正是由于山本五十六等一批富有远见的航空派将领的不懈努力，日本海军航空兵在1930年代得到了飞速发展，无论是在飞机性能、飞行员素质还是战术运用方面，都达到了当时世界领先水平，甚至在某些方面（比如舰载鱼雷攻击技术）还超过了英美等老牌海军强国。这支精锐的“空中力量”，也成为了山本五十六日后敢于策划和实施珍珠港偷袭计划的最大底气所在。
在山本五十六等航空派将领的推动下，日本海军航空兵的“硬件”是上去了，但“软件”——也就是作战思想和战术运用——也必须跟着更新换代才行。
在传统的观念里，航空母舰虽然也能搭载飞机，但它更多的是被看作是舰队的“眼睛”（负责侦察）或者是战列舰的“小弟”（负责提供一些有限的空中支援），很少有人会把它当成海战的“主角”来看待。海战的胜负，最终还是要靠战列舰那排山倒海的巨炮来决定。
但山本五十六不这么认为！他觉得，既然飞机才是未来海战的“杀手”，那么航空母舰作为搭载和运用飞机的平台，其地位和作用就必须得到根本性的提升！
山本五十六是第一个（或者说是最重要的一个）在日本海军中明确提出并大力倡导“航空母舰集群作战”思想的将领。他认为，单艘或少数几艘航空母舰分散使用，力量太薄弱，很容易被敌人各个击破。要想发挥出航空母舰的最大威力，就必须将多艘航空母舰集中起来，组成一个强大的、统一指挥的“航空母舰打击集群”（也就是后来我们常说的“航母战斗群”的雏形），利用其搭载的大量舰载机，对敌方舰队或重要目标，实施饱和式的、毁灭性的集中打击！
这种“把鸡蛋放在一个篮子里”（当然，这个篮子必须足够坚固，而且能先发制人）的作战思想，在当时看来是相当激进和冒险的，与当时世界上其他国家海军（包括美国海军在内）那种更倾向于将航空母舰分散配置到各个舰队中、主要承担辅助任务的传统做法，形成了鲜明的对比。
为了将这种“航母集群打击”的思想付诸实践，山本五十六与他手下的一批同样富有远见和才干的航空派参谋和军官们——比如后来在珍珠港偷袭计划中扮演了重要角色的源田实中佐（他被认为是日本海军最杰出的航空作战参谋之一，具体策划了珍珠港攻击的细节）和以思想激进、作风强硬着称的大西泷治郎中将（他也是日本海军航空兵的重要推动者，后来在战争末期因为极力鼓吹和组织“神风特攻队”而臭名昭着）等人——共同努力，极力推动日本海军进行编制体制上的改革。
终于，在1941年4月10日，一个在日本海军历史上具有划时代意义的全新作战单位——第一航空舰队，通常也被其行动代号“机动部队”正式宣告成立！
这个第一航空舰队，几乎集中了当时日本海军所有最精锐的航空母舰（包括“赤城”号、“加贺”号、“苍龙”号、“飞龙”号、“翔鹤”号、“瑞鹤”号这六艘主力航母），以及为其护航的战列舰（主要是速度较快、能够跟上航母编队的金刚级战列巡洋舰）、巡洋舰和驱逐舰，组成了一支规模空前、攻击力也极其恐怖的特混打击力量！其核心思想，就是以航空母舰及其搭载的舰载机作为主要的攻击手段，对敌方舰队或岸基目标，实施远距离的、毁灭性的突袭！
可以说，日本海军第一航空舰队的组建，不仅标志着山本五十六“航母集群打击”思想的最终成型，也使其拥有了一把足以在太平洋上任何一个角落掀起惊涛骇浪的“铁拳头”！从某种意义上说，这支“机动部队”，就是世界上最早的、真正意义上的“航空母舰特混打击群”的雏形。它的出现，彻底改变了传统的海战模式，也预示着一个由航空母舰主宰海洋的新时代的到来。
山本五十六虽然是日本海军航空兵的“掌门人”，也是一个敢于打破常规、锐意革新的军事家，但他骨子里，却并非一个狂热好战的战争贩子。恰恰相反，因为他曾经两度在美国学习和工作，对美国的社会文化、工业潜力和战争实力，有着远比当时日本国内其他军政要员们更为清醒和深刻的认识。
美国的“家底”太厚，日本耗不起！
山本五十六在美国当海军武官的时候，可没少往美国的工厂、油田、造船厂里钻。他亲眼目睹了美国那如同“巨兽”一般庞大的工业机器是如何高效运转的，也亲身体会到了美国人民那种自信乐观、敢想敢干的精神风貌。他心里跟明镜儿似的：就凭日本那点可怜的资源和相对薄弱的工业基础，要想跟美国这样的“工业巨无霸”打一场全面的、持久的消耗战，那简直就是以卵击石，自取灭亡！用他自己的话说（大意是）：“美国的石油产量是日本的几百倍，钢铁产量是日本的几十倍，汽车产量更是日本的几千倍！这样的国家，一旦它把全部的战争机器都开动起来，日本怎么可能打得赢？”
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