安全固然有保障，但恐怕最终会沦为权贵子弟专享的学府，背离“教天下人”的初衷。
建在受倭患影响严重、更贴近普通百姓的沿海县乡？
倒是能贴近民生，但安全问题如何保障？
一旦被倭寇或天尊组织盯上，后果不堪设想。
师资力量更是匮乏。
愿意离开繁华京师、扎根到这条件艰苦、危机四伏的海疆来的饱学儒生，本就稀少。
而先生所倡导的“学天下事”，意味着还需要懂些海事、农事、百工之学的人才，这等综合性的人才，更是凤毛麟角，难以寻觅。
教学内容与教材亦是空白。
四书五经、圣贤道理固然是根基，必须要教。
但先生强调要“学天下事”，是否应该加入辨识海况、预测天气、基础农桑知识、防灾防疫常识、甚至简单的算术记账等实用之学？
这些学问，由谁来编写成通俗易懂的教材？
谁有能力和时间来负责？
如何让那些终日为生计奔波、常常食不果腹的渔民、农户子弟，愿意并且能够来读书？
束修（学费）定在什么标准，才能既不增加百姓负担，又能维持书院运转？
朝廷或地方，是否有足够的钱粮，为贫寒学子提供必要的补助？
更深层的忧虑，在于如何防止地方豪强势力借此插手，将书院变成他们培养自家势力、垄断知识、甚至蓄养私兵的工具？
先生虽提过“兼容并蓄”，但这里的“蓄”，绝不能是蓄养豪强、尾大不掉的隐患！
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