朱元璋不否认过去，理学确实有助于统治。
三纲五常，这些在以前儒家思想里，只是伦理道德，但在程朱理学里，这就属于“天理”的范畴了，所谓的“君臣父子，天下之定理”，是浩荡皇恩还是雷霆风暴，都是天理。
还有，良知是天理，你没良知，就是没了天理，所以，个人道德的约束很强。
包括存天理、灭人欲，对于朝廷来说是一把极好的工具，都存天理了，没那么多欲望欲求，官员自然不会贪，百姓自然不会闹。
理学的天理，本质是道德神学，服务于神权与王权。
元朝之所以能维持近百年国运，理学是功不可没的，就因为理学被元朝不断弘扬，强调君臣大义，弱化华夷之辩，让理学成为天下读书人的普世观点，所以赢得了一大批理学儒生的支持。
红巾军起义的时候，镇压红巾军的人里面，不乏是理学大儒与理学世家。
从历史来看，理学对皇权稳固、统治官民大有好处，理学又与宗法制度、伦理制度绑在一起，是维系纲常体系绝佳的力量。
但现在——
朱元璋杀掉了理学为主的儒官，连带着清除了一大批理学大儒，明摆着彻底改变了开国之初对理学的推崇、拥护与支持态度。
面对马皇后的目光，朱元璋坦然道：“以大远航结束，顾正臣率领水师返回金陵为标志，开国前十五年，朕对理学很是器重，不仅想过认朱熹为祖宗，还动过将朱熹理学作为科举考试的唯一内容，一切不明白，不精通，不赞同、不顺应朱熹理学之人悉数罢榜！”
“可格物学院的发展，让朕看到了另外一种可能，也看到了一股蓬勃而富有生机的力量，看到了沉闷的理学之外，实干派与方法派的活泼与对地方治理的积极性。”
“这不由得朕不思考，理学兴盛，必然遏制格物学院的学潮，事实上，格物学院这些年来遭遇的风波确实很多，甚至有人借天变来打压格物学院。但格物学院都挺过来了，从那里结业的弟子，一个个都带着朝气，包括秦王、晋王与燕王——”
“妹子，他们什么样子你是知道的，两个蠢货，一个武夫，可回头再看，秦国彻底站稳了，还将你我雕了巨大的石像，告诉那些人，朕与你便是太阳神与月亮神！”
“晋王也有出息了，燕王更是文武双全，打仗是一把好手，周王如今在救死扶伤。格物学院教化了人，改变了人，它错了吗？它又有什么错？理学一定要让格物学院死，因为他们怕了，怕格物学院取而代之！”
马皇后看着说了一大串的朱元璋，端起一旁的茶碗：“格物学院能不能取代理学，还不是朝廷说了算，何必用这种方式——”
朱元璋接过茶碗：“妹子你不明白，朕若是不用这种方式，理学就是大明他日登山时的滚石，他们必然会想尽一切办法，不顾事实，不顾民情地乱来，就如句容三大院，妹子不也吃了亏，还让人跑了一趟县衙？”
马皇后知道这事瞒不住朱元璋，平静地说了句：“妾身只是担心修缮后宫的工期延长。”
朱元璋叹了口气：“咱知道你不是有心干政，但咱也清楚，你不会在意工期延长，你只是想用自己的方式，告诉吕震，赶紧收手吧，不要再乱来了，因为自打顾治平兄弟进入镇抚司，你就清楚咱到底要做什么！”
相濡以沫数十年，彼此的性情与心思，其实是不需要说出来的，但有点举动与苗头，就知道彼此到底在盘算什么。
所以当朱元璋决定亲自审案时，马皇后也并没有感觉到高兴。
早就看出来了，只是无力阻挡。
朱元璋没有责怪什么，继续说道：“朕的治国理念也在变，最初朕也想分封诸王，被顾正臣劝阻了，还累了内侍来回搬运铜钱，朕原以为，财政稳定下来，定下来，到那个位置够用就行了，不需要增多，如此朝廷够用，还不至于伤民——”
“可事实证明，不行，财政不增长，许多事都没办法去做。朕最初也想让大明按照大同世界那般，男耕女织，鸡犬之声相闻，老死不相往来，还安排了路引制，设置了关津与巡检司，以防民流动。”
“可这些年来，路引制基本上名存实亡，百姓流动增多了不少，虽说这也带来了不少治理上的问题，但仔细看百姓，看百姓的家庭，他们并没有因此受害，也没有因此走向贫穷困顿，更没几个人成了贼寇凶犯。”
“许多开国之初的设想与安排，已经不适用了。咱还想着，弄一套制度，用它个千年万年，再定下规矩，让子子孙孙照着办就是了，哪怕他们是个废物，只要不改变制度，也能保了这江山无忧！”
“可祖宗之法万年不变，被格物学院的学说给砸碎了，矛盾论与发展论很有道理，这世上压根不存在一成不变的祖宗成法，周朝的东西放在秦朝没用，秦朝的东西搬到汉朝也未必好用，唐朝不会照搬汉朝，宋朝也必须吸取唐的教训！”
“人口多少不同，土地肥瘦不同，外部环境不同，思想不同，制度就不可能一刀切，不可能继续沿用前朝之法。比如那唐朝的府兵制，一开始可以与均田制绑定，可到后面，均田制崩溃，府兵制也必然成了募兵制，募兵制带来的财政压力也会压得朝廷喘过不气……”
“历史是动态的，情况始终在变，哪有什么一成不变的祖宗之法，若是有的话，也轮不到我朱元璋吧？可理学，他们想要的就是固化，是少折腾，少变化，少变法，固化最好！”
“但这不符合规律，这条路也必然是走不通。因为理学主导之下的财富，是土地，新学主导之下的财富，是钱财。土地可以兼并，钱财可以集中。土地高度兼之后很难再分配，可集中的财富却能再分配，再调节……”
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