时间线稳定后的某天，小燕子收到了来自"自己"的快递，泛黄的包裹里装着破碎的初代时光胶囊残片，以及一张画满时间线的地图。
残片上浮现出血色字迹："小心时间观测者——他们正在删除所有知晓秘密的人。"与此同时，尔泰发现自己的影子开始不受控制地在墙上书写陌生的时间公式。
两人根据地图找到废弃的天文台，在地下室发现了"时间观测者"的总部。监控屏幕上闪烁着全球所有时光胶囊的开启画面，而屏幕中央，赫然是小燕子和尔泰的实时影像。
一位身披银色斗篷的人现身："你们破坏了完美的时间闭环，必须被修正。"他挥手间，无数时间囚笼落下，将两人困在交错的时空里。
被困期间，小燕子遇到了不同时间线的自己——有的成为了时间观测者，有的在时间乱流中消亡。
而尔泰则在与观测者首领的对峙中，意外觉醒了时间回溯的能力。当观测者启动"时间清零计划"时，尔泰耗尽所有力量将时间倒回一天前。
最终，小燕子带着不同时间线的记忆碎片，与尔泰合力摧毁了时间观测者的核心装置。
但在爆炸的火光中，他们看到首领的嘴角扬起诡异微笑："你们只是推迟了 inevitability（必然性）。"
城市的夜空突然划过一道神秘的流星，那是新的时间危机正在靠近的征兆。
血色音符笼罩的满月之夜，城市上空浮现出巨大的透明五线谱，每一条街道都变成了琴弦。
被歌声控制的市民组成人形音符方阵，踏着整齐的步伐向市中心的音乐广场聚集，空气中漂浮的音波肉眼可见，所到之处玻璃炸裂、电子设备全部播放起阴森的祭祀曲。
小燕子握着重新锻造的黑蝶吉他，琴弦泛着诡异的紫光。
她在古巫族圣地找到了传说中的"逆音碑"，上面刻录着能逆转歌神力量的禁忌旋律——但代价是弹奏者的生命。
尔泰为了阻止她，与古巫族最强守护者展开殊死搏斗，身上的诅咒纹路已经蔓延到心脏，却仍嘶吼着："我来当诱饵！你快走！"
当小燕子在音乐广场奏响逆音碑旋律时，整个世界开始扭曲。
歌神的虚影从地底升起，他的身体由无数声带组成，每一张嘴都在发出不同频率的尖叫。
就在力量即将耗尽之际，被控制的市民突然开始哼唱童年歌谣，这些纯净的声音与逆音旋律融合，形成金色的音浪。
歌神在不甘的咆哮中灰飞烟灭，但小燕子的身体也开始透明化。最后一刻，她将吉他交给尔泰："记住...音乐该带来希望..."
神秘流星坠落后，学校出现了能穿越时间的"沙漏裂缝"。时间观测者的残党混入学生中，企图利用裂缝将世界重置为便于他们操控的"完美时间线"。
小燕子和尔泰发现，这些残党通过篡改记忆的怀表控制他人，连古早的毕业照里都出现了观测者的身影——原来他们早已渗透进历史长河。
在追查过程中，尔泰发现自己的时间回溯能力会引发时空震荡，每次使用都会导致现实出现"补丁"般的漏洞。
当他们找到时间观测者的最终据点——一座悬浮在时间夹缝中的钟表城堡时，首领露出真容：竟是来自未来的小燕子！
"现在的你们太天真，只有绝对秩序才能避免时间毁灭。"未来小燕子启动终极时间机器，现实开始像老电影般卡顿倒退。
关键时刻，尔泰牺牲自己的时间能力，制造出巨大的时间漩涡，将钟表城堡吞噬。
小燕子抱着奄奄一息的尔泰穿越到各个时间线寻找解救方法，最终在初代时光胶囊创造者的帮助下，用所有时光胶囊的能量重塑了尔泰的存在。
但世界从此出现了无数个平行时空，每个时空都流传着关于"时间守护者"的传说。
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