董卓死后，长安的天空仿佛都变得晴朗起来，原本阴沉的天气瞬间变得日月清净，微风都不再吹拂，仿佛连老天爷都在为这个恶人的死去而感到高兴。董卓的弟弟董旻、侄子董璜以及董氏宗族里的老弱病残，当时都在郿坞。他们得知董卓的死讯后，急忙往回赶，结果半路上就被董卓的旧部们砍杀、射死。董卓的母亲已经九十高龄了，听到这个消息后，惊慌失措地跑到坞门口，哭着哀求：“求求你们饶我一命啊！”可还是没能逃过一劫，被当场斩首。
曾经受过袁家恩惠的门生故吏们，纷纷来到郿坞，将那些死在郿坞的袁家人重新安葬。他们还把董氏一族的尸体收集起来，放在袁家人的坟墓旁边，一把火烧了个干净。董卓的尸体被拉到集市上示众，他向来肥胖，死后尸体里的油脂流了一地，连地上的草都被染成了红色。守尸的小吏看到这一幕，突发奇想，把董卓的肚脐当成灯芯，插上一根大蜡烛，点燃后，那光亮竟然能通宵达旦。就这样，董卓的尸体被当作蜡烛烧了好几天。后来，董卓的旧部们把烧剩下的骨灰收集起来，用一口棺材装了，埋在了郿坞。据说，董卓在郿坞里积攒的财富多得惊人，光是黄金就有两三万斤，白银八九万斤，至于那些珍珠、美玉、绸缎以及各种奇珍异宝，更是堆积如山，数都数不清。
董卓一死，长安的百姓们纷纷走上街头，互相庆祝。那些曾经阿谀奉承董卓的人，也都被抓进了监狱，最终死在了狱中。
当时，蔡邕正好在王允家里做客。听到董卓的死讯后，蔡邕忍不住发出了一声叹息。王允听到后，非常生气，指责蔡邕说：“董卓是国家的大贼，他杀害君主、残害大臣，天地都不会保佑他，人神共愤。你身为朝廷大臣，世代都受汉朝的恩惠，国家有难的时候，你不挺身而出也就罢了，如今董卓被上天惩罚，你竟然还为他叹息？”说完，王允就下令把蔡邕抓起来，送到廷尉那里治罪。
蔡邕连忙向王允谢罪，说道：“我虽然算不上忠诚，但也懂得大义。从古至今的安危之事，我听得多了，也常常思考。我怎么会背叛国家去向着董卓呢？刚刚那声叹息，实在是无心之失，希望您能看在我一片忠心的份上，哪怕是在我脸上刺字、让我受刑，也请留下我的性命，让我继续完成汉朝的史书。”很多公卿大臣都爱惜蔡邕的才华，纷纷为他求情。
王允却不为所动，他说：“当年汉武帝没有杀司马迁，结果司马迁写了《史记》，里面有诋毁朝廷的内容，流传到了后世。如今国家正处于衰落时期，战乱不断，我不能让这样的佞臣在年幼的皇帝身边执笔，否则以后我们这些人都会受到他的诋毁。”最终，蔡邕还是被王允杀害了。
不过，对于这件事，后世的史学家裴松之却有不同的看法。他觉得蔡邕虽然被董卓亲近任用，但他肯定不会与董卓同流合污。蔡邕难道不知道董卓的奸恶吗？他是天下人都痛恨的大恶人，蔡邕听到他的死讯，按道理是不会叹息的。就算真的叹息了，也不应该在王允面前表现出来。裴松之认为这可能是谢承记载有误。司马迁所着的《史记》，对后世有着巨大的贡献，王允说汉武帝应该早点杀了司马迁，这根本就不是有见识的人会说的话。司马迁只是如实记录了汉武帝的过失，并没有诋毁他。王允一向忠诚正直，本不该因为担心被诋毁就冤枉杀害蔡邕这样的好人，这些记载实在是太荒谬了。
在张璠所着的《汉纪》中，还有这样一段记载：当初，蔡邕因为上书谈论政事而被流放，他的名声却因此传遍了天下，很多有志向的人都被他的忠义所感动。后来他被赦免回来，却遭到宫中宠臣的厌恶。蔡邕害怕受到迫害，就逃到了海滨地区，在太山羊氏那里寄居了十年。董卓担任太尉的时候，征召蔡邕为掾属，因为他才华出众，很快就被提拔为侍御史、治书御史，短短三天就做到了尚书。后来又被调任为巴东太守，董卓又上奏把他留在朝中，任命为侍中，到了长安后，又担任左中郎将。董卓非常看重蔡邕的才华，对他优厚相待。每次朝廷有大事，常常让蔡邕起草诏书。等到王允要杀蔡邕的时候，很多名士都为蔡邕求情，王允后来也后悔了，想要停止行刑，可那个时候，蔡邕已经死了。
在董卓权倾朝野之时，他的女婿、中郎将牛辅奉命率领军队，屯驻在陕地。牛辅还派遣校尉李傕、郭汜、张济等人，分别攻略陈留、颍川等地的县城。一时间，这些地方百姓苦不堪言，饱受战乱之苦。
然而，随着董卓在长安被王允、吕布等人设计诛杀，局势瞬间发生了天翻地覆的变化。吕布派李肃前往陕地，打算凭借天子的诏书，将牛辅就地正法。牛辅得知消息后，毫不畏惧，立即率军与李肃展开激战。李肃没想到牛辅如此顽强抵抗，一番拼杀后，他抵挡不住，只能狼狈地逃往弘农。回到长安后，吕布见李肃任务失败，大怒之下，将李肃斩杀。
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