木三十根，竟被他私藏家中，充作梁柱！"
崇祯怒极反笑：
"好一个清官！连祖宗陵木都敢贪！"
刘荣瘫软在地：
"陛下饶命！臣......臣只是一时糊涂......"
"一时糊涂？"
崇祯一脚踹翻他，
"太祖陵寝荒废，你却在府中享乐！来人！拖出去，凌迟处死！夷三族！"
“阎应元，你安排专人到凤阳，给朕好好的查查，看看还有谁！”
“心思打到了祖陵，欺天了！”
“无论是谁，一概夷三族！”
次日，崇祯亲自主持祖陵祭礼。
凤阳皇陵享殿已被连夜清扫，焕然一新。
崇祯换了一身素服，未戴冕冠，以示哀思。
他跪在享殿前，望着太祖父母的灵位，沉声道：
"不肖子孙朱由检，谨告仁祖淳皇帝、淳皇后在天之灵。今吏治腐败，致祖宗陵寝蒙尘，孙儿之罪也！"
言罢，他重重叩首，额抵青砖，久久不起。
张福臻和王在晋见状，低声劝道：
"陛下，保重龙体......"
崇祯缓缓抬头，眼中含泪：
"朕非为私情而悲，实因天下糜烂至此，愧对祖宗！"
他起身，转向随行百官：
"今日起，凤阳皇陵设守陵军五百，由中都留守司直管。凡贪墨陵银、怠慢祭祀者，诛九族！"
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