“疫病研察社”的成立与吴有性的到来，像一块投入太医院这潭深水的石头，激起的涟漪虽暂时被太子强行压下，但暗流已然涌动。然而，没等保守派医官们组织起有效的攻讦，一场突如其来的考验，便让这新生的医学力量走到了台前。
万历三十七年秋，一场来势凶猛的“疙瘩瘟”（疑似腺鼠疫或某种急性发热出疹性疾病）在京畿之地悄然爆发。起初只是零散病例，太医院按传统伤寒论治，效果不彰，病死率极高。随着天气转凉，疫情迅速蔓延，城中人心惶惶，药铺门前排起长队，甚至出现了病患被弃于街头的惨状。
紫禁城也无法完全隔绝疫情的威胁，数名低阶宦官和宫女相继病倒，高烧、谵妄、身上出现骇人的瘀斑或肿块，传统的桂枝、麻黄汤剂灌下去，如同石沉大海。太医院院使束手无策，奏报皇帝时，也只能归咎于“时气不正”，建议宫中焚香辟邪，加强禁忌。
太子朱常洛忧心如焚，他立刻想到了吴有性和苏卿卿。在征得万历皇帝默许后，一道谕旨将“疫病研察社”的核心成员召至宫中，负责处理宫内的疫情，并协理京畿防疫。
这是吴有性和苏卿卿第一次在如此高压力、高关注度的环境下实践他们的新理论。进入临时划定的隔离区，吴有性仔细观察患者症状，切脉察舌，果断指出：“此非伤寒，亦非寻常温病，乃戾气中之凶戾者，从口鼻吸入，直犯膜原，传变迅疾！”他摒弃了太医院常用的辛温发散之剂，大胆使用自己创制的“达原饮”（以槟榔、厚朴、草果仁破除盘踞于“膜原”的戾气为主，配合知母、芍药、黄芩等清热滋阴），并根据患者具体情况进行加减。
苏卿卿则全力协助，她利用沈惊鸿提供的更精确的天平，严格把控药量，确保药效的稳定。同时，她强令所有接触病患的宫人佩戴口罩（用多层细棉布制成，内置少许吴有性推荐的辟秽药末）、勤用皂角与烈酒洗手，对病患排泄物及所用物品进行严格的石灰消毒或焚烧处理。她还绘制了清晰的疫情分布图，标注发病日期、症状、用药及转归，试图寻找传播链。
这些举措在宫中引起了不小的震动。尤其是让尊贵的宫人佩戴口罩、频繁洗手，在一些老派太监和女官看来，简直是“仪态尽失”、“小题大做”。但太子朱常洛力挺，亲自下令“一切防疫举措，皆依沈夫人与吴先生所言”，这才压下了阻力。
效果是显着的。在吴有性针对性极强的方药和苏卿卿严格的隔离消毒措施双管齐下，宫内新增病例迅速得到控制，大部分早期患者病情好转，病死率远低于宫外。尤其是一位病情危重、已被太医院判了“死刑”的嫔妃，在吴有性调整方药、日夜监护下，竟奇迹般退热转安。这一下，连最初持怀疑态度的部分太医也哑口无言，私下里开始研究起“达原饮”的方义。
宫内的成功，给了朱常洛极大的信心。他立即下令，将吴有性和苏卿卿的防疫经验总结成《京畿防疫简要》，以太子令旨的形式下发顺天府及周边州县，核心要点包括：
1. 辨明病源： 明确此疫为“戾气”传染，非普通风寒。
2. 隔离为先： 设立疠人所（隔离医院），集中收治患者，严控人员流动。
3. 用药精准： 推广“达原饮”为基础方，强调需由通晓此论的医师辨证施用。
4. 清洁避秽： 倡导佩戴口罩、勤洗手、消毒污染物、焚烧或深埋死者。
5. 通畅信息： 要求各地及时上报疫情，不得隐瞒。
这份《简要》打破了太医院对医学话语权的垄断，将一种全新的、行之有效的防疫理念和手段推向了前台。虽然在实际推行中，各地因吏治、资源、观念不同而效果差异巨大，但其标杆意义毋庸置疑。吴有性和苏卿卿的名字，连同“戾气”、“达原饮”、“隔离消毒”等词汇，第一次以官方正面的形象，进入了帝国官僚体系的视野。
朝堂暗流与利益角力
医学上的突破，并未让沈惊鸿的处境变得轻松。相反，随着“神机新锐营”在辽东小胜的效应扩散，以及“疫病研察社”在宫中抗疫的成功，他所代表的“技术实用派”影响力悄然上升，这不可避免地触动了更多人的利益。
首先发难的是与旧式军工体系利益攸关的勋贵和部分工部官员。随着“精密制造局”产能的初步提升，对优质铁料、铜料、煤炭的需求越来越大，这等于从他们传统的碗里分走了一大块肥肉。都察院几位御史联名上奏，弹劾沈惊鸿“恃宠而骄，与民争利”，指责“精密制造局”以官价强征物料，导致民间铁器、铜钱价格波动，影响民生。这顶“与民争利”的帽子扣得极大，且部分反映了现实（尽管根源在于资源总量不足和分配不公）。
接着，是对“格物学”进入科举体系的阻击。徐光启等人一直在推动将“格物学”作为科举的辅助考核内容，以选拔具备实用技术知识的人才。此举遭到了以东林党中部分保守派和大多数科举正途出身的官员的强烈反对。一场激烈的廷辩在文华殿上演。反对者引经据典，高呼“圣学为本，格物为末”，“若使工匠之术登堂入室，则礼乐崩坏，国将不国！”支持者则以“强兵利国”、“实测实算”为据，双方争得面红耳赤。万历皇帝高坐龙椅，依旧沉默寡言，最终此事不了了之，显示出改革在思想层面遇到的阻力何其巨大。
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